Changeset 12229


Ignore:
Timestamp:
03/20/15 16:31:50 (7 years ago)
Author:
arapeanu
Message:

#2288: VariableInteractionNetworkView - calculates adjacency matrix from the mean impacts

Location:
branches/HeuristicLab.VariableInteractionNetworks
Files:
1 added
1 deleted
5 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/HeuristicLab.VariableInteractionNetworks/HeuristicLab.VariableInteractionNetworks.Views/3.3

    • Property svn:global-ignores set to
      obj
  • branches/HeuristicLab.VariableInteractionNetworks/HeuristicLab.VariableInteractionNetworks.Views/3.3/VariableInteractionNetworkView.Designer.cs

    r12198 r12229  
    2929        private void InitializeComponent()
    3030        {
    31             components = new System.ComponentModel.Container();
     31            this.groupBox1 = new System.Windows.Forms.GroupBox();
     32            this.viewHost1 = new HeuristicLab.MainForm.WindowsForms.ViewHost();
     33            this.groupBox1.SuspendLayout();
     34            this.SuspendLayout();
     35            //
     36            // groupBox1
     37            //
     38            this.groupBox1.Controls.Add(this.viewHost1);
     39            this.groupBox1.Location = new System.Drawing.Point(0, 3);
     40            this.groupBox1.Name = "groupBox1";
     41            this.groupBox1.Size = new System.Drawing.Size(779, 403);
     42            this.groupBox1.TabIndex = 0;
     43            this.groupBox1.TabStop = false;
     44            this.groupBox1.Text = "Adjacency Matrix";
     45            //
     46            // viewHost1
     47            //
     48            this.viewHost1.Caption = "View";
     49            this.viewHost1.Content = null;
     50            this.viewHost1.Enabled = false;
     51            this.viewHost1.Location = new System.Drawing.Point(6, 19);
     52            this.viewHost1.Name = "viewHost1";
     53            this.viewHost1.ReadOnly = false;
     54            this.viewHost1.Size = new System.Drawing.Size(667, 382);
     55            this.viewHost1.TabIndex = 0;
     56            this.viewHost1.ViewsLabelVisible = true;
     57            this.viewHost1.ViewType = null;
     58            //
     59            // VariableInteractionNetworkView
     60            //
     61            this.AutoScaleDimensions = new System.Drawing.SizeF(6F, 13F);
    3262            this.AutoScaleMode = System.Windows.Forms.AutoScaleMode.Font;
     63            this.Controls.Add(this.groupBox1);
     64            this.Name = "VariableInteractionNetworkView";
     65            this.Size = new System.Drawing.Size(676, 407);
     66            this.groupBox1.ResumeLayout(false);
     67            this.ResumeLayout(false);
     68
    3369        }
    3470
    3571        #endregion
     72
     73        private System.Windows.Forms.GroupBox groupBox1;
     74        private MainForm.WindowsForms.ViewHost viewHost1;
     75
    3676    }
    3777}
  • branches/HeuristicLab.VariableInteractionNetworks/HeuristicLab.VariableInteractionNetworks.Views/3.3/VariableInteractionNetworkView.cs

    r12198 r12229  
    3434using HeuristicLab.Problems.DataAnalysis.Symbolic;
    3535using HeuristicLab.Problems.DataAnalysis.Symbolic.Regression;
    36 
    37 
    38 namespace HeuristicLab.VariableInteractionNetworks.Views
    39 {
    40     [View("VariableInteractionNetworkView")]
    41     [Content(typeof(RunCollection), IsDefaultView = false)]
    42     public sealed partial class VariableInteractionNetworkView : AsynchronousContentView
    43     {
    44         public new RunCollection Content
    45         {
    46             get { return (RunCollection)base.Content; }
    47             set { base.Content = value; }
    48         }
    49 
    50         public VariableInteractionNetworkView()
    51         {
    52             InitializeComponent();
    53             CalculateVariableInteractions();
    54         }
    55 
    56         protected override void DeregisterContentEvents()
    57         {
    58             // TODO: Deregister your event handlers here
    59             base.DeregisterContentEvents();
    60         }
    61 
    62         protected override void RegisterContentEvents()
    63         {
    64             base.RegisterContentEvents();
    65             // TODO: Register your event handlers here
    66         }
    67 
    68         #region Event Handlers (Content)
    69         // TODO: Put event handlers of the content here
    70         #endregion
    71 
    72         protected override void OnContentChanged()
    73         {
    74             base.OnContentChanged();
    75             if (Content == null)
    76             {
    77                 // TODO: Add code when content has been changed and is null
    78             }
    79             else
    80             {
    81                 // TODO: Add code when content has been changed and is not null
    82             }
    83         }
    84 
    85 
    86         protected override void SetEnabledStateOfControls()
    87         {
    88             base.SetEnabledStateOfControls();
    89             // TODO: Enable or disable controls based on whether the content is null or the view is set readonly
    90         }
    91 
    92         #region Event Handlers (child controls)
    93         // TODO: Put event handlers of child controls here.
    94         #endregion
    95 
    96         private void CalculateVariableInteractions()
    97         {
    98             var runCollection = Content;
    99 
    100             foreach (var g in runCollection.GroupBy(x => ((IRegressionProblem)x.Algorithm.Problem).ProblemData.TargetVariable))
    101             {
    102                 CalculateVariableNetwork(g);
    103             }
    104         }
    105 
    106         private void CalculateVariableNetwork(IEnumerable<IRun> runs)
    107         {
    108 
    109         }
    110     }
     36using System.Collections;
     37
     38namespace HeuristicLab.VariableInteractionNetworks.Views {
     39  [View("Variable Interaction Network")]
     40  [Content(typeof(RunCollection), IsDefaultView = false)]
     41
     42  public sealed partial class VariableInteractionNetworkView : AsynchronousContentView {
     43    private const string variableImpactResultName = "Variable impacts";
     44    public new RunCollection Content {
     45      get { return (RunCollection)base.Content; }
     46      set { base.Content = value; }
     47    }
     48
     49    public VariableInteractionNetworkView() {
     50      InitializeComponent();
     51    }
     52
     53    #region events
     54   
     55  //  #region Event Handlers (Content)
     56    protected override void OnContentChanged() {
     57      base.OnContentChanged();
     58      if (Content == null) {
     59        // TODO: Add code when content has been changed and is null
     60      } else {
     61        // TODO: Add code when content has been changed and is not null
     62        CalculateAdjacencyMatrix();
     63      }
     64    }
     65    #endregion
     66
     67    protected override void SetEnabledStateOfControls() {
     68      base.SetEnabledStateOfControls();
     69      // TODO: Enable or disable controls based on whether the content is null or the view is set readonly
     70    }
     71
     72    #region Event Handlers (child controls)
     73    // TODO: Put event handlers of child controls here.
     74    #endregion
     75
     76    private void CalculateAdjacencyMatrix()
     77    {
     78        var runCollection = Content;
     79        var groupRunCollection = Content.GroupBy(x => ((IRegressionProblemData)x.Parameters["ProblemData"]).TargetVariable).ToList();
     80
     81        var allVariableImpacts = runCollection.Select(run => (DoubleMatrix)run.Results[variableImpactResultName]);
     82        var variableNames = (from variableImpact in allVariableImpacts
     83                             from variableName in variableImpact.RowNames
     84                             select variableName).Distinct().ToArray();
     85
     86        var adjMatrix = new DoubleMatrix(variableNames.Length, variableNames.Length);
     87        var adjRow = groupRunCollection.Select(x => CalculateAdjacencyRows(x)).ToList();
     88        var targets = groupRunCollection.Select(x => x.Key);
     89
     90        adjMatrix.RowNames = targets;
     91        adjMatrix.ColumnNames = adjMatrix.RowNames;
     92
     93        for (int j = 0; j < groupRunCollection.Count; ++j)
     94        {
     95            var g = groupRunCollection[j];
     96            var matrix = CalculateAdjacencyRows(g);
     97            var variables = new List<Tuple<string, double>>();
     98            var columnNames = matrix.ColumnNames.ToList();
     99           
     100            for (int i = 0; i < matrix.Columns; ++i)
     101            {
     102                variables.Add(new Tuple<string, double>(columnNames[i], matrix[0, i]));
     103            }
     104            variables.Add(new Tuple<string, double>(g.Key, 0));
     105            variables.Sort((a, b) => a.Item1.CompareTo(b.Item1));
     106            for (int i = 0; i < variables.Count; ++i)
     107            {
     108                adjMatrix[j, i] = variables[i].Item2;
     109            }
     110        }
     111        viewHost1.Content = adjMatrix;
     112    }
     113
     114    private DoubleMatrix CalculateAdjacencyRows(IEnumerable<IRun> runs)
     115    {
     116        IEnumerable<DoubleMatrix> allVariableImpacts = (from run in runs
     117                                                      select run.Results[variableImpactResultName]).Cast<DoubleMatrix>();
     118        var variableNames = (from variableImpact in allVariableImpacts
     119                                           from variableName in variableImpact.RowNames
     120                                           select variableName)
     121                                          .Distinct().ToArray();
     122       
     123        List<string> variableNamesList = (from variableName in variableNames
     124                                          where GetVariableImpacts(variableName, allVariableImpacts).Any(x => !x.IsAlmost(0.0))
     125                                          select variableName)
     126                                         .ToList();
     127
     128        var inputVariables = runs.Select(x => ((IRegressionProblemData)x.Parameters["ProblemData"]).InputVariables).ToArray();     
     129        var runNames = runs.Select(x => x.Name).ToArray();
     130        var runsArray = runs.ToArray();
     131        DoubleMatrix varImpactMatrix = CalculateVariableImpactMatrix(runsArray, runNames);
     132        var targetMatrix = new DoubleMatrix(1, variableNames.Length);
     133
     134        for (int i = 0; i < varImpactMatrix.Rows; ++i)
     135        {
     136            targetMatrix[0, i] = varImpactMatrix[i, runNames.Length];
     137        }
     138   
     139        targetMatrix.RowNames = new[] { "Target" };
     140        targetMatrix.ColumnNames = variableNames;
     141
     142        return targetMatrix;
     143    }
     144
     145    //taken from RunCollectionVariableImpactView
     146    private IEnumerable<double> GetVariableImpacts(string variableName, IEnumerable<DoubleMatrix> allVariableImpacts)
     147    {
     148        foreach (DoubleMatrix runVariableImpacts in allVariableImpacts)
     149        {
     150            int row = 0;
     151            foreach (string rowName in runVariableImpacts.RowNames)
     152            {
     153                if (rowName == variableName)
     154                    yield return runVariableImpacts[row, 0];
     155                row++;
     156            }
     157        }
     158    }
     159
     160    //adapted from RunCollectionVariableImpactView
     161    private DoubleMatrix CalculateVariableImpactMatrix(IRun[] runs, string[] runNames)
     162    {
     163        IEnumerable<DoubleMatrix> allVariableImpacts = (from run in runs
     164                                                        select run.Results[variableImpactResultName]).Cast<DoubleMatrix>();
     165        IEnumerable<string> variableNames = (from variableImpact in allVariableImpacts
     166                                             from variableName in variableImpact.RowNames
     167                                             select variableName).Distinct();
     168
     169        // filter variableNames: only include names that have at least one non-zero value in a run
     170        List<string> variableNamesList = (from variableName in variableNames
     171                                          where GetVariableImpacts(variableName, allVariableImpacts).Any(x => !x.IsAlmost(0.0))
     172                                          select variableName).ToList();
     173
     174        List<string> columnNames = new List<string>(runNames);
     175        columnNames.Add("Mean");
     176     
     177        int numberOfRuns = runs.Length;
     178
     179        DoubleMatrix matrix = new DoubleMatrix(variableNamesList.Count, numberOfRuns + 1);
     180        matrix.SortableView = true;
     181        matrix.ColumnNames = columnNames;
     182
     183        List<List<double>> variableImpactsOverRuns = (from variableName in variableNamesList
     184                                                      select GetVariableImpacts(variableName, allVariableImpacts).ToList()).ToList();
     185
     186        for (int row = 0; row < variableImpactsOverRuns.Count; row++)
     187        {
     188            matrix[row, numberOfRuns] = Math.Round(variableImpactsOverRuns[row].Average(), 3);
     189        }
     190
     191        // fill matrix with impacts from runs
     192        for (int i = 0; i < runs.Length; i++)
     193        {
     194            IRun run = runs[i];
     195            DoubleMatrix runVariableImpacts = (DoubleMatrix)run.Results[variableImpactResultName];
     196            for (int j = 0; j < runVariableImpacts.Rows; j++)
     197            {
     198                int rowIndex = variableNamesList.FindIndex(s => s == runVariableImpacts.RowNames.ElementAt(j));
     199                if (rowIndex > -1)
     200                {
     201                    matrix[rowIndex, i] = Math.Round(runVariableImpacts[j, 0], 3);
     202                }
     203            }
     204        }
     205        return matrix;
     206    }
     207  }
    111208}
  • branches/HeuristicLab.VariableInteractionNetworks/HeuristicLab.VariableInteractionNetworks.sln

    r12198 r12229  
    1111  EndProjectSection
    1212EndProject
    13 Project("{FAE04EC0-301F-11D3-BF4B-00C04F79EFBC}") = "HeuristicLab.VariableInteractionNetworks.Views", "HeuristicLab.VariableInteractionNetworks.Views\3.3\HeuristicLab.VariableInteractionNetworks.Views.csproj", "{EA1A0A27-A38D-4086-812A-9CE0FF557103}"
     13Project("{FAE04EC0-301F-11D3-BF4B-00C04F79EFBC}") = "HeuristicLab.VariableInteractionNetworks.Views-3.3", "HeuristicLab.VariableInteractionNetworks.Views\3.3\HeuristicLab.VariableInteractionNetworks.Views-3.3.csproj", "{EA1A0A27-A38D-4086-812A-9CE0FF557103}"
    1414EndProject
    1515Global
  • branches/HeuristicLab.VariableInteractionNetworks/HeuristicLab.VariableInteractionNetworks/3.3/TargetVariation.cs

    r12198 r12229  
    3535            {
    3636                var alg = (IAlgorithm)algorithm.Clone();           
    37                 var rp = (IRegressionProblem) alg.Problem;
    38                 var pd = rp.ProblemData;
     37                var pd = ((IRegressionProblem)alg.Problem).ProblemData;
    3938               
    4039                // check all input variables
     
    4746                pd.TargetVariable = pd.InputVariables[i].Value;
    4847                alg.Name += "{Target variable=" + pd.TargetVariable + "}";
    49 
    50  
     48                 
    5149                var batchrun = new BatchRun("Batchrun" + i)
    5250                {
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.