Free cookie consent management tool by TermsFeed Policy Generator

source: branches/gp-crossover/HeuristicLab.Tests/HeuristicLab.Problems.DataAnalysis.Symbolic-3.4/SymbolicDataAnalysisExpressionTreeInterpreterTest.cs @ 7160

Last change on this file since 7160 was 6866, checked in by mkommend, 13 years ago

#1653: Merged new HL solution into the trunk.
File size: 17.5 KB
Line 
1#region License Information
2/* HeuristicLab
3 * Copyright (C) 2002-2011 Heuristic and Evolutionary Algorithms Laboratory (HEAL)
4 *
5 * This file is part of HeuristicLab.
6 *
7 * HeuristicLab is free software: you can redistribute it and/or modify
8 * it under the terms of the GNU General Public License as published by
9 * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
10 * (at your option) any later version.
11 *
12 * HeuristicLab is distributed in the hope that it will be useful,
13 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
14 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
15 * GNU General Public License for more details.
16 *
17 * You should have received a copy of the GNU General Public License
18 * along with HeuristicLab. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19 */
20#endregion
21
22using System;
23using System.Collections.Generic;
24using System.Globalization;
25using System.Linq;
26using HeuristicLab.Encodings.SymbolicExpressionTreeEncoding;
27using HeuristicLab.Random;
28using Microsoft.VisualStudio.TestTools.UnitTesting;
29namespace HeuristicLab.Problems.DataAnalysis.Symbolic.Tests {
30
31
32  [TestClass()]
33  public class SymbolicDataAnalysisExpressionTreeInterpreterTest {
34    private const int N = 1000;
35    private const int Rows = 1000;
36    private const int Columns = 50;
37    private TestContext testContextInstance;
38
39    /// <summary>
40    ///Gets or sets the test context which provides
41    ///information about and functionality for the current test run.
42    ///</summary>
43    public TestContext TestContext {
44      get {
45        return testContextInstance;
46      }
47      set {
48        testContextInstance = value;
49      }
50    }
51
52    [TestMethod]
53    public void SymbolicDataAnalysisExpressionTreeInterpreterFullGrammarPerformanceTest() {
54      FullGrammarPerformanceTest(new SymbolicDataAnalysisExpressionTreeInterpreter(), 12.5e6);
55    }
56    [TestMethod]
57    public void SymbolicDataAnalysisExpressionTreeInterpreterArithmeticGrammarPerformanceTest() {
58      FullGrammarPerformanceTest(new SymbolicDataAnalysisExpressionTreeInterpreter(), 12.5e6);
59    }
60
61    [TestMethod]
62    public void SymbolicDataAnalysisExpressionTreeILEmittingInterpreterFullGrammarPerformanceTest() {
63      FullGrammarPerformanceTest(new SymbolicDataAnalysisExpressionTreeILEmittingInterpreter(), 7.5e6);
64    }
65    [TestMethod]
66    public void SymbolicDataAnalysisExpressionTreeILEmittingInterpreterArithmeticGrammarPerformanceTest() {
67      FullGrammarPerformanceTest(new SymbolicDataAnalysisExpressionTreeILEmittingInterpreter(), 7.5e6);
68    }
69
70    private void FullGrammarPerformanceTest(ISymbolicDataAnalysisExpressionTreeInterpreter interpreter, double nodesPerSecThreshold) {
71      var twister = new MersenneTwister(31415);
72      var dataset = Util.CreateRandomDataset(twister, Rows, Columns);
73      var grammar = new FullFunctionalExpressionGrammar();
74      grammar.MaximumFunctionArguments = 0;
75      grammar.MaximumFunctionDefinitions = 0;
76      grammar.MinimumFunctionArguments = 0;
77      grammar.MinimumFunctionDefinitions = 0;
78      var randomTrees = Util.CreateRandomTrees(twister, dataset, grammar, N, 1, 100, 0, 0);
79      foreach (ISymbolicExpressionTree tree in randomTrees) {
80        Util.InitTree(tree, twister, new List<string>(dataset.VariableNames));
81      }
82      double nodesPerSec = Util.CalculateEvaluatedNodesPerSec(randomTrees, interpreter, dataset, 3);
83      Assert.IsTrue(nodesPerSec > nodesPerSecThreshold); // evaluated nodes per seconds must be larger than 15mNodes/sec
84    }
85
86    private void ArithmeticGrammarPerformanceTest(ISymbolicDataAnalysisExpressionTreeInterpreter interpreter, double nodesPerSecThreshold) {
87      var twister = new MersenneTwister(31415);
88      var dataset = Util.CreateRandomDataset(twister, Rows, Columns);
89      var grammar = new ArithmeticExpressionGrammar();
90      grammar.MaximumFunctionArguments = 0;
91      grammar.MaximumFunctionDefinitions = 0;
92      grammar.MinimumFunctionArguments = 0;
93      grammar.MinimumFunctionDefinitions = 0;
94      var randomTrees = Util.CreateRandomTrees(twister, dataset, grammar, N, 1, 100, 0, 0);
95      foreach (SymbolicExpressionTree tree in randomTrees) {
96        Util.InitTree(tree, twister, new List<string>(dataset.VariableNames));
97      }
98
99      double nodesPerSec = Util.CalculateEvaluatedNodesPerSec(randomTrees, interpreter, dataset, 3);
100      Assert.IsTrue(nodesPerSec > nodesPerSecThreshold); // evaluated nodes per seconds must be larger than 15mNodes/sec
101    }
102
103
104    /// <summary>
105    ///A test for Evaluate
106    ///</summary>
107    [TestMethod]
108    public void SymbolicDataAnalysisExpressionTreeInterpreterEvaluateTest() {
109      Dataset ds = new Dataset(new string[] { "Y", "A", "B" }, new double[,] {
110        { 1.0, 1.0, 1.0 },
111        { 2.0, 2.0, 2.0 },
112        { 3.0, 1.0, 2.0 },
113        { 4.0, 1.0, 1.0 },
114        { 5.0, 2.0, 2.0 },
115        { 6.0, 1.0, 2.0 },
116        { 7.0, 1.0, 1.0 },
117        { 8.0, 2.0, 2.0 },
118        { 9.0, 1.0, 2.0 },
119        { 10.0, 1.0, 1.0 },
120        { 11.0, 2.0, 2.0 },
121        { 12.0, 1.0, 2.0 }
122      });
123
124      var interpreter = new SymbolicDataAnalysisExpressionTreeInterpreter();
125      EvaluateTerminals(interpreter, ds);
126      EvaluateOperations(interpreter, ds);
127      EvaluateAdf(interpreter, ds);
128    }
129
130    [TestMethod]
131    public void SymbolicDataAnalysisExpressionILEmittingTreeInterpreterEvaluateTest() {
132      Dataset ds = new Dataset(new string[] { "Y", "A", "B" }, new double[,] {
133        { 1.0, 1.0, 1.0 },
134        { 2.0, 2.0, 2.0 },
135        { 3.0, 1.0, 2.0 },
136        { 4.0, 1.0, 1.0 },
137        { 5.0, 2.0, 2.0 },
138        { 6.0, 1.0, 2.0 },
139        { 7.0, 1.0, 1.0 },
140        { 8.0, 2.0, 2.0 },
141        { 9.0, 1.0, 2.0 },
142        { 10.0, 1.0, 1.0 },
143        { 11.0, 2.0, 2.0 },
144        { 12.0, 1.0, 2.0 }
145      });
146
147      var interpreter = new SymbolicDataAnalysisExpressionTreeILEmittingInterpreter();
148      EvaluateTerminals(interpreter, ds);
149      EvaluateOperations(interpreter, ds);
150    }
151
152    private void EvaluateTerminals(ISymbolicDataAnalysisExpressionTreeInterpreter interpreter, Dataset ds) {
153      // constants
154      Evaluate(interpreter, ds, "(+ 1.5 3.5)", 0, 5.0);
155
156      // variables
157      Evaluate(interpreter, ds, "(variable 2.0 a)", 0, 2.0);
158      Evaluate(interpreter, ds, "(variable 2.0 a)", 1, 4.0);
159    }
160
161    private void EvaluateAdf(ISymbolicDataAnalysisExpressionTreeInterpreter interpreter, Dataset ds) {
162
163      // ADF     
164      Evaluate(interpreter, ds, @"(PROG
165                                    (MAIN
166                                      (CALL ADF0))
167                                    (defun ADF0 1.0))", 1, 1.0);
168      Evaluate(interpreter, ds, @"(PROG
169                                    (MAIN
170                                      (* (CALL ADF0) (CALL ADF0)))
171                                    (defun ADF0 2.0))", 1, 4.0);
172      Evaluate(interpreter, ds, @"(PROG
173                                    (MAIN
174                                      (CALL ADF0 2.0 3.0))
175                                    (defun ADF0
176                                      (+ (ARG 0) (ARG 1))))", 1, 5.0);
177      Evaluate(interpreter, ds, @"(PROG
178                                    (MAIN (CALL ADF1 2.0 3.0))
179                                    (defun ADF0
180                                      (- (ARG 1) (ARG 0)))
181                                    (defun ADF1
182                                      (+ (CALL ADF0 (ARG 1) (ARG 0))
183                                         (CALL ADF0 (ARG 0) (ARG 1)))))", 1, 0.0);
184      Evaluate(interpreter, ds, @"(PROG
185                                    (MAIN (CALL ADF1 (variable 2.0 a) 3.0))
186                                    (defun ADF0
187                                      (- (ARG 1) (ARG 0)))
188                                    (defun ADF1                                                                             
189                                      (CALL ADF0 (ARG 1) (ARG 0))))", 1, 1.0);
190      Evaluate(interpreter, ds,
191               @"(PROG
192                                    (MAIN (CALL ADF1 (variable 2.0 a) 3.0))
193                                    (defun ADF0
194                                      (- (ARG 1) (ARG 0)))
195                                    (defun ADF1                                                                             
196                                      (+ (CALL ADF0 (ARG 1) (ARG 0))
197                                         (CALL ADF0 (ARG 0) (ARG 1)))))", 1, 0.0);
198    }
199
200    private void EvaluateOperations(ISymbolicDataAnalysisExpressionTreeInterpreter interpreter, Dataset ds) {
201      // addition
202      Evaluate(interpreter, ds, "(+ (variable 2.0 a ))", 1, 4.0);
203      Evaluate(interpreter, ds, "(+ (variable 2.0 a ) (variable 3.0 b ))", 0, 5.0);
204      Evaluate(interpreter, ds, "(+ (variable 2.0 a ) (variable 3.0 b ))", 1, 10.0);
205      Evaluate(interpreter, ds, "(+ (variable 2.0 a) (variable 3.0 b ))", 2, 8.0);
206      Evaluate(interpreter, ds, "(+ 8.0 2.0 2.0)", 0, 12.0);
207
208      // subtraction
209      Evaluate(interpreter, ds, "(- (variable 2.0 a ))", 1, -4.0);
210      Evaluate(interpreter, ds, "(- (variable 2.0 a ) (variable 3.0 b))", 0, -1.0);
211      Evaluate(interpreter, ds, "(- (variable 2.0 a ) (variable 3.0 b ))", 1, -2.0);
212      Evaluate(interpreter, ds, "(- (variable 2.0 a ) (variable 3.0 b ))", 2, -4.0);
213      Evaluate(interpreter, ds, "(- 8.0 2.0 2.0)", 0, 4.0);
214
215      // multiplication
216      Evaluate(interpreter, ds, "(* (variable 2.0 a ))", 0, 2.0);
217      Evaluate(interpreter, ds, "(* (variable 2.0 a ) (variable 3.0 b ))", 0, 6.0);
218      Evaluate(interpreter, ds, "(* (variable 2.0 a ) (variable 3.0 b ))", 1, 24.0);
219      Evaluate(interpreter, ds, "(* (variable 2.0 a ) (variable 3.0 b ))", 2, 12.0);
220      Evaluate(interpreter, ds, "(* 8.0 2.0 2.0)", 0, 32.0);
221
222      // division
223      Evaluate(interpreter, ds, "(/ (variable 2.0 a ))", 1, 1.0 / 4.0);
224      Evaluate(interpreter, ds, "(/ (variable 2.0 a ) 2.0)", 0, 1.0);
225      Evaluate(interpreter, ds, "(/ (variable 2.0 a ) 2.0)", 1, 2.0);
226      Evaluate(interpreter, ds, "(/ (variable 3.0 b ) 2.0)", 2, 3.0);
227      Evaluate(interpreter, ds, "(/ 8.0 2.0 2.0)", 0, 2.0);
228
229      // gt
230      Evaluate(interpreter, ds, "(> (variable 2.0 a) 2.0)", 0, -1.0);
231      Evaluate(interpreter, ds, "(> 2.0 (variable 2.0 a))", 0, -1.0);
232      Evaluate(interpreter, ds, "(> (variable 2.0 a) 1.9)", 0, 1.0);
233      Evaluate(interpreter, ds, "(> 1.9 (variable 2.0 a))", 0, -1.0);
234      Evaluate(interpreter, ds, "(> (log -1.0) (log -1.0))", 0, -1.0); // (> nan nan) should be false
235
236      // lt
237      Evaluate(interpreter, ds, "(< (variable 2.0 a) 2.0)", 0, -1.0);
238      Evaluate(interpreter, ds, "(< 2.0 (variable 2.0 a))", 0, -1.0);
239      Evaluate(interpreter, ds, "(< (variable 2.0 a) 1.9)", 0, -1.0);
240      Evaluate(interpreter, ds, "(< 1.9 (variable 2.0 a))", 0, 1.0);
241      Evaluate(interpreter, ds, "(< (log -1.0) (log -1.0))", 0, -1.0); // (< nan nan) should be false
242
243      // If
244      Evaluate(interpreter, ds, "(if -10.0 2.0 3.0)", 0, 3.0);
245      Evaluate(interpreter, ds, "(if -1.0 2.0 3.0)", 0, 3.0);
246      Evaluate(interpreter, ds, "(if 0.0 2.0 3.0)", 0, 3.0);
247      Evaluate(interpreter, ds, "(if 1.0 2.0 3.0)", 0, 2.0);
248      Evaluate(interpreter, ds, "(if 10.0 2.0 3.0)", 0, 2.0);
249      Evaluate(interpreter, ds, "(if (log -1.0) 2.0 3.0)", 0, 3.0); // if(nan) should return the else branch
250
251      // NOT
252      Evaluate(interpreter, ds, "(not -1.0)", 0, 1.0);
253      Evaluate(interpreter, ds, "(not -2.0)", 0, 1.0);
254      Evaluate(interpreter, ds, "(not 1.0)", 0, -1.0);
255      Evaluate(interpreter, ds, "(not 2.0)", 0, -1.0);
256      Evaluate(interpreter, ds, "(not 0.0)", 0, 1.0);
257      Evaluate(interpreter, ds, "(not (log -1.0))", 0, 1.0);
258
259      // AND
260      Evaluate(interpreter, ds, "(and -1.0 -2.0)", 0, -1.0);
261      Evaluate(interpreter, ds, "(and -1.0 2.0)", 0, -1.0);
262      Evaluate(interpreter, ds, "(and 1.0 -2.0)", 0, -1.0);
263      Evaluate(interpreter, ds, "(and 1.0 0.0)", 0, -1.0);
264      Evaluate(interpreter, ds, "(and 0.0 0.0)", 0, -1.0);
265      Evaluate(interpreter, ds, "(and 1.0 2.0)", 0, 1.0);
266      Evaluate(interpreter, ds, "(and 1.0 2.0 3.0)", 0, 1.0);
267      Evaluate(interpreter, ds, "(and 1.0 -2.0 3.0)", 0, -1.0);
268      Evaluate(interpreter, ds, "(and (log -1.0))", 0, -1.0); // (and NaN)
269      Evaluate(interpreter, ds, "(and (log -1.0)  1.0)", 0, -1.0); // (and NaN 1.0)
270
271
272      // OR
273      Evaluate(interpreter, ds, "(or -1.0 -2.0)", 0, -1.0);
274      Evaluate(interpreter, ds, "(or -1.0 2.0)", 0, 1.0);
275      Evaluate(interpreter, ds, "(or 1.0 -2.0)", 0, 1.0);
276      Evaluate(interpreter, ds, "(or 1.0 2.0)", 0, 1.0);
277      Evaluate(interpreter, ds, "(or 0.0 0.0)", 0, -1.0);
278      Evaluate(interpreter, ds, "(or -1.0 -2.0 -3.0)", 0, -1.0);
279      Evaluate(interpreter, ds, "(or -1.0 -2.0 3.0)", 0, 1.0);
280      Evaluate(interpreter, ds, "(or (log -1.0))", 0, -1.0); // (or NaN)
281      Evaluate(interpreter, ds, "(or (log -1.0)  1.0)", 0, -1.0); // (or NaN 1.0)
282
283      // sin, cos, tan
284      Evaluate(interpreter, ds, "(sin " + Math.PI.ToString(NumberFormatInfo.InvariantInfo) + ")", 0, 0.0);
285      Evaluate(interpreter, ds, "(sin 0.0)", 0, 0.0);
286      Evaluate(interpreter, ds, "(cos " + Math.PI.ToString(NumberFormatInfo.InvariantInfo) + ")", 0, -1.0);
287      Evaluate(interpreter, ds, "(cos 0.0)", 0, 1.0);
288      Evaluate(interpreter, ds, "(tan " + Math.PI.ToString(NumberFormatInfo.InvariantInfo) + ")", 0, Math.Tan(Math.PI));
289      Evaluate(interpreter, ds, "(tan 0.0)", 0, Math.Tan(Math.PI));
290
291      // exp, log
292      Evaluate(interpreter, ds, "(log (exp 7.0))", 0, Math.Log(Math.Exp(7)));
293      Evaluate(interpreter, ds, "(exp (log 7.0))", 0, Math.Exp(Math.Log(7)));
294      Evaluate(interpreter, ds, "(log -3.0)", 0, Math.Log(-3));
295
296      // power
297      Evaluate(interpreter, ds, "(pow 2.0 3.0)", 0, 8.0);
298      Evaluate(interpreter, ds, "(pow 4.0 0.5)", 0, 1.0); // interpreter should round to the nearest integer value value (.5 is rounded to the even number)
299      Evaluate(interpreter, ds, "(pow 4.0 2.5)", 0, 16.0); // interpreter should round to the nearest integer value value (.5 is rounded to the even number)
300      Evaluate(interpreter, ds, "(pow -2.0 3.0)", 0, -8.0);
301      Evaluate(interpreter, ds, "(pow 2.0 -3.0)", 0, 1.0 / 8.0);
302      Evaluate(interpreter, ds, "(pow -2.0 -3.0)", 0, -1.0 / 8.0);
303
304      // root
305      Evaluate(interpreter, ds, "(root 9.0 2.0)", 0, 3.0);
306      Evaluate(interpreter, ds, "(root 27.0 3.0)", 0, 3.0);
307      Evaluate(interpreter, ds, "(root 2.0 -3.0)", 0, Math.Pow(2.0, -1.0 / 3.0));
308
309      // mean
310      Evaluate(interpreter, ds, "(mean -1.0 1.0 -1.0)", 0, -1.0 / 3.0);
311
312      // lag
313      Evaluate(interpreter, ds, "(lagVariable 1.0 a -1) ", 1, ds.GetDoubleValue("A", 0));
314      Evaluate(interpreter, ds, "(lagVariable 1.0 a -1) ", 2, ds.GetDoubleValue("A", 1));
315      Evaluate(interpreter, ds, "(lagVariable 1.0 a 0) ", 2, ds.GetDoubleValue("A", 2));
316      Evaluate(interpreter, ds, "(lagVariable 1.0 a 1) ", 0, ds.GetDoubleValue("A", 1));
317
318      // integral
319      Evaluate(interpreter, ds, "(integral -1.0 (variable 1.0 a)) ", 1, ds.GetDoubleValue("A", 0) + ds.GetDoubleValue("A", 1));
320      Evaluate(interpreter, ds, "(integral -1.0 (lagVariable 1.0 a 1)) ", 1, ds.GetDoubleValue("A", 1) + ds.GetDoubleValue("A", 2));
321      Evaluate(interpreter, ds, "(integral -2.0 (variable 1.0 a)) ", 2, ds.GetDoubleValue("A", 0) + ds.GetDoubleValue("A", 1) + ds.GetDoubleValue("A", 2));
322      Evaluate(interpreter, ds, "(integral -1.0 (* (variable 1.0 a) (variable 1.0 b)))", 1, ds.GetDoubleValue("A", 0) * ds.GetDoubleValue("B", 0) + ds.GetDoubleValue("A", 1) * ds.GetDoubleValue("B", 1));
323      Evaluate(interpreter, ds, "(integral -2.0 3.0)", 1, 9.0);
324
325      // derivative
326      // (f_0 + 2 * f_1 - 2 * f_3 - f_4) / 8; // h = 1
327      Evaluate(interpreter, ds, "(diff (variable 1.0 a)) ", 5, (ds.GetDoubleValue("A", 5) + 2 * ds.GetDoubleValue("A", 4) - 2 * ds.GetDoubleValue("A", 2) - ds.GetDoubleValue("A", 1)) / 8.0);
328      Evaluate(interpreter, ds, "(diff (variable 1.0 b)) ", 5, (ds.GetDoubleValue("B", 5) + 2 * ds.GetDoubleValue("B", 4) - 2 * ds.GetDoubleValue("B", 2) - ds.GetDoubleValue("B", 1)) / 8.0);
329      Evaluate(interpreter, ds, "(diff (* (variable 1.0 a) (variable 1.0 b)))", 5, +
330        (ds.GetDoubleValue("A", 5) * ds.GetDoubleValue("B", 5) +
331        2 * ds.GetDoubleValue("A", 4) * ds.GetDoubleValue("B", 4) -
332        2 * ds.GetDoubleValue("A", 2) * ds.GetDoubleValue("B", 2) -
333        ds.GetDoubleValue("A", 1) * ds.GetDoubleValue("B", 1)) / 8.0);
334      Evaluate(interpreter, ds, "(diff -2.0 3.0)", 5, 0.0);
335
336      // timelag
337      Evaluate(interpreter, ds, "(lag -1.0 (lagVariable 1.0 a 2)) ", 1, ds.GetDoubleValue("A", 2));
338      Evaluate(interpreter, ds, "(lag -2.0 (lagVariable 1.0 a 2)) ", 2, ds.GetDoubleValue("A", 2));
339      Evaluate(interpreter, ds, "(lag -1.0 (* (lagVariable 1.0 a 1) (lagVariable 1.0 b 2)))", 1, ds.GetDoubleValue("A", 1) * ds.GetDoubleValue("B", 2));
340      Evaluate(interpreter, ds, "(lag -2.0 3.0)", 1, 3.0);
341    }
342
343    private void Evaluate(ISymbolicDataAnalysisExpressionTreeInterpreter interpreter, Dataset ds, string expr, int index, double expected) {
344      var importer = new SymbolicExpressionImporter();
345      ISymbolicExpressionTree tree = importer.Import(expr);
346
347      double actual = interpreter.GetSymbolicExpressionTreeValues(tree, ds, Enumerable.Range(index, 1)).First();
348
349      Assert.IsFalse(double.IsNaN(actual) && !double.IsNaN(expected));
350      Assert.IsFalse(!double.IsNaN(actual) && double.IsNaN(expected));
351      Assert.AreEqual(expected, actual, 1.0E-12, expr);
352    }
353  }
354}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.