Changeset 2411


Ignore:
Timestamp:
10/06/09 09:40:25 (13 years ago)
Author:
gkronber
Message:

Implemented #772 (Text export of SVM models)

Location:
trunk/sources
Files:
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/sources/HeuristicLab.SupportVectorMachines/3.2/PredictorView.Designer.cs

    r2373 r2411  
    5454      this.minTimeOffsetLabel = new System.Windows.Forms.Label();
    5555      this.SuspendLayout();
     56      //
     57      // textBox
     58      //
     59      this.textBox.Location = new System.Drawing.Point(0, 238);
     60      this.textBox.Size = new System.Drawing.Size(324, 130);
    5661      //
    5762      // lowerPredictionLimit
     
    136141      this.Controls.Add(this.lowerPredictionLimit);
    137142      this.Name = "PredictorView";
    138       this.Size = new System.Drawing.Size(252, 240);
     143      this.Size = new System.Drawing.Size(324, 371);
     144      this.Controls.SetChildIndex(this.textBox, 0);
    139145      this.Controls.SetChildIndex(this.lowerPredictionLimit, 0);
    140146      this.Controls.SetChildIndex(this.lowerLimitTextbox, 0);
  • trunk/sources/HeuristicLab.SupportVectorMachines/3.2/SVMModelView.Designer.cs

    r2322 r2411  
    5555      this.kernelType = new System.Windows.Forms.TextBox();
    5656      this.gamma = new System.Windows.Forms.TextBox();
     57      this.textBox = new System.Windows.Forms.TextBox();
    5758      this.SuspendLayout();
    5859      //
     
    142143      this.gamma.TabIndex = 12;
    143144      //
     145      // textBox
     146      //
     147      this.textBox.Anchor = ((System.Windows.Forms.AnchorStyles)((((System.Windows.Forms.AnchorStyles.Top | System.Windows.Forms.AnchorStyles.Bottom)
     148                  | System.Windows.Forms.AnchorStyles.Left)
     149                  | System.Windows.Forms.AnchorStyles.Right)));
     150      this.textBox.Location = new System.Drawing.Point(0, 134);
     151      this.textBox.Multiline = true;
     152      this.textBox.Name = "textBox";
     153      this.textBox.ReadOnly = true;
     154      this.textBox.ScrollBars = System.Windows.Forms.ScrollBars.Both;
     155      this.textBox.Size = new System.Drawing.Size(283, 171);
     156      this.textBox.TabIndex = 13;
     157      this.textBox.WordWrap = false;
     158      //
    144159      // SVMModelView
    145160      //
    146161      this.AutoScaleDimensions = new System.Drawing.SizeF(6F, 13F);
    147162      this.AutoScaleMode = System.Windows.Forms.AutoScaleMode.Font;
     163      this.Controls.Add(this.textBox);
    148164      this.Controls.Add(this.gamma);
    149165      this.Controls.Add(this.kernelType);
     
    157173      this.Controls.Add(this.numberSupportVectorsLabel);
    158174      this.Name = "SVMModelView";
    159       this.Size = new System.Drawing.Size(253, 135);
     175      this.Size = new System.Drawing.Size(283, 308);
    160176      this.ResumeLayout(false);
    161177      this.PerformLayout();
     
    175191    private System.Windows.Forms.TextBox kernelType;
    176192    private System.Windows.Forms.TextBox gamma;
     193    protected System.Windows.Forms.TextBox textBox;
    177194  }
    178195}
  • trunk/sources/HeuristicLab.SupportVectorMachines/3.2/SVMModelView.cs

    r2328 r2411  
    2929using System.Windows.Forms;
    3030using HeuristicLab.Core;
     31using System.IO;
    3132
    3233namespace HeuristicLab.SupportVectorMachines {
    3334  public partial class SVMModelView : ViewBase {
    3435    private SVMModel model;
    35     public SVMModelView() : base() {
     36    public SVMModelView()
     37      : base() {
    3638      InitializeComponent();
    37     }   
    38     public SVMModelView(SVMModel model) : base() {
     39    }
     40    public SVMModelView(SVMModel model)
     41      : base() {
    3942      InitializeComponent();
    4043      this.model = model;
     
    4649      kernelType.DataBindings.Add(new Binding("Text", model.Model.Parameter, "KernelType"));
    4750      gamma.DataBindings.Add(new Binding("Text", model.Model.Parameter, "Gamma"));
     51      StringBuilder builder = new StringBuilder();
     52      builder.AppendLine("RangeTransform:");
     53      using (MemoryStream stream = new MemoryStream()) {
     54        SVM.RangeTransform.Write(stream, model.RangeTransform);
     55        stream.Seek(0, System.IO.SeekOrigin.Begin);
     56        StreamReader reader = new StreamReader(stream);
     57        builder.AppendLine(reader.ReadToEnd());
     58      }
     59      builder.AppendLine("Model:");
     60      using (MemoryStream stream = new MemoryStream()) {
     61        SVM.Model.Write(stream, model.Model);
     62        stream.Seek(0, System.IO.SeekOrigin.Begin);
     63        StreamReader reader = new StreamReader(stream);
     64        builder.AppendLine(reader.ReadToEnd());
     65      }
     66
     67      textBox.Text = builder.ToString();
    4868    }
    4969  }
  • trunk/sources/LibSVM/Model.cs

    r1819 r2411  
    2222using System.IO;
    2323
    24 namespace SVM
    25 {
    26     /// <remarks>
    27     /// Encapsulates an SVM Model.
    28     /// </remarks>
    29   [Serializable]
    30   public class Model
    31   {
    32         private Parameter _parameter;
    33         private int _numberOfClasses;
    34         private int _supportVectorCount;
    35         private Node[][] _supportVectors;
    36         private double[][] _supportVectorCoefficients;
    37         private double[] _rho;
    38         private double[] _pairwiseProbabilityA;
    39         private double[] _pairwiseProbabilityB;
    40 
    41         private int[] _classLabels;
    42         private int[] _numberOfSVPerClass;
    43 
    44         internal Model()
    45         {
     24namespace SVM {
     25  /// <remarks>
     26  /// Encapsulates an SVM Model.
     27  /// </remarks>
     28  [Serializable]
     29  public class Model {
     30    private Parameter _parameter;
     31    private int _numberOfClasses;
     32    private int _supportVectorCount;
     33    private Node[][] _supportVectors;
     34    private double[][] _supportVectorCoefficients;
     35    private double[] _rho;
     36    private double[] _pairwiseProbabilityA;
     37    private double[] _pairwiseProbabilityB;
     38
     39    private int[] _classLabels;
     40    private int[] _numberOfSVPerClass;
     41
     42    internal Model() {
     43    }
     44
     45    /// <summary>
     46    /// Parameter object.
     47    /// </summary>
     48    public Parameter Parameter {
     49      get {
     50        return _parameter;
     51      }
     52      set {
     53        _parameter = value;
     54      }
     55    }
     56
     57    /// <summary>
     58    /// Number of classes in the model.
     59    /// </summary>
     60    public int NumberOfClasses {
     61      get {
     62        return _numberOfClasses;
     63      }
     64      set {
     65        _numberOfClasses = value;
     66      }
     67    }
     68
     69    /// <summary>
     70    /// Total number of support vectors.
     71    /// </summary>
     72    public int SupportVectorCount {
     73      get {
     74        return _supportVectorCount;
     75      }
     76      set {
     77        _supportVectorCount = value;
     78      }
     79    }
     80
     81    /// <summary>
     82    /// The support vectors.
     83    /// </summary>
     84    public Node[][] SupportVectors {
     85      get {
     86        return _supportVectors;
     87      }
     88      set {
     89        _supportVectors = value;
     90      }
     91    }
     92
     93    /// <summary>
     94    /// The coefficients for the support vectors.
     95    /// </summary>
     96    public double[][] SupportVectorCoefficients {
     97      get {
     98        return _supportVectorCoefficients;
     99      }
     100      set {
     101        _supportVectorCoefficients = value;
     102      }
     103    }
     104
     105    /// <summary>
     106    /// Rho values.
     107    /// </summary>
     108    public double[] Rho {
     109      get {
     110        return _rho;
     111      }
     112      set {
     113        _rho = value;
     114      }
     115    }
     116
     117    /// <summary>
     118    /// First pairwise probability.
     119    /// </summary>
     120    public double[] PairwiseProbabilityA {
     121      get {
     122        return _pairwiseProbabilityA;
     123      }
     124      set {
     125        _pairwiseProbabilityA = value;
     126      }
     127    }
     128
     129    /// <summary>
     130    /// Second pairwise probability.
     131    /// </summary>
     132    public double[] PairwiseProbabilityB {
     133      get {
     134        return _pairwiseProbabilityB;
     135      }
     136      set {
     137        _pairwiseProbabilityB = value;
     138      }
     139    }
     140
     141    // for classification only
     142
     143    /// <summary>
     144    /// Class labels.
     145    /// </summary>
     146    public int[] ClassLabels {
     147      get {
     148        return _classLabels;
     149      }
     150      set {
     151        _classLabels = value;
     152      }
     153    }
     154
     155    /// <summary>
     156    /// Number of support vectors per class.
     157    /// </summary>
     158    public int[] NumberOfSVPerClass {
     159      get {
     160        return _numberOfSVPerClass;
     161      }
     162      set {
     163        _numberOfSVPerClass = value;
     164      }
     165    }
     166
     167    /// <summary>
     168    /// Reads a Model from the provided file.
     169    /// </summary>
     170    /// <param name="filename">The name of the file containing the Model</param>
     171    /// <returns>the Model</returns>
     172    public static Model Read(string filename) {
     173      FileStream input = File.OpenRead(filename);
     174      try {
     175        return Read(input);
     176      }
     177      finally {
     178        input.Close();
     179      }
     180    }
     181
     182    /// <summary>
     183    /// Reads a Model from the provided stream.
     184    /// </summary>
     185    /// <param name="stream">The stream from which to read the Model.</param>
     186    /// <returns>the Model</returns>
     187    public static Model Read(Stream stream) {
     188      StreamReader input = new StreamReader(stream);
     189
     190      // read parameters
     191
     192      Model model = new Model();
     193      Parameter param = new Parameter();
     194      model.Parameter = param;
     195      model.Rho = null;
     196      model.PairwiseProbabilityA = null;
     197      model.PairwiseProbabilityB = null;
     198      model.ClassLabels = null;
     199      model.NumberOfSVPerClass = null;
     200
     201      bool headerFinished = false;
     202      while (!headerFinished) {
     203        string line = input.ReadLine();
     204        string cmd, arg;
     205        int splitIndex = line.IndexOf(' ');
     206        if (splitIndex >= 0) {
     207          cmd = line.Substring(0, splitIndex);
     208          arg = line.Substring(splitIndex + 1);
     209        } else {
     210          cmd = line;
     211          arg = "";
    46212        }
    47 
    48         /// <summary>
    49         /// Parameter object.
    50         /// </summary>
    51         public Parameter Parameter
    52         {
    53             get
     213        arg = arg.ToLower();
     214
     215        int i, n;
     216        switch (cmd) {
     217          case "svm_type":
     218            param.SvmType = (SvmType)Enum.Parse(typeof(SvmType), arg.ToUpper());
     219            break;
     220
     221          case "kernel_type":
     222            param.KernelType = (KernelType)Enum.Parse(typeof(KernelType), arg.ToUpper());
     223            break;
     224
     225          case "degree":
     226            param.Degree = int.Parse(arg);
     227            break;
     228
     229          case "gamma":
     230            param.Gamma = double.Parse(arg);
     231            break;
     232
     233          case "coef0":
     234            param.Coefficient0 = double.Parse(arg);
     235            break;
     236
     237          case "nr_class":
     238            model.NumberOfClasses = int.Parse(arg);
     239            break;
     240
     241          case "total_sv":
     242            model.SupportVectorCount = int.Parse(arg);
     243            break;
     244
     245          case "rho":
     246            n = model.NumberOfClasses * (model.NumberOfClasses - 1) / 2;
     247            model.Rho = new double[n];
     248            string[] rhoParts = arg.Split();
     249            for (i = 0; i < n; i++)
     250              model.Rho[i] = double.Parse(rhoParts[i]);
     251            break;
     252
     253          case "label":
     254            n = model.NumberOfClasses;
     255            model.ClassLabels = new int[n];
     256            string[] labelParts = arg.Split();
     257            for (i = 0; i < n; i++)
     258              model.ClassLabels[i] = int.Parse(labelParts[i]);
     259            break;
     260
     261          case "probA":
     262            n = model.NumberOfClasses * (model.NumberOfClasses - 1) / 2;
     263            model.PairwiseProbabilityA = new double[n];
     264            string[] probAParts = arg.Split();
     265            for (i = 0; i < n; i++)
     266              model.PairwiseProbabilityA[i] = double.Parse(probAParts[i]);
     267            break;
     268
     269          case "probB":
     270            n = model.NumberOfClasses * (model.NumberOfClasses - 1) / 2;
     271            model.PairwiseProbabilityB = new double[n];
     272            string[] probBParts = arg.Split();
     273            for (i = 0; i < n; i++)
     274              model.PairwiseProbabilityB[i] = double.Parse(probBParts[i]);
     275            break;
     276
     277          case "nr_sv":
     278            n = model.NumberOfClasses;
     279            model.NumberOfSVPerClass = new int[n];
     280            string[] nrsvParts = arg.Split();
     281            for (i = 0; i < n; i++)
     282              model.NumberOfSVPerClass[i] = int.Parse(nrsvParts[i]);
     283            break;
     284
     285          case "SV":
     286            headerFinished = true;
     287            break;
     288
     289          default:
     290            throw new Exception("Unknown text in model file");
     291        }
     292      }
     293
     294      // read sv_coef and SV
     295
     296      int m = model.NumberOfClasses - 1;
     297      int l = model.SupportVectorCount;
     298      model.SupportVectorCoefficients = new double[m][];
     299      for (int i = 0; i < m; i++) {
     300        model.SupportVectorCoefficients[i] = new double[l];
     301      }
     302      model.SupportVectors = new Node[l][];
     303
     304      for (int i = 0; i < l; i++) {
     305        string[] parts = input.ReadLine().Trim().Split();
     306
     307        for (int k = 0; k < m; k++)
     308          model.SupportVectorCoefficients[k][i] = double.Parse(parts[k]);
     309        int n = parts.Length - m;
     310        model.SupportVectors[i] = new Node[n];
     311        for (int j = 0; j < n; j++) {
     312          string[] nodeParts = parts[m + j].Split(':');
     313          model.SupportVectors[i][j] = new Node();
     314          model.SupportVectors[i][j].Index = int.Parse(nodeParts[0]);
     315          model.SupportVectors[i][j].Value = double.Parse(nodeParts[1]);
     316        }
     317      }
     318
     319      return model;
     320    }
     321
     322    /// <summary>
     323    /// Writes a model to the provided filename.  This will overwrite any previous data in the file.
     324    /// </summary>
     325    /// <param name="filename">The desired file</param>
     326    /// <param name="model">The Model to write</param>
     327    public static void Write(string filename, Model model) {
     328      FileStream stream = File.Open(filename, FileMode.Create);
     329      try {
     330        Write(stream, model);
     331      }
     332      finally {
     333        stream.Close();
     334      }
     335    }
     336
     337    /// <summary>
     338    /// Writes a model to the provided stream.
     339    /// </summary>
     340    /// <param name="stream">The output stream</param>
     341    /// <param name="model">The model to write</param>
     342    public static void Write(Stream stream, Model model) {
     343      StreamWriter output = new StreamWriter(stream);
     344
     345      Parameter param = model.Parameter;
     346
     347      output.Write("svm_type " + param.SvmType + Environment.NewLine);
     348      output.Write("kernel_type " + param.KernelType + Environment.NewLine);
     349
     350      if (param.KernelType == KernelType.POLY)
     351        output.Write("degree " + param.Degree + Environment.NewLine);
     352
     353      if (param.KernelType == KernelType.POLY || param.KernelType == KernelType.RBF || param.KernelType == KernelType.SIGMOID)
     354        output.Write("gamma " + param.Gamma + Environment.NewLine);
     355
     356      if (param.KernelType == KernelType.POLY || param.KernelType == KernelType.SIGMOID)
     357        output.Write("coef0 " + param.Coefficient0 + Environment.NewLine);
     358
     359      int nr_class = model.NumberOfClasses;
     360      int l = model.SupportVectorCount;
     361      output.Write("nr_class " + nr_class + Environment.NewLine);
     362      output.Write("total_sv " + l + Environment.NewLine);
     363
     364      {
     365        output.Write("rho");
     366        for (int i = 0; i < nr_class * (nr_class - 1) / 2; i++)
     367          output.Write(" " + model.Rho[i]);
     368        output.Write(Environment.NewLine);
     369      }
     370
     371      if (model.ClassLabels != null) {
     372        output.Write("label");
     373        for (int i = 0; i < nr_class; i++)
     374          output.Write(" " + model.ClassLabels[i]);
     375        output.Write(Environment.NewLine);
     376      }
     377
     378      if (model.PairwiseProbabilityA != null)
     379      // regression has probA only
    54380            {
    55                 return _parameter;
    56             }
    57             set
    58             {
    59                 _parameter = value;
    60             }
     381        output.Write("probA");
     382        for (int i = 0; i < nr_class * (nr_class - 1) / 2; i++)
     383          output.Write(" " + model.PairwiseProbabilityA[i]);
     384        output.Write(Environment.NewLine);
     385      }
     386      if (model.PairwiseProbabilityB != null) {
     387        output.Write("probB");
     388        for (int i = 0; i < nr_class * (nr_class - 1) / 2; i++)
     389          output.Write(" " + model.PairwiseProbabilityB[i]);
     390        output.Write(Environment.NewLine);
     391      }
     392
     393      if (model.NumberOfSVPerClass != null) {
     394        output.Write("nr_sv");
     395        for (int i = 0; i < nr_class; i++)
     396          output.Write(" " + model.NumberOfSVPerClass[i]);
     397        output.Write(Environment.NewLine);
     398      }
     399
     400      output.Write("SV\n");
     401      double[][] sv_coef = model.SupportVectorCoefficients;
     402      Node[][] SV = model.SupportVectors;
     403
     404      for (int i = 0; i < l; i++) {
     405        for (int j = 0; j < nr_class - 1; j++)
     406          output.Write(sv_coef[j][i] + " ");
     407
     408        Node[] p = SV[i];
     409        if (p.Length == 0) {
     410          output.WriteLine();
     411          continue;
    61412        }
    62 
    63         /// <summary>
    64         /// Number of classes in the model.
    65         /// </summary>
    66         public int NumberOfClasses
    67         {
    68             get
    69             {
    70                 return _numberOfClasses;
    71             }
    72             set
    73             {
    74                 _numberOfClasses = value;
    75             }
     413        if (param.KernelType == KernelType.PRECOMPUTED)
     414          output.Write("0:{0}", (int)p[0].Value);
     415        else {
     416          output.Write("{0}:{1}", p[0].Index, p[0].Value);
     417          for (int j = 1; j < p.Length; j++)
     418            output.Write(" {0}:{1}", p[j].Index, p[j].Value);
    76419        }
    77 
    78         /// <summary>
    79         /// Total number of support vectors.
    80         /// </summary>
    81         public int SupportVectorCount
    82         {
    83             get
    84             {
    85                 return _supportVectorCount;
    86             }
    87             set
    88             {
    89                 _supportVectorCount = value;
    90             }
    91         }
    92 
    93         /// <summary>
    94         /// The support vectors.
    95         /// </summary>
    96         public Node[][] SupportVectors
    97         {
    98             get
    99             {
    100                 return _supportVectors;
    101             }
    102             set
    103             {
    104                 _supportVectors = value;
    105             }
    106         }
    107 
    108         /// <summary>
    109         /// The coefficients for the support vectors.
    110         /// </summary>
    111         public double[][] SupportVectorCoefficients
    112         {
    113             get
    114             {
    115                 return _supportVectorCoefficients;
    116             }
    117             set
    118             {
    119                 _supportVectorCoefficients = value;
    120             }
    121         }
    122 
    123         /// <summary>
    124         /// Rho values.
    125         /// </summary>
    126         public double[] Rho
    127         {
    128             get
    129             {
    130                 return _rho;
    131             }
    132             set
    133             {
    134                 _rho = value;
    135             }
    136         }
    137 
    138         /// <summary>
    139         /// First pairwise probability.
    140         /// </summary>
    141         public double[] PairwiseProbabilityA
    142         {
    143             get
    144             {
    145                 return _pairwiseProbabilityA;
    146             }
    147             set
    148             {
    149                 _pairwiseProbabilityA = value;
    150             }
    151         }
    152 
    153         /// <summary>
    154         /// Second pairwise probability.
    155         /// </summary>
    156         public double[] PairwiseProbabilityB
    157         {
    158             get
    159             {
    160                 return _pairwiseProbabilityB;
    161             }
    162             set
    163             {
    164                 _pairwiseProbabilityB = value;
    165             }
    166         }
    167    
    168     // for classification only
    169 
    170         /// <summary>
    171         /// Class labels.
    172         /// </summary>
    173         public int[] ClassLabels
    174         {
    175             get
    176             {
    177                 return _classLabels;
    178             }
    179             set
    180             {
    181                 _classLabels = value;
    182             }
    183         }
    184 
    185         /// <summary>
    186         /// Number of support vectors per class.
    187         /// </summary>
    188         public int[] NumberOfSVPerClass
    189         {
    190             get
    191             {
    192                 return _numberOfSVPerClass;
    193             }
    194             set
    195             {
    196                 _numberOfSVPerClass = value;
    197             }
    198         }
    199 
    200         /// <summary>
    201         /// Reads a Model from the provided file.
    202         /// </summary>
    203         /// <param name="filename">The name of the file containing the Model</param>
    204         /// <returns>the Model</returns>
    205         public static Model Read(string filename)
    206         {
    207             FileStream input = File.OpenRead(filename);
    208             try
    209             {
    210                 return Read(input);
    211             }
    212             finally
    213             {
    214                 input.Close();
    215             }
    216         }
    217 
    218         /// <summary>
    219         /// Reads a Model from the provided stream.
    220         /// </summary>
    221         /// <param name="stream">The stream from which to read the Model.</param>
    222         /// <returns>the Model</returns>
    223         public static Model Read(Stream stream)
    224         {
    225             StreamReader input = new StreamReader(stream);
    226 
    227             // read parameters
    228 
    229             Model model = new Model();
    230             Parameter param = new Parameter();
    231             model.Parameter = param;
    232             model.Rho = null;
    233             model.PairwiseProbabilityA = null;
    234             model.PairwiseProbabilityB = null;
    235             model.ClassLabels = null;
    236             model.NumberOfSVPerClass = null;
    237 
    238             bool headerFinished = false;
    239             while (!headerFinished)
    240             {
    241                 string line = input.ReadLine();
    242                 string cmd, arg;
    243                 int splitIndex = line.IndexOf(' ');
    244                 if (splitIndex >= 0)
    245                 {
    246                     cmd = line.Substring(0, splitIndex);
    247                     arg = line.Substring(splitIndex + 1);
    248                 }
    249                 else
    250                 {
    251                     cmd = line;
    252                     arg = "";
    253                 }
    254                 arg = arg.ToLower();
    255 
    256                 int i,n;
    257                 switch(cmd){
    258                     case "svm_type":
    259                         param.SvmType = (SvmType)Enum.Parse(typeof(SvmType), arg.ToUpper());
    260                         break;
    261                        
    262                     case "kernel_type":
    263                         param.KernelType = (KernelType)Enum.Parse(typeof(KernelType), arg.ToUpper());
    264                         break;
    265 
    266                     case "degree":
    267                         param.Degree = int.Parse(arg);
    268                         break;
    269 
    270                     case "gamma":
    271                         param.Gamma = double.Parse(arg);
    272                         break;
    273 
    274                     case "coef0":
    275                         param.Coefficient0 = double.Parse(arg);
    276                         break;
    277 
    278                     case "nr_class":
    279                         model.NumberOfClasses = int.Parse(arg);
    280                         break;
    281 
    282                     case "total_sv":
    283                         model.SupportVectorCount = int.Parse(arg);
    284                         break;
    285 
    286                     case "rho":
    287                         n = model.NumberOfClasses * (model.NumberOfClasses - 1) / 2;
    288                         model.Rho = new double[n];
    289                         string[] rhoParts = arg.Split();
    290                         for(i=0; i<n; i++)
    291                             model.Rho[i] = double.Parse(rhoParts[i]);
    292                         break;
    293 
    294                     case "label":
    295                         n = model.NumberOfClasses;
    296                         model.ClassLabels = new int[n];
    297                         string[] labelParts = arg.Split();
    298                         for (i = 0; i < n; i++)
    299                             model.ClassLabels[i] = int.Parse(labelParts[i]);
    300                         break;
    301 
    302                     case "probA":
    303                         n = model.NumberOfClasses * (model.NumberOfClasses - 1) / 2;
    304                         model.PairwiseProbabilityA = new double[n];
    305                             string[] probAParts = arg.Split();
    306                         for (i = 0; i < n; i++)
    307                             model.PairwiseProbabilityA[i] = double.Parse(probAParts[i]);
    308                         break;
    309 
    310                     case "probB":
    311                         n = model.NumberOfClasses * (model.NumberOfClasses - 1) / 2;
    312                         model.PairwiseProbabilityB = new double[n];
    313                         string[] probBParts = arg.Split();
    314                         for (i = 0; i < n; i++)
    315                             model.PairwiseProbabilityB[i] = double.Parse(probBParts[i]);
    316                         break;
    317 
    318                     case "nr_sv":
    319                         n = model.NumberOfClasses;
    320                         model.NumberOfSVPerClass = new int[n];
    321                         string[] nrsvParts = arg.Split();
    322                         for (i = 0; i < n; i++)
    323                             model.NumberOfSVPerClass[i] = int.Parse(nrsvParts[i]);
    324                         break;
    325 
    326                     case "SV":
    327                         headerFinished = true;
    328                         break;
    329 
    330                     default:
    331                         throw new Exception("Unknown text in model file"); 
    332                 }
    333             }
    334 
    335             // read sv_coef and SV
    336 
    337             int m = model.NumberOfClasses - 1;
    338             int l = model.SupportVectorCount;
    339             model.SupportVectorCoefficients = new double[m][];
    340             for (int i = 0; i < m; i++)
    341             {
    342                 model.SupportVectorCoefficients[i] = new double[l];
    343             }
    344             model.SupportVectors = new Node[l][];
    345 
    346             for (int i = 0; i < l; i++)
    347             {
    348                 string[] parts = input.ReadLine().Trim().Split();
    349 
    350                 for (int k = 0; k < m; k++)
    351                     model.SupportVectorCoefficients[k][i] = double.Parse(parts[k]);
    352                 int n = parts.Length-m;
    353                 model.SupportVectors[i] = new Node[n];
    354                 for (int j = 0; j < n; j++)
    355                 {
    356                     string[] nodeParts = parts[m + j].Split(':');
    357                     model.SupportVectors[i][j] = new Node();
    358                     model.SupportVectors[i][j].Index = int.Parse(nodeParts[0]);
    359                     model.SupportVectors[i][j].Value = double.Parse(nodeParts[1]);
    360                 }
    361             }
    362 
    363             return model;
    364         }
    365 
    366         /// <summary>
    367         /// Writes a model to the provided filename.  This will overwrite any previous data in the file.
    368         /// </summary>
    369         /// <param name="filename">The desired file</param>
    370         /// <param name="model">The Model to write</param>
    371         public static void Write(string filename, Model model)
    372         {
    373             FileStream stream = File.Open(filename, FileMode.Create);
    374             try
    375             {
    376                 Write(stream, model);
    377             }
    378             finally
    379             {
    380                 stream.Close();
    381             }
    382         }
    383 
    384         /// <summary>
    385         /// Writes a model to the provided stream.
    386         /// </summary>
    387         /// <param name="stream">The output stream</param>
    388         /// <param name="model">The model to write</param>
    389         public static void Write(Stream stream, Model model)
    390         {
    391             StreamWriter output = new StreamWriter(stream);
    392 
    393             Parameter param = model.Parameter;
    394 
    395             output.Write("svm_type " + param.SvmType + "\n");
    396             output.Write("kernel_type " + param.KernelType + "\n");
    397 
    398             if (param.KernelType == KernelType.POLY)
    399                 output.Write("degree " + param.Degree + "\n");
    400 
    401             if (param.KernelType == KernelType.POLY || param.KernelType == KernelType.RBF || param.KernelType == KernelType.SIGMOID)
    402                 output.Write("gamma " + param.Gamma + "\n");
    403 
    404             if (param.KernelType == KernelType.POLY || param.KernelType == KernelType.SIGMOID)
    405                 output.Write("coef0 " + param.Coefficient0 + "\n");
    406 
    407             int nr_class = model.NumberOfClasses;
    408             int l = model.SupportVectorCount;
    409             output.Write("nr_class " + nr_class + "\n");
    410             output.Write("total_sv " + l + "\n");
    411 
    412             {
    413                 output.Write("rho");
    414                 for (int i = 0; i < nr_class * (nr_class - 1) / 2; i++)
    415                     output.Write(" " + model.Rho[i]);
    416                 output.Write("\n");
    417             }
    418 
    419             if (model.ClassLabels != null)
    420             {
    421                 output.Write("label");
    422                 for (int i = 0; i < nr_class; i++)
    423                     output.Write(" " + model.ClassLabels[i]);
    424                 output.Write("\n");
    425             }
    426 
    427             if (model.PairwiseProbabilityA != null)
    428             // regression has probA only
    429             {
    430                 output.Write("probA");
    431                 for (int i = 0; i < nr_class * (nr_class - 1) / 2; i++)
    432                     output.Write(" " + model.PairwiseProbabilityA[i]);
    433                 output.Write("\n");
    434             }
    435             if (model.PairwiseProbabilityB != null)
    436             {
    437                 output.Write("probB");
    438                 for (int i = 0; i < nr_class * (nr_class - 1) / 2; i++)
    439                     output.Write(" " + model.PairwiseProbabilityB[i]);
    440                 output.Write("\n");
    441             }
    442 
    443             if (model.NumberOfSVPerClass != null)
    444             {
    445                 output.Write("nr_sv");
    446                 for (int i = 0; i < nr_class; i++)
    447                     output.Write(" " + model.NumberOfSVPerClass[i]);
    448                 output.Write("\n");
    449             }
    450 
    451             output.Write("SV\n");
    452             double[][] sv_coef = model.SupportVectorCoefficients;
    453             Node[][] SV = model.SupportVectors;
    454 
    455             for (int i = 0; i < l; i++)
    456             {
    457                 for (int j = 0; j < nr_class - 1; j++)
    458                     output.Write(sv_coef[j][i] + " ");
    459 
    460                 Node[] p = SV[i];
    461                 if (p.Length == 0)
    462                 {
    463                     output.WriteLine();
    464                     continue;
    465                 }
    466                 if (param.KernelType == KernelType.PRECOMPUTED)
    467                     output.Write("0:{0}", (int)p[0].Value);
    468                 else
    469                 {
    470                     output.Write("{0}:{1}", p[0].Index, p[0].Value);
    471                     for (int j = 1; j < p.Length; j++)
    472                         output.Write(" {0}:{1}", p[j].Index, p[j].Value);
    473                 }
    474                 output.WriteLine();
    475             }
    476 
    477             output.Flush();
    478         }
    479   }
     420        output.WriteLine();
     421      }
     422
     423      output.Flush();
     424    }
     425  }
    480426}
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.