Index: /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling-3.3.csproj
===================================================================
--- /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling-3.3.csproj	(revision 16953)
+++ /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling-3.3.csproj	(revision 16954)
@@ -114,11 +114,14 @@
     </Reference>
     <Reference Include="System.Drawing" />
+    <Reference Include="System.IO.Compression" />
     <Reference Include="System.Windows.Forms" />
   </ItemGroup>
   <ItemGroup>
+    <Compile Include="Instances\DataDescriptor.cs" />
     <Compile Include="OdeParameterIdentification.cs" />
     <Compile Include="Plugin.cs" />
     <Compile Include="Problem.cs" />
     <Compile Include="Properties\AssemblyInfo.cs" />
+    <Compile Include="ProblemInstanceProvider.cs" />
     <Compile Include="Solution.cs" />
     <Compile Include="SolutionView.cs">
@@ -132,4 +135,26 @@
   <ItemGroup>
     <None Include="HeuristicLab.snk" />
+    <None Include="Instances\bacterial_1.csv" />
+    <EmbeddedResource Include="Instances\bacterial_1.csv.zip" />
+    <None Include="Instances\bar_magnets_1.csv" />
+    <EmbeddedResource Include="Instances\bar_magnets_1.csv.zip" />
+    <None Include="Instances\ChemicalReaction.csv" />
+    <EmbeddedResource Include="Instances\ChemicalReaction.csv.zip" />
+    <None Include="Instances\E-CELL.csv" />
+    <EmbeddedResource Include="Instances\E-CELL.csv.zip" />
+    <None Include="Instances\Glider_1.csv" />
+    <EmbeddedResource Include="Instances\Glider_1.csv.zip" />
+    <None Include="Instances\LotkaVolterra.csv" />
+    <EmbeddedResource Include="Instances\LotkaVolterra.csv.zip" />
+    <None Include="Instances\predator_prey_1.csv" />
+    <EmbeddedResource Include="Instances\predator_prey_1.csv.zip" />
+    <None Include="Instances\S-System.csv" />
+    <EmbeddedResource Include="Instances\S-System.csv.zip" />
+    <None Include="Instances\shear_flow_1.csv" />
+    <EmbeddedResource Include="Instances\shear_flow_1.csv.zip" />
+    <None Include="Instances\ThreeLotkaVolterra.csv" />
+    <EmbeddedResource Include="Instances\ThreeLotkaVolterra.csv.zip" />
+    <None Include="Instances\van_der_pol_1.csv" />
+    <EmbeddedResource Include="Instances\van_der_pol_1.csv.zip" />
     <None Include="packages.config" />
     <None Include="Plugin.cs.frame" />
@@ -232,4 +257,8 @@
       <Name>HeuristicLab.Problems.DataAnalysis-3.4</Name>
       <Private>False</Private>
+    </ProjectReference>
+    <ProjectReference Include="..\..\HeuristicLab.Problems.Instances.DataAnalysis\3.3\HeuristicLab.Problems.Instances.DataAnalysis-3.3.csproj">
+      <Project>{94C7714E-29D4-4D6D-B213-2C18D627AB75}</Project>
+      <Name>HeuristicLab.Problems.Instances.DataAnalysis-3.3</Name>
     </ProjectReference>
     <ProjectReference Include="..\..\HeuristicLab.Problems.Instances\3.3\HeuristicLab.Problems.Instances-3.3.csproj">
Index: /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/ChemicalReaction.csv
===================================================================
--- /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/ChemicalReaction.csv	(revision 16954)
+++ /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/ChemicalReaction.csv	(revision 16954)
@@ -0,0 +1,102 @@
+y1;y2;y3;m1;m2;m3;diff_y1;diff_y2;diff_y3
+0,1;0;0;0,1;0;0;-0,0013902461237926;0,00136146792920414;2,87781945884882e-05
+0,0986097538762074;0,00136146792920414;2,87781945884882e-05;0,0986097547807194;0,00136146810711729;2,89400916982414e-05;-0,00137091868929994;0,00128660821555895;8,43104737409579e-05
+0,0972388351869075;0,00264807614476308;0,000113088668329446;0,0972388369707829;0,00264807646934467;0,000113724869270114;-0,00135185927787754;0,00121499567209235;0,000136863605785206
+0,0958869759090299;0,00386307181685543;0,000249952274114652;0,0958869785476425;0,00386307225949969;0,000251358425134521;-0,00133306456795396;0,0011465442839524;0,000186520284001526
+0,094553911341076;0,00500961610080784;0,000436472558116178;0,0945539148103133;0,0050096166354698;0,000438928010219288;-0,00131453117568059;0,00108115963729094;0,000233371538389684
+0,0932393801653954;0,00609077573809877;0,000669844096505862;0,0932393844416502;0,00609077634119856;0,000673612417592021;-0,00129625565493249;0,00101873891926356;0,000277516735668918
+0,0919431245104629;0,00710951465736233;0,00094736083217478;0,0919431295706246;0,0071095153076717;0,000952690366090961;-0,00127823449730761;0,000959170918029673;0,000319063579277935
+0,0906648900131553;0,00806868557539201;0,00126642441145272;0,0906648958346008;0,00806868625390337;0,00127354888395584;-0,00126046413212734;0,000902336022752434;0,000358128109374918
+0,0894044258810279;0,00897102159814444;0,00162455252082763;0,0894044324416126;0,00897102228792222;0,00163369169245876;-0,0012429409264363;0,000848106223598783;0,000394834702837515
+0,0881614849545916;0,00981912782174322;0,00201938722366515;0,0881614922326396;0,00981912850775757;0,00203074758953498;-0,00122566118500232;0,000796345111739444;0,00042931607326285
+0,0869358237695893;0,0106154729334827;0,002448703296928;0,0869358317438843;0,0106154736024256;0,00246247883341387;-0,00120862192014388;0,000746969639586962;0,00046165228055694
+0,0857272018494454;0,0113624425730696;0,00291035557748494;0,085727210499223;0,011362443213247;0,00292672819267614;-0,00119181945575414;0,000699834854715451;0,000491984601038681
+0,0845353823936913;0,0120622774277851;0,00340234017852362;0,0845353916986297;0,0120622780289046;0,0034214805071113;-0,00117524999942847;0,000654805167128574;0,000520444832299897
+0,0833601323942628;0,0127170825949137;0,00392278501082352;0,0833601423344729;0,0127170831479164;0,00394485315562999;-0,00115891066353127;0,000611824413473447;0,000547086250057822
+0,0822012217307315;0,0133289070083871;0,00446987126088134;0,0822012322867496;0,01332890750541;0,00449501709257493;-0,00114279850628601;0,000570830918457894;0,000571967587828119
+0,0810584232244455;0,013899737926845;0,00504183884870946;0,0810584343772264;0,013899738361173;0,00507020233622956;-0,00112691053177541;0,000531757494850536;0,000595153036924899
+0,0799315126926701;0,0144314954216955;0,00563699188563436;0,0799315244235797;0,0144314957877038;0,00566870345732653;-0,00111124368994149;0,000494531443480748;0,000616712246460693
+0,0788202690027286;0,0149260268651763;0,00625370413209505;0,0788202812935365;0,0149260271582623;0,00628888506755629;-0,00109579487658509;0,000459074553238643;0,000636720323346475
+0,0777244741261435;0,0153851014184149;0,00689042445544152;0,077724486959015;0,0153851016349201;0,00692918730807564;-0,00108056093336677;0,000425303101075114;0,000655257832291647
+0,0766439131927768;0,01581040451949;0,00754568228773317;0,0766439265502651;0,0158104046566115;0,00758813133801624;-0,00106553864780587;0,000393127852001792;0,000672410795804061
+0,0755783745449709;0,0162035323714918;0,00821809308353723;0,0755783884100096;0,0162035324271837;0,00826432482299323;-0,00105072555032516;0,000362505688446639;0,000688219861878527
+0,0745276489946457;0,0165660380599385;0,00890631294541576;0,0745276633526162;0,0165660378507755;0,00895641648633812;-0,001036118333635;0,000333332403501814;0,000702785930133178
+0,0734915306610107;0,0168993704634403;0,00960909887554894;0,073491545497996;0,0168993697715358;0,00966315637256377;-0,00102171354786203;0,000305505970251543;0,000716207577610487
+0,0724698171131487;0,0172048764336918;0,0103253064531594;0,0724698324134374;0,0172048752251103;0,0103833934405807;-0,00100750872323591;0,000278993048330074;0,000728515674905833
+0,0714623083899128;0,0174838694820219;0,0110538221280653;0,0714623241365996;0,0174838678578638;0,0111160077421251;-0,00099350134270805;0,000253756634629648;0,000739744708078407
+0,0704688070472048;0,0177376261166515;0,0117935668361437;0,0704688232227868;0,0177376242648312;0,011859914056865;-0,000979688841951626;0,000229756063300456;0,000749932778651154
+0,0694891182052531;0,017967382179952;0,0125434996147948;0,0694891347922239;0,0179673803276701;0,012614065527506;-0,000966068609361506;0,000206947005750694;0,000759121603610831
+0,0685230495958916;0,0181743291857027;0,0133026212184057;0,0685230665773309;0,0181743275526123;0,0133774572948977;-0,000952637986054411;0,000185281470646479;0,000767356515407932
+0,0675704116098372;0,0183596106563492;0,0140699777338136;0,0675704289699983;0,0183596094084156;0,0141491301331393;-0,000939394265868726;0,000164707803911944;0,000774686461956768
+0,0666310173439685;0,0185243184602611;0,0148446641957704;0,0666310350688617;0,0185243176643157;0,014928174084686;-0,000926334695364586;0,000145170688729188;0,000781164006635407
+0,0657046826486039;0,0186694891489903;0,0156258282024058;0,0657047007265772;0,0186694887279781;0,0157137320954548;-0,00091345650780561;0,000126612804526905;0,000786843703278712
+0,0647912261407983;0,0187961019535172;0,0164126719056845;0,0647912445587349;0,0187961018581664;0,0165050018032453;-0,00090075795332753;0,000109022578758073;0,000791735374569457
+0,0638904681874708;0,0189051245322753;0,0172044072802539;0,0638904869250045;0,0189051250280763;0,0173011904410151;-0,000888235613071151;9,23048281681119e-05;0,000795930784903014
+0,0630022325743996;0,0189974293604434;0,0180003380651569;0,0630022516286261;0,0189974298665226;0,0181015986650898;-0,000875886728800818;7,6406730484025e-05;0,000799479998316813
+0,0621263458455988;0,0190738360909274;0,0187998180634738;0,0621263652096628;0,0190738362517461;0,0189055764212433;-0,000863709210137356;6,13093605641053e-05;0,000802399849573254
+0,0612626366354614;0,0191351454514915;0,019602217913047;0,0612626562993777;0,0191351450996921;0,0197124906212423;-0,000851700925854924;4,69914380443817e-05;0,000804709487810543
+0,0604109357096065;0,0191821368895359;0,0204069274008576;0,0604109556610873;0,019182136007571;0,0205217274714567;-0,00083985970388132;3,34293273386854e-05;0,000806430376542627
+0,0595710760057252;0,0192155662168746;0,0212133577774002;0,0595710962310149;0,0192155648974186;0,0213326948014717;-0,000828183331297735;2,05970376385214e-05;0,000807586293659211
+0,0587428926744275;0,0192361632545131;0,0220209440710594;0,0587429131591438;0,0192361616596561;0,022144824392699;-0,00081666955433897;8,46622291320043e-06;0,000808203331425773
+0,0579262231200885;0,0192446294774263;0,0228291474024852;0,0579262438500708;0,0192446277966506;0,0229575743069879;-0,000805316078393271;-2,99381809027235e-06;0,000808309896483547
+0,0571209070416952;0,019241635659336;0,0236374572989687;0,0571209280038597;0,0192416340662753;0,0237704312152371;-0,000794120568002404;-1,3816141847079e-05;0,000807936709849497
+0,0563267864736928;0,019227819517489;0,0244453940088182;0,0563268076568943;0,0192278181254698;0,0245829127260056;-0,000783080646861688;-2,40361600547176e-05;0,000807116806916384
+0,0555437058268311;0,0192037833574343;0,0252525108157346;0,055543727222732;0,0192037821738003;0,0253945697141244;-0,000772194104677132;-3,36845862780218e-05;0,000805878690955154
+0,054771511722154;0,0191700987711562;0,0260583895066897;0,0547715333155875;0,0191700980057301;0,0262049814175164;-0,000761459669591825;-4,2764146399539e-05;0,000804223815991361
+0,0540100520525622;0,0191273346247567;0,0268626133226811;0,0540100738328147;0,0191273342333283;0,0270137289840419;-0,000750873840589507;-5,13528818979203e-05;0,000802226722487417
+0,0532591782119727;0,0190759817428588;0,0276648400451685;0,053259200178755;0,01907598132038;0,027820468622707;-0,000740434567816278;-5,94715476453164e-05;0,000799906115461602
+0,0525187436441564;0,0190165101952135;0,0284647461606301;0,0525187657934193;0,0190165094920017;0,0286248748479063;-0,000730140108728496;-6,71300757582628e-05;0,000797270184486762
+0,0517886035354279;0,0189493801194552;0,0292620163451169;0,0517886258600956;0,0189493790169654;0,0294266304332981;-0,000719988685919326;-7,43398567753413e-05;0,000794328542694674
+0,0510686148495086;0,0188750402626798;0,0300563448878116;0,0510686373402176;0,0188750387485888;0,0302254278440572;-0,000709978487118658;-8,11137396573049e-05;0,000791092226775956
+0,0503586363623899;0,0187939265230225;0,0308474371145875;0,0503586590082329;0,0187939246656255;0,0310209706691277;-0,000700107665193156;-8,74660317869876e-05;0,000787573696980137
+0,0496585286971968;0,0187064604912356;0,0316350108115677;0,049658551486472;0,0187064584131545;0,0318129750534757;-0,000690374338146255;-9,34124989693495e-05;0,000783786837115601
+0,0489681543590505;0,0186130479922662;0,0324187976486833;0,0489681772800164;0,0186130458434707;0,0326011711303417;-0,000680776589118116;-9,89703654314597e-05;0,000779746954549597
+0,0482873777699324;0,0185140776268347;0,0331985446032328;0,0482874008115676;0,0185140755569744;0,033385304453494;-0,000671312466385757;-0,00010415831382252;0,000775470780208259
+0,0476160653035466;0,0184099193130122;0,0339740153834411;0,0476160884563153;0,0184099174430615;0,0341651374294805;-0,000661979983362829;-0,000108996485213838;0,000770976468576656
+0,0469540853201838;0,0183009228277984;0,0347449918520178;0,046954108576806;0,0183009212210136;0,0349404507498825;-0,000652777118599825;-0,000113506479098819;0,000766283597698661
+0,046301308201584;0,0181874163486996;0,0355112754497164;0,0463013315578119;0,0181874149808875;0,0357110448235663;-0,000643702257801311;-0,000117701190036769;0,000761403447838087
+0,0456576059437827;0,0180697151586628;0,0362726788975545;0,0456576293813754;0,0180697142940125;0,0364767310422872;-0,000634754351125658;-0,000121584368354435;0,000756338719480096
+0,045022851592657;0,0179481307903084;0,0370290176170346;0,0450228751078106;0,0179481302708322;0,0372373241994401;-0,000625930053420105;-0,000125210494050405;0,000751140547470504
+0,0443969215392369;0,017822920296258;0,0377801581645051;0,0443969451354171;0,0178229198002168;0,0379926902582226;-0,000617227804032422;-0,000128587291756927;0,000745815095789353
+0,0437796937352045;0,017694333004501;0,0385259732602945;0,0437797174119608;0,0176943323214294;0,0387427011151592;-0,000608646181757176;-0,000131719242278252;0,000740365424035418
+0,0431710475534473;0,0175626137622228;0,0392663386843299;0,043171071307089;0,0175626127777518;0,039487231758165;-0,000600183736048004;-0,000134611690510381;0,000734795426558396
+0,0425708638173993;0,0174280020717124;0,0400011341108883;0,042570887641676;0,0174280007519358;0,0402261611064465;-0,000591838987017763;-0,000137270845441115;0,000729109832458885
+0,0419790248303815;0,0172907312262713;0,0407302439433472;0,0419790487171691;0,017290729601654;0,040959372850403;-0,00058361042543844;-0,000139703780150036;0,000723314205588466
+0,0413954144049431;0,0171510274461213;0,0414535581489356;0,0413954383449345;0,0171510255949509;0,0416867562915271;-0,000575496512741115;-0,000141918431808486;0,000717414944549598
+0,040819917892202;0,0170091090143128;0,0421709730934852;0,0408199418756028;0,0170091070456938;0,0424082071823063;-0,000567495681016002;-0,000143923601679634;0,000711419282695649
+0,040252422211186;0,0168651854126331;0,0428823923761809;0,0402524462284153;0,0168651834490238;0,0431236285661238;-0,000559606333012559;-0,000145728955118406;0,000705335288130951
+0,0396928158781734;0,0167194564575147;0,0435877276643118;0,0396928399205699;0,016719454616807;0,0438329316171595;-0,000551826842139252;-0,000147345021571495;0,000699171863710754
+0,0391409890360342;0,0165721114359432;0,0442868995280226;0,0391410130965667;0,0165721098130853;0,0445360364802913;-0,000544155552463781;-0,000148783194577402;0,000692938747041183
+0,0385968334835704;0,0164233282413658;0,0449798382750638;0,0385968575575538;0,0164233268895276;0,045232873110996;-0,000536590778712952;-0,000150055731766411;0,00068664651047938
+0,0380602427048574;0,0162732725095994;0,0456664847855431;0,0380602667906736;0,0162732714208806;0,0459233821152502;-0,000529131148316528;-0,000151170620806721;0,000680301769123245
+0,0375311115565409;0,0161221018887927;0,0463467865546664;0,0375311356378014;0,0161221012504994;0,0466075105115568;-0,000521776301189929;-0,000152123540709648;0,00067389984189957
+0,037009335255351;0,015969978348083;0,047020686396566;0,0370093593258254;0,0159699781113815;0,0472852010197178;-0,000514522971645288;-0,000152953273870451;0,00066747624551574
+0,0364948122837057;0,0158170250742126;0,0476881626420817;0,0364948363517218;0,0158170249654256;0,0479564320602346;-0,000507369738167944;-0,000153665868384011;0,000661035606551959
+0,0359874425455377;0,0156633592058286;0,0483491982486337;0,0359874666151891;0,0156633590305045;0,0486211864193309;-0,000500315477326999;-0,000154262698117795;0,000654578175444794
+0,0354871270682107;0,0155090965077108;0,0490037764240785;0,0354871511399685;0,0155090961417162;0,0492794471434163;-0,000493359041404552;-0,000154745622457259;0,000648104663861802
+0,0349937680268062;0,0153543508852535;0,0496518810879403;0,0349937920981358;0,0153543502655826;0,049931198003193;-0,000486499258395529;-0,000155116986305897;0,00064161624470143
+0,0345072687684107;0,0151992338989476;0,0502934973326417;0,0345072928343928;0,0151992330142481;0,0505764239577604;-0,000479734932007946;-0,000155379620085216;0,000635114552093155
+0,0340275338364027;0,0150438542788624;0,0509286118847348;0,0340275578903591;0,0150438531596779;0,0512151116187221;-0,000473064841662652;-0,000155536839734759;0,00062860168139741
+0,0335544689947401;0,0148883174391277;0,0515572135661322;0,0335544930288635;0,014888316147857;0,0518472497142905;-0,000466487742493527;-0,000155592446712054;0,000622080189205586
+0,0330879812522465;0,0147327249924156;0,0521792937553378;0,033088005258236;0,0147327236129884;0,0524728295533934;-0,000460002365347337;-0,000155550727992676;0,000615553093340021
+0,0326279788868992;0,0145771742644229;0,0527948468486779;0,032628002856599;0,0145771728916917;0,0530918454897794;-0,000453607416783811;-0,000155416456070225;0,000609023872854032
+0,0321743714701154;0,0144217578083527;0,0534038707215319;0,032174395396159;0,0144217565372019;0,0537042953861237;-0,000447301579075653;-0,000155194888956286;0,000602496468031941
+0,0317270698910397;0,0142665629193964;0,0540063671895638;0,0317270937674985;0,0142665618335678;0,0543101810781339;-0,000441083510208454;-0,000154891770180498;0,000595975280388947
+0,0312859863808313;0,0141116711492159;0,0546023424699528;0,0312860102038674;0,0141116703098504;0,0549095088386554;-0,000434951843880819;-0,000154513328790502;0,000589465172671312
+0,0308510345369505;0,0139571578204254;0,0551918076426241;0,0308510583054745;0,013957157254322;0,0555022898417781;-0,000428905189504242;-0,000154066279351956;0,000582971468856219
+0,0304221293474462;0,0138030915410735;0,0557747791114803;0,0304221530637794;0,0138030912286641;0,0560885406269409;-0,000422942791167932;-0,000153554312614903;0,000576497103782839
+0,0299991865562783;0,0136495372284586;0,0563512762152631;0,0299992102003777;0,0136495372461523;0,0566682805677052;-0,000417063680716347;-0,000152984164680441;0,000570047845396777
+0,0295821228755619;0,0134965530637781;0,0569213240606599;0,0295821464491193;0,0134965533315814;0,0572415350474739;-0,000411265663614161;-0,00015236581896432;0,000563631482578479
+0,0291708572119478;0,0133441872448138;0,0574849555432384;0,029170880719067;0,0133441876719632;0,0578083371553193;-0,0004055478126152;-0,000151700026660732;0,000557247839275937
+0,0287653093993326;0,0131924872181531;0,0580422033825143;0,0287653328424621;0,0131924877292181;0,0583687197811122;-0,000399909202082844;-0,000150987653317955;0,000550896855400801
+0,0283654001972497;0,0130414995648351;0,0585931002379151;0,0283654235773656;0,0130415000995107;0,0589227157543204;-0,000394348886963661;-0,000150229809296123;0,000544578696259776
+0,0279710513102861;0,012891269755539;0,0591376789341749;0,0279710746270812;0,0128912702682083;0,0594703580708969;-0,000388865902787392;-0,000149427849767235;0,000538293752554625
+0,0275821854074987;0,0127418419057718;0,0596759726867295;0,0275822086595783;0,0127418423648394;0,0600116801201679;-0,000383459265666998;-0,000148583374715162;0,000532042640382167
+0,0271987261418317;0,0125932585310566;0,0602080153271117;0,0271987493269144;0,0125932589180519;0,06054671591172;-0,000378127972298605;-0,000147698228935636;0,000525826201234245
+0,0268205981695331;0,012445560302121;0,060733841528346;0,0268206212846579;0,0124455606105718;0,0610755003022888;-0,000372870999961531;-0,000146774502036266;0,000519645501997804
+0,0264477271695716;0,0122987858000847;0,0612534870303438;0,0264477502113113;0,0122987860341614;0,0615980692226463;-0,000367687306518292;-0,000145814528436516;0,000513501834954806
+0,0260800398630533;0,0121529712716482;0,0617669888652986;0,0260800628277334;0,0121529714445782;0,0621144599044888;-0,000362575830414553;-0,00014482088736772;0,000507396717782271
+0,0257174640326387;0,0120081503842805;0,0622743855830808;0,0257174869165626;0,0120081505165328;0,062624711107325;-0,000357535490679222;-0,000143796402873087;0,000501331893552295
+0,0253599285419595;0,0118643539814074;0,0627757174766331;0,0253599513416393;0,0118643540986477;0,0631288633453634;-0,000352565186924354;-0,00014274414380768;0,000495309330732038
+0,0250073633550351;0,0117216098375997;0,0632710268073652;0,0250073860674289;0,0117216099684157;0,0636269591144005;-0,000347663799345213;-0,000141667423838438;0,000489331223183648
+0,0246596995556899;0,0115799424137612;0,0637603580305488;0,0246597221784445;0,0115799425871581;0,0641190431187088;0;0;0
Index: /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/DataDescriptor.cs
===================================================================
--- /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/DataDescriptor.cs	(revision 16954)
+++ /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/DataDescriptor.cs	(revision 16954)
@@ -0,0 +1,15 @@
+﻿using System.Collections.Generic;
+using HeuristicLab.Data;
+using HeuristicLab.Problems.Instances;
+
+namespace HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling.Instances {
+  public class DataDescriptor : IDataDescriptor {
+    public string Name { get; internal set; }
+    public string Description { get; internal set; }
+    public string[] TargetVariables { get; internal set; }
+    public string[] InputVariables { get; internal set; }
+    public IEnumerable<IntRange> TrainingEpisodes { get; internal set; }
+    public IEnumerable<IntRange> TestEpisodes { get; internal set; }
+    public string FileName { get; internal set; }
+  }
+}
Index: /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/E-CELL.csv
===================================================================
--- /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/E-CELL.csv	(revision 16954)
+++ /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/E-CELL.csv	(revision 16954)
@@ -0,0 +1,42 @@
+y1;y2;y3;diff_y1;diff_y2;diff_y3
+1,2;0;1,2;-0,128956440286917;0,118226220361981;-0,118226220361981
+1,07104355971308;0,118226220361981;1,08177377963802;-0,105773821473387;0,078541873646462;-0,0785418736464623
+0,965269738239697;0,196768094008443;1,00323190599156;-0,089723149693222;0,0515738499072254;-0,051573849907225
+0,875546588546475;0,248341943915668;0,951658056084332;-0,0780684077982542;0,0328380614078942;-0,0328380614078942
+0,79747818074822;0,281180005323563;0,918819994676437;-0,0692276171864997;0,0196034735593696;-0,0196034735593694
+0,728250563561721;0,300783478882932;0,899216521117068;-0,0622457785730823;0,010137878177686;-0,0101378781776862
+0,666004784988638;0,310921357060618;0,889078642939382;-0,0565270463337826;0,00330750929767903;-0,00330750929767887
+0,609477738654856;0,314228866358297;0,885771133641703;-0,0516902397071667;-0,00164821450890651;0,0016482145089064
+0,557787498947689;0,312580651849391;0,887419348150609;-0,0474872902627608;-0,00524855157902127;0,00524855157902127
+0,510300208684928;0,30733210027037;0,892667899729631;-0,0437536857168161;-0,00785598657277242;0,00785598657277264
+0,466546522968112;0,299476113697597;0,900523886302403;-0,0403791032366195;-0,00972741025631746;0,00972741025631774
+0,426167419731493;0,28974870344128;0,910251296558721;-0,0372901078791953;-0,0110437184479646;0,0110437184479645
+0,388877311852297;0,278704984993315;0,921295015006685;-0,0344357628975803;-0,0119394421559517;0,0119394421559518
+0,354441548954717;0,266765542837363;0,933234457162637;-0,0317818718602125;-0,0125110275364844;0,0125110275364845
+0,322659677094505;0,254254515300879;0,945745484699122;-0,0293045977198613;-0,0128309967107815;0,0128309967107815
+0,293355079374643;0,241423518590097;0,958576481409903;-0,0269870802814143;-0,0129544178928813;0,0129544178928811
+0,266367999093229;0,228469100697216;0,971530899302784;-0,0248174508226339;-0,0129224738608532;0,0129224738608531
+0,241550548270595;0,215546626836363;0,984453373163637;-0,0227866022266039;-0,0127680925825145;0,0127680925825145
+0,218763946043991;0,202778534253848;0,997221465746152;-0,0208874537995334;-0,0125169362446929;0,0125169362446934
+0,197876492244458;0,190261598009155;1,00973840199085;-0,0191142869631589;-0,0121888500780689;0,0121888500780687
+0,178762205281299;0,178072747931087;1,02192725206891;-0,017461441305677;-0,0118021720351326;0,0118021720351327
+0,161300763975622;0,166270575895954;1,03372942410405;-0,0159245428759084;-0,0113684608217351;0,0113684608217353
+0,145376221099714;0,154902115074219;1,04509788492578;-0,0144980793232252;-0,010902034449833;0,010902034449833
+0,130878141776488;0,144000080624386;1,05599991937561;-0,0131778197920046;-0,0104101441527378;0,0104101441527378
+0,117700321984484;0,133589936471648;1,06641006352835;-0,011958421475506;-0,00990282725809584;0,00990282725809566
+0,105741900508978;0,123687109213552;1,07631289078645;-0,0108349406791342;-0,00938686299036719;0,00938686299036728
+0,0949069598298437;0,114300246223185;1,08569975377682;-0,0098025933624262;-0,0088671462584643;0,00886714625846441
+0,0851043664674175;0,105433099964721;1,09456690003528;-0,0088556433057924;-0,00835104062131484;0,00835104062131475
+0,0762487231616251;0,0970820593434059;1,10291794065659;-0,00798948922319637;-0,00784086842362902;0,00784086842362908
+0,0682592339384287;0,0892411909197769;1,11075880908022;-0,00719876777570293;-0,0073410899816776;0,00734108998167771
+0,0610604661627258;0,0819001009380993;1,1180998990619;-0,00647817661932517;-0,006855557259279;0,006855557259279
+0,0545822895434006;0,0750445436788203;1,12495545632118;-0,00582327882400649;-0,00638497579355486;0,00638497579355479
+0,0487590107193941;0,0686595678852654;1,13134043211474;-0,00522881905439809;-0,00593265961174454;0,00593265961174416
+0,043530191664996;0,0627269082735209;1,13727309172648;-0,00469016732892359;-0,00550010614350915;0,00550010614350915
+0,0388400243360724;0,0572268021300117;1,14277319786999;-0,00420328837030062;-0,00508711647287474;0,00508711647287474
+0,0346367359657718;0,052139685657137;1,14786031434286;-0,00376351128198625;-0,00469561282103272;0,0046956128210327
+0,0308732246837856;0,0474440728361043;1,1525559271639;-0,00336684670091549;-0,00432600592084041;0,00432600592084031
+0,0275063779828701;0,0431180669152638;1,15688193308474;-0,00300991903163172;-0,00397734968840303;0,00397734968840369
+0,0244964589512384;0,0391407172268608;1,16085928277314;-0,00268888562158894;-0,00365027300172097;0,00365027300172072
+0,0218075733296494;0,0354904442251398;1,16450955577486;-0,00240050393381751;-0,00334442833584415;0,00334442833584414
+0,0194070693958319;0,0321460158892957;1,1678539841107;0;0;0
Index: /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/Glider_1.csv
===================================================================
--- /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/Glider_1.csv	(revision 16954)
+++ /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/Glider_1.csv	(revision 16954)
@@ -0,0 +1,101 @@
+y1;y2;diff_y1;diff_y2
+0,910162366635927;1,04083404236931;-0,0908092631252637;0,0295800736230283
+0,819353103510663;1,07041411599234;-0,091186201938243;0,0164081979809803
+0,72816690157242;1,08682231397332;-0,0909222532966;0,000204218429172176
+0,63724464827582;1,08702653240249;-0,0898879299759779;-0,0207652731309436
+0,547356718299842;1,06626125927155;-0,0877135893463717;-0,0499088843472928
+0,45964312895347;1,01635237492426;-0,0835611925397894;-0,0936065052734515
+0,376081936413681;0,922745869650804;-0,0755060689667978;-0,163522004631592
+0,300575867446883;0,759223865019212;-0,0593512849122285;-0,274110297223542
+0,241224582534654;0,485113567795669;-0,0288486860002052;-0,404234803206509
+0,212375896534449;0,0808787645891598;0,0137169490890814;-0,434247139028342
+0,226092845623531;-0,353368374439182;0,0497453705543364;-0,323527405310346
+0,275838216177867;-0,676895779749528;0,0700871670449181;-0,198869612417894
+0,345925383222785;-0,875765392167422;0,0799031731278718;-0,11563577649719
+0,425828556350657;-0,991401168664612;0,0844586390237311;-0,0642925035656969
+0,510287195374388;-1,05569367223031;0,0863502035224982;-0,0311033368825968
+0,596637398896886;-1,08679700911291;0,0867242960472946;-0,00804686350486561
+0,683361694944181;-1,09484387261777;0,0860918739925083;0,00911676907929282
+0,769453568936689;-1,08572710353848;0,0846782190403798;0,0226156090213141
+0,854131787977069;-1,06311149451716;0,0825802752732533;0,0337154414757173
+0,936712063250322;-1,02939605304145;0,0798260946077264;0,0431171599406381
+1,01653815785805;-0,986278893100809;0,0764157049111216;0,0512530017363346
+1,09295386276917;-0,935025891364475;0,072336667278051;0,0583697256149694
+1,16529053004722;-0,876656165749505;0,0675772571521172;0,0646201773639048
+1,23286778719934;-0,8120359883856;0,0621341872542414;0,0700895413488628
+1,29500197445358;-0,741946447036738;0,056020480638703;0,0748243983718802
+1,35102245509228;-0,667122048664857;0,0492667298853648;0,0788457292970735
+1,40028918497765;-0,588276319367784;0,0419263627721698;0,082157105263209
+1,44221554774982;-0,506119214104575;0,034075839162502;0,084757079339558
+1,47629138691232;-0,421362134765017;0,0258111009350681;0,0866343606718191
+1,50210248784739;-0,334727774093198;0,0172498209508063;0,0877844965862114
+1,51935230879819;-0,246943277506987;0,00852127331521446;0,0881983684275868
+1,52787358211341;-0,1587449090794;-0,000235256853704291;0,0878752663496412
+1,5276383252597;-0,0708696427297586;-0,00887837186164608;0,0868151763231481
+1,51875995339806;0,0159455335933895;-0,0172715972253183;0,0850245880054154
+1,50148835617274;0,100970121598805;-0,0252874587446505;0,082510962130625
+1,47620089742809;0,18348108372943;-0,0328153276929992;0,0792840467951263
+1,44338556973509;0,262765130524556;-0,039761548818557;0,075351995626829
+1,40362402091653;0,338117126151385;-0,0460545309541445;0,0707179805027335
+1,35756948996239;0,408835106654119;-0,0516417948029058;0,0653780172209262
+1,30592769515948;0,474213123875045;-0,0564901577665298;0,0593129238715645
+1,24943753739295;0,533526047746609;-0,0605809496948069;0,0524869614169918
+1,18885658769815;0,586013009163601;-0,0639052824646853;0,0448352712456622
+1,12495130523346;0,630848280409263;-0,0664571737209283;0,0362589153017888
+1,05849413151253;0,667107195711052;-0,0682262455969035;0,0266132960819238
+0,990267885915629;0,693720491792976;-0,0691834149467478;0,0156869511088532
+0,921084470968881;0,709407442901829;-0,0692752012878497;0,00320288191858287
+0,851809269681031;0,712610324820412;-0,0683976058964622;-0,0112133190978125
+0,783411663784569;0,7013970057226;-0,0663809795396187;-0,0280065739735443
+0,71703068424495;0,673390431749055;-0,0629680670773485;-0,0476508094642172
+0,654062617167602;0,625739622284838;-0,0577884574907036;-0,0704470950566891
+0,596274159676898;0,555292527228149;-0,0503795528866333;-0,0961269545251729
+0,545894606790265;0,459165572702976;-0,0402802923797423;-0,123076754131126
+0,505614314410523;0,33608881857185;-0,0272868986744323;-0,147525488087473
+0,47832741573609;0,188563330484377;-0,0118306809588045;-0,163746899028235
+0,466496734777286;0,0248164314561421;0,00478157183630679;-0,166534663683772
+0,471278306613593;-0,14171823222763;0,0207130260306475;-0,154937232470791
+0,49199133264424;-0,29665546469842;0,0344002715275951;-0,132972578129228
+0,526391604171835;-0,429628042827649;0,0451110535696873;-0,106628435964423
+0,571502657741522;-0,536256478792072;0,0528850607063814;-0,0805091042937531
+0,624387718447904;-0,616765583085825;0,0581428704448885;-0,0569533793122284
+0,682530588892792;-0,673718962398054;0,0613834736335237;-0,0366258051100579
+0,743914062526316;-0,710344767508111;0,0630312156694303;-0,0193765547060272
+0,806945278195746;-0,729721322214139;0,0634090985310408;-0,00477251626946529
+0,870354376726787;-0,734493838483604;0,0627396498528755;0,00764144878772322
+0,933094026579663;-0,726852389695881;0,0611811710213447;0,0182662542065507
+0,994275197601007;-0,70858613548933;0,0588383335044376;0,0274077202169328
+1,05311353110544;-0,681178415272397;0,0557876607119157;0,0353000176395684
+1,10890119181736;-0,645878397632829;0,0520882575733095;0,0421142045299546
+1,16098944939067;-0,603764193102874;0,0477909804245302;0,0479698314198503
+1,2087804298152;-0,555794361683024;0,0429479257922449;0,0529550397618568
+1,25172835560745;-0,502839321921167;0,0376132878996016;0,0571261452075591
+1,28934164350705;-0,445713176713608;0,0318517313343534;0,0605265488382338
+1,3211933748414;-0,385186627875374;0,0257335522072508;0,0631809089568791
+1,34692692704865;-0,322005718918495;0,0193407511649377;0,0651104141705205
+1,36626767821359;-0,256895304747974;0,0127615546487112;0,0663272504308219
+1,3790292328623;-0,190568054317153;0,00609001167758461;0,0668417877825375
+1,38511924453988;-0,123726266534615;-0,000575234987789663;0,0666643672255418
+1,38454400955209;-0,0570618993090733;-0,0071375592562497;0,0658005750800505
+1,37740645029585;0,00873867577097716;-0,0135014800172715;0,0642611286062324
+1,36390497027857;0,0729998043772096;-0,0195780354280088;0,0620503044129948
+1,34432693485056;0,135050108790204;-0,0252869019362394;0,0591750500667019
+1,31904003291433;0,194225158856906;-0,0305558181706242;0,0556378568384484
+1,2884842147437;0,249863015695355;-0,0353242482586431;0,0514357344487029
+1,25315996648506;0,301298750144058;-0,0395404310430947;0,0465632686154022
+1,21361953544196;0,34786201875946;-0,0431611372558509;0,0410025779313333
+1,17045839818611;0,388864596690793;-0,0461496439163462;0,0347303825030377
+1,12430875426977;0,423594979193831;-0,0484713539576433;0,0277101328644124
+1,07583740031212;0,451305112058243;-0,0500905423751548;0,0198944599508013
+1,02574685793697;0,471199572009044;-0,0509666900507081;0,011230279110015
+0,97478016788626;0,482429851119059;-0,0510469251709558;0,00165628782689831
+0,923733242715304;0,484086138945958;-0,0502661742575149;-0,00886646891552384
+0,873467068457789;0,475219670030434;-0,048539425421541;-0,0203554410751939
+0,824927643036248;0,45486422895524;-0,0457671889460126;-0,0327248862516857
+0,779160454090236;0,422139342703554;-0,041844567251255;-0,0457605220096541
+0,737315886838981;0,3763788206939;-0,0366756881455362;-0,0590105315121012
+0,700640198693445;0,317368289181799;-0,0302178056588488;-0,0717195713390432
+0,670422393034596;0,245648717842756;-0,0225251278356003;-0,0828169199752802
+0,647897265198995;0,162831797867476;-0,0138026173360171;-0,0910409988590534
+0,634094647862978;0,0717907990084222;-0,00442306877883158;-0,0952425519668321
+0,629671579084147;-0,0234517529584099;0;0
Index: /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/LotkaVolterra.csv
===================================================================
--- /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/LotkaVolterra.csv	(revision 16954)
+++ /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/LotkaVolterra.csv	(revision 16954)
@@ -0,0 +1,301 @@
+y1;y2;diff_y1;diff_y2;y1_pred;y2_pred
+20,62090231;17,76019799;0,662415098;-1,948424157;;
+21,28331741;15,81177384;0,703684527;-1,6961612;;
+21,98700194;14,11561264;0,744950688;-1,477641543;;
+22,73195263;12,63797109;0,786420633;-1,288257348;;
+23,51837326;11,34971375;0,828281587;-1,123968981;;
+24,34665485;10,22574477;0,870700424;-0,981302793;;
+25,21735527;9,244441972;0,913827904;-0,857259567;;
+26,13118318;8,387182405;0,957804473;-0,74922078;;
+27,08898765;7,637961625;1,002755797;-0,654976597;;
+28,09174345;6,982985029;1,048803513;-0,572557926;;
+29,14054696;6,410427102;1,096057406;-0,500317547;;
+30,23660437;5,910109556;1,144623553;-0,436803745;;
+31,38122792;5,47330581;1,194602624;-0,380744777;;
+32,57583054;5,092561033;1,246087483;-0,331077898;;
+33,82191803;4,761483135;1,299170369;-0,286839611;;
+35,1210884;4,474643524;1,353937567;-0,247186536;;
+36,47502596;4,227456988;1,410469829;-0,21139196;;
+37,88549579;4,016065028;1,468845823;-0,178791121;;
+39,35434161;3,837273907;1,529138927;-0,148781735;;
+40,88348054;3,688492172;1,591414269;-0,120817979;;
+42,47489481;3,567674192;1,655730812;-0,094382698;;
+44,13062562;3,473291494;1,722144356;-0,068962569;;
+45,85276998;3,404328925;1,79069629;-0,044070166;;
+47,64346627;3,360258759;1,861414758;-0,019197354;;
+49,50488103;3,341061405;1,934304324;0,006230246;;
+51,43918535;3,347291652;2,009359482;0,032819833;;
+53,44854483;3,380111485;2,086547584;0,06123842;;
+55,53509242;3,441349905;2,16582307;0,092173913;;
+57,70091549;3,533523818;2,24701464;0,126788804;;
+59,94793013;3,660312622;2,329942998;0,166292076;;
+62,27787313;3,826604698;2,414408432;0,211972903;;
+64,69228156;4,038577602;2,500013769;0,265805556;;
+67,19229533;4,304383157;2,58626503;0,330199105;;
+69,77856036;4,634582262;2,672479876;0,408293081;;
+72,45104023;5,042875343;2,757739075;0,50418555;;
+75,20877931;5,547060893;2,840791631;0,623301862;;
+78,04957094;6,170362756;2,919945113;0,772887403;;
+80,96951605;6,943250159;2,992904485;0,962669711;;
+83,96242054;7,90591987;3,05657319;1,205733774;;
+87,01899373;9,111653644;3,106712463;1,519947656;;
+90,12570619;10,6316013;3,137597555;1,929467797;;
+93,26330374;12,5610691;3,14140057;2,467332065;;
+96,40470431;15,02840116;3,107483742;3,178401688;;
+99,51218806;18,20680285;3,021471789;4,123099094;;
+102,5336598;22,32990195;2,864061095;5,381833545;;
+105,3977209;27,71173549;2,609777541;7,058805888;;
+108,0074985;34,77054138;2,225974777;9,283019502;;
+110,2334733;44,05356088;1,672770377;12,20190026;;
+111,9062436;56,25546114;0,905397072;15,95862796;;
+112,8116407;72,2140891;-0,118698003;20,64023288;;
+112,6929427;92,85432197;-1,425165816;26,18280641;;
+111,2677769;119,0371284;-2,998998678;32,23377358;;
+108,2687782;151,270902;-4,755656015;38,01098641;;
+103,5131222;189,2818884;-6,522372419;42,27212074;;
+96,99074978;231,5540091;-8,053904575;43,5392369;;
+88,9368452;275,093246;-9,098413157;40,64193053;;
+79,83843205;315,7351766;-9,493357349;33,34122647;;
+70,3450747;349,076403;-9,231862349;22,59938405;;
+61,11321235;371,6757871;-8,455860352;10,25562881;;
+52,657352;381,9314159;-7,380264277;-1,720986696;;
+45,27708772;380,2104292;-6,209629513;-11,86349258;;
+39,06745821;368,3469366;-5,089170742;-19,45553817;;
+33,97828746;348,8913985;-4,097228802;-24,42725184;;
+29,88105866;324,4641466;-3,26005903;-27,10936829;;
+26,62099963;297,3547783;-2,573904983;-27,99243569;;
+24,04709465;269,3623426;-2,020162772;-27,57946502;;
+22,02693188;241,7828776;-1,576246636;-26,30375378;;
+20,45068524;215,4791238;-1,220409313;-24,50849827;;
+19,23027593;190,9706256;-0,93393937;-22,44512614;;
+18,29633656;168,5254994;-0,701589141;-20,29035402;;
+17,59474742;148,2351454;-0,511289665;-18,16185375;;
+17,08345775;130,0732916;-0,353708621;-16,13270344;;
+16,72974913;113,9405882;-0,221582349;-14,24597924;;
+16,50816678;99,69460897;-0,109380081;-12,52189783;;
+16,3987867;87,17271113;-0,012840957;-10,96744197;;
+16,38594574;76,20526916;0,071382041;-9,579526552;;
+16,45732778;66,62574261;0,145839334;-8,349859985;;
+16,60316712;58,27588263;0,212559376;-7,266723312;;
+16,81572649;51,00915931;0,273123436;-6,317143548;;
+17,08884993;44,69201577;0,328805562;-5,487568755;;
+17,41765549;39,20444701;0,380617497;-4,764910266;;
+17,79827299;34,43953674;0,429387025;-4,136699159;;
+18,22766001;30,30283758;0,475786495;-3,591491059;;
+18,70344651;26,71134653;0,520374144;-3,118858292;;
+19,22382065;23,59248823;0,563614632;-2,709461103;;
+19,78743529;20,88302713;0,605899368;-2,355006751;;
+20,39333466;18,52802038;0,647562673;-2,048161222;;
+21,04089733;16,47985916;0,688890359;-1,782518899;;
+21,72978769;14,69734026;0,730132196;-1,552461504;;
+22,45991988;13,14487875;0,771506646;-1,353116213;;
+23,23142653;11,79176254;0,813206911;-1,180254027;;
+24,04463344;10,61150851;0,855407741;-1,030195645;;
+24,90004118;9,58131287;0,898264001;-0,899794728;;
+25,79830518;8,681518141;0,941921158;-0,786283114;;
+26,74022634;7,895235027;0,986508146;-0,687333832;;
+27,72673449;7,207901195;1,032149582;-0,600873745;;
+28,75888407;6,60702745;1,078958186;-0,525160275;;
+29,83784225;6,081867175;1,127041663;-0,458671363;;
+30,96488392;5,623195811;1,176502925;-0,400066556;;
+32,14138684;5,223129256;1,227436552;-0,348226376;;
+33,36882339;4,874902879;1,279936104;-0,30214259;;
+34,6487595;4,57276029;1,334089522;-0,260931232;;
+35,98284902;4,311829058;1,38997906;-0,223833809;;
+37,37282808;4,087995249;1,447685057;-0,19015953;;
+38,82051314;3,897835719;1,507282672;-0,159284392;;
+40,32779581;3,738551327;1,568839226;-0,130647722;;
+41,89663503;3,607903604;1,632416253;-0,10372456;;
+43,52905129;3,504179045;1,69807277;-0,077995609;;
+45,22712406;3,426183436;1,76585382;-0,052972164;;
+46,99297788;3,373211272;1,83579313;-0,028156359;;
+48,82877101;3,345054913;1,907901805;-0,002989721;;
+50,73667281;3,342065192;1,982181803;0,023115061;;
+52,71885462;3,365180254;2,058605755;0,050815646;;
+54,77746037;3,4159959;2,137157745;0,080690575;;
+56,91461812;3,496686474;2,217679969;0,113851613;;
+59,13229808;3,610538088;2,299999521;0,151481805;;
+61,43229761;3,762019892;2,383944896;0,194773589;;
+63,8162425;3,956793481;2,469198983;0,245408565;;
+66,28544148;4,202202047;2,555282409;0,305707882;;
+68,84072389;4,507909929;2,641606372;0,378456253;;
+71,48233027;4,886366182;2,727329153;0,467430997;;
+74,20965942;5,353797179;2,811345896;0,577474816;;
+77,02100531;5,931271995;2,892122826;0,715171747;;
+79,91312814;6,646443742;2,967618923;0,889204062;;
+82,88074706;7,535647804;3,03503787;1,111393117;;
+85,91578493;8,647040921;3,090602485;1,397669499;;
+89,00638742;10,04471042;3,129177787;1,769697649;;
+92,1355652;11,81440807;3,143748664;2,257075153;;
+95,27931387;14,07148322;3,124805785;2,899931976;;
+98,40411965;16,9714152;3,059427609;3,752672933;;
+101,4635473;20,72408813;2,930212554;4,888069679;;
+104,3937598;25,61215781;2,714047032;6,401419245;;
+107,1078068;32,01357705;2,380944018;8,413010584;;
+109,4887509;40,42658764;1,893509592;11,06519764;;
+111,3822605;51,49178528;1,208214099;14,50684006;;
+112,5904746;65,99862534;0,280470458;18,8535726;;
+112,870945;84,85219794;-0,923706464;24,1095484;;
+111,9472386;108,9617463;-2,407118194;30,04321574;;
+109,5401204;139,0049621;-4,113282409;36,03898036;;
+105,4268379;175,0439424;-5,901755284;41,01104085;;
+99,52508266;216,0549833;-7,54817387;43,51567241;;
+91,97690879;259,5706557;-8,793118743;42,20333509;;
+83,18379005;301,7739908;-9,430288461;36,43026603;;
+73,75350159;338,2042568;-9,394723671;26,74424254;;
+64,35877792;364,9484994;-8,780494545;14,73913927;;
+55,57828337;379,6876386;-7,786785321;2,425764383;;
+47,79149805;382,113403;-6,629892937;-8,496860974;;
+41,16160512;373,616542;-5,479226841;-17,04017647;;
+35,68237827;356,5763656;-4,435834211;-22,92965027;;
+31,24654406;333,6467153;-3,542368628;-26,38106412;;
+27,70417544;307,2656512;-2,803751535;-27,85003782;;
+24,9004239;279,4156134;-2,204996194;-27,84756141;;
+22,69542771;251,5680519;-1,724313301;-26,83706055;;
+20,97111441;224,7309914;-1,339193681;-25,1949346;;
+19,63192073;199,5360568;-1,029779509;-23,20356725;;
+18,60214122;176,3324895;-0,779543506;-21,06561365;;
+17,82259771;155,2668759;-0,575373997;-18,91708206;;
+17,24722371;136,3497938;-0,406970705;-16,8460935;;
+16,84025301;119,5037003;-0,266449323;-14,90486444;;
+16,57380369;104,5988359;-0,147626351;-13,12112612;;
+16,42617733;91,47770976;-0,045910644;-11,50568092;;
+16,38026669;79,97202885;0,042410655;-10,05876529;;
+16,42267735;69,91326356;0,120107366;-8,773549992;;
+16,54278471;61,13971356;0,189406726;-7,639266373;;
+16,73219144;53,50044719;0,252013403;-6,643348905;;
+16,98420484;46,85709829;0,309322798;-5,772223151;;
+17,29352764;41,08487514;0,362415814;-5,012711071;;
+17,65594345;36,07216406;0,412195265;-4,351955407;;
+18,06813872;31,72020866;0,459372968;-3,778247733;;
+18,52751169;27,94196092;0,504554831;-3,280682966;;
+19,03206652;24,66127796;0,548228455;-2,84962503;;
+19,58029497;21,81165293;0,590816308;-2,47633295;;
+20,17111128;19,33531998;0,632666143;-2,153204408;;
+20,80377742;17,18211557;0,674084808;-1,873451546;;
+21,47786223;15,30866402;0,715329885;-1,631235597;;
+22,19319212;13,67742843;0,75663409;-1,421379463;;
+22,94982621;12,25604896;0,798195764;-1,239474619;;
+23,74802197;11,01657435;0,840198831;-1,081614285;;
+24,5882208;9,93496006;0,882802237;-0,94450421;;
+25,47102304;8,990455849;0,926156624;-0,825218961;;
+26,39717966;8,165236889;0,970395391;-0,721296395;;
+27,36757505;7,443940494;1,015644734;-0,630574882;;
+28,38321979;6,813365612;1,062022276;-0,551186538;;
+29,44524206;6,262179075;1,109635965;-0,481554207;;
+30,55487803;5,780624868;1,158591584;-0,420261338;;
+31,71346961;5,360363529;1,208986335;-0,366111768;;
+32,92245595;4,994251761;1,260913308;-0,318073836;;
+34,18336925;4,676177926;1,314463735;-0,275206685;;
+35,49783299;4,40097124;1,369721039;-0,236714776;;
+36,86755403;4,164256464;1,426766281;-0,201888432;;
+38,29432031;3,962368032;1,485676882;-0,170076734;;
+39,77999719;3,792291299;1,546523441;-0,140697972;;
+41,32652063;3,651593326;1,609368485;-0,113219964;;
+42,93588912;3,538373362;1,674273031;-0,087122108;;
+;;1,741286591;-0,06189819;44,61016215;3,451251254
+;;1,81044976;-0,037071259;46,35144874;3,389353064
+;;1,881779077;-0,012095405;48,1618985;3,352281804
+;;1,955283274;0,013593019;50,04367758;3,3401864
+;;2,030935617;0,040669707;51,99896085;3,353779418
+;;2,108737372;0,069655121;54,02989647;3,394449125
+;;2,188572785;0,101501174;56,13863384;3,464104246
+;;2,270267207;0,13739132;58,32720662;3,565605421
+;;2,353650568;0,178508634;60,59747383;3,702996741
+;;2,438490698;0,226248782;62,9511244;3,881505375
+;;2,524332343;0,282803761;65,3896151;4,107754157
+;;2,61065479;0,350700378;67,91394744;4,390557918
+;;2,696702623;0,433366255;70,52460223;4,741258295
+;;2,781484846;0,535189182;73,22130485;5,17462455
+;;2,863627019;0,662096303;76,0027897;5,709813732
+;;2,941299312;0,821901908;78,86641672;6,371910035
+;;3,011986991;1,025245187;81,80771603;7,193811943
+;;3,072323479;1,286342794;84,81970302;8,21905713
+;;3,117687247;1,624680865;87,8920265;9,505399924
+;;3,1418155;2,066681539;91,00971375;11,13008079
+;;3,136195005;2,6482841;94,15152925;13,19676233
+;;3,089215816;3,418417791;97,28772425;15,84504643
+;;2,985236574;4,442699482;100,3769401;19,26346422
+;;2,803341044;5,807908183;103,3621766;23,7061637
+;;2,516122737;7,625313534;106,1655177;29,51407189
+;;2,088806465;10,03034034;108,6816404;37,13938542
+;;1,479744991;13,17248307;110,7704469;47,16972576
+;;0,643797684;17,18598066;112,2501919;60,34220883
+;;-0,458697393;22,12691117;112,8939896;77,52818949
+;;-1,844668035;27,86507827;112,4352922;99,65510066
+;;-3,482305767;33,9387835;110,5906241;127,5201789
+;;-5,263211107;39,43117371;107,1083184;161,4589624
+;;-6,990283657;42,99493511;101,8451073;200,8901361
+;;-8,407988874;43,17749381;94,8548236;243,8850712
+;;-9,279030639;39,00520952;86,44683473;287,062565
+;;-9,482186694;30,58748046;77,16780409;326,0677746
+;;-9,056172193;19,18656568;67,6856174;356,655255
+;;-8,172813475;6,759124088;58,62944521;375,8418207
+;;-7,051720837;-4,816159153;50,45663173;382,6009448
+;;-5,88361146;-14,27883663;43,40491089;377,7847856
+;;-4,794093272;-21,11609603;37,52129943;363,505949
+;;-3,844867797;-25,39695115;32,72720616;342,389853
+;;-3,051653278;-27,51865448;28,88233836;316,9929018
+;;-2,405050699;-27,98670127;25,83068509;289,4742474
+;;-1,884663507;-27,29006809;23,42563439;261,4875461
+;;-1,467700476;-25,83711032;21,54097088;234,197478
+;;-1,133208508;-23,94393877;20,07327041;208,3603677
+;;-0,863410928;-21,83996106;18,9400619;184,4164289
+;;-0,644042454;-19,68266603;18,07665097;162,5764678
+;;-0,463814663;-17,57647053;17,43260852;142,8938018
+;;-0,314091792;-15,58422035;16,96879385;125,3173313
+;;-0,188072789;-13,74215422;16,65470206;109,7331109
+;;-0,08069556;-12,06570604;16,46662927;95,99095672
+;;0,012072671;-10,55889956;16,38593371;83,92525068
+;;0,093299041;-9,216703691;16,39800638;73,36635111
+;;0,165392416;-8,029667249;16,49130542;64,14964742
+;;0,230223975;-6,985626629;16,65669784;56,11998017
+;;0,28929669;-6,071271676;16,88692182;49,13435354
+;;0,343788823;-5,273223222;17,1762185;43,06308187
+;;0,394667837;-4,578431669;17,52000733;37,78985865
+;;0,442702983;-3,974802055;17,91467516;33,21142698
+;;0,488540559;-3,451076556;18,35737815;29,23662492
+;;0,532702484;-2,997220937;18,84591871;25,78554836
+;;0,575637395;-2,604120707;19,37862119;22,78832743
+;;0,61771384;-2,263827051;19,95425859;20,18420672
+;;0,659256055;-1,969218055;20,57197242;17,92037967
+;;0,700534721;-1,714171854;21,23122848;15,95116162
+;;0,741793775;-1,493241974;21,9317632;14,23698976
+;;0,783240827;-1,301787614;22,67355698;12,74374779
+;;0,825066144;-1,135706619;23,4567978;11,44196017
+;;0,86743645;-0,991505458;24,28186395;10,30625355
+;;0,910504894;-0,866133915;25,1493004;9,314748096
+;;0,954411785;-0,75695811;26,05980529;8,448614181
+;;0,999284268;-0,661732772;27,01421708;7,691656071
+;;1,04524437;-0,57846998;28,01350134;7,029923299
+;;1,092402015;-0,505510094;29,05874571;6,451453319
+;;1,140864455;-0,441374804;30,15114773;5,945943225
+;;1,19073215;-0,384785073;31,29201218;5,504568421
+;;1,242098397;-0,334670407;32,48274433;5,119783348
+;;1,295056509;-0,290044735;33,72484273;4,785112941
+;;1,349691904;-0,250068308;35,01989924;4,495068206
+;;1,406086335;-0,214005678;36,36959114;4,244999897
+;;1,464319117;-0,181182007;37,77567748;4,030994219
+;;1,524463501;-0,150993516;39,2399966;3,849812212
+;;1,586584408;-0,12289363;40,7644601;3,698818696
+;;1,65074306;-0,096360334;42,35104451;3,575925066
+;;1,716995237;-0,070877613;44,00178757;3,479564732
+;;1,785383619;-0,045967497;45,7187828;3,408687119
+;;1,855934666;-0,021109912;47,50416642;3,362719622
+;;1,92865758;0,004257473;49,36010109;3,34160971
+;;2,003544052;0,030755371;51,28875867;3,345867182
+;;2,080577076;0,058986803;53,29230272;3,376622554
+;;2,15970306;0,089670388;55,3728798;3,435609357
+;;2,24075029;0,123973116;57,53258286;3,525279745
+;;2,323547008;0,163078332;59,77333315;3,64925286
+;;2,407907581;0,2082269;62,09688015;3,812331192
+;;2,493444742;0,261348587;64,50478773;4,020558092
+;;2,579666553;0,324840634;66,99823248;4,281906679
+;;2,665914957;0,401750825;69,57789903;4,606747313
+;;2,751285768;0,496114211;72,24381399;5,008498138
+;;2,834561562;0,613222062;74,99509975;5,504612349
+;;2,914084498;0,760175615;77,82966132;6,117834411
+;;2,98761667;0,946466594;80,74374581;6,878010026
+;;3,052127853;1,184901019;83,73136248;7,82447662
+;;3,10348334;1,492909383;86,78349034;9,009377638
+;;0;0;89,88697368;10,50228702
Index: /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/S-System.csv
===================================================================
--- /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/S-System.csv	(revision 16954)
+++ /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/S-System.csv	(revision 16954)
@@ -0,0 +1,94 @@
+y1;y2;y3;y4;y5;diff_y1;diff_y2;diff_y3;diff_y4;diff_y5
+0,1;0,1;0,1;0,1;0,1;0,0292443540749793;0,000277006150854325;0,12243621826645;0,000286052030673903;1,73178425411091e-06
+0,129244354074979;0,100277006150854;0,22243621826645;0,100286052030674;0,100001731784254;0,050702096105793;0,00134268839012534;0,115718050668473;0,00135918323572216;1,66694439722309e-05
+0,179946450180772;0,10161969454098;0,338154268934923;0,101645235266396;0,100018401228226;0,0694524300511063;0,00352404855673;0,106094286092823;0,00355576647925669;6,38069970648747e-05
+0,249398880231879;0,10514374309771;0,444248555027745;0,105201001745653;0,100082208225291;0,0844897425526711;0,00732681325798024;0,0945025735700692;0,00738429440126014;0,00017440921424805
+0,33388862278455;0,11247055635569;0,538751128597815;0,112585296146913;0,100256617439539;0,0950574159684821;0,0131661411225487;0,0819699478781321;0,013259855040884;0,000400234352540274
+0,428946038753032;0,125636697478239;0,620721076475947;0,125845151187797;0,10065685179208;0,100804881622319;0,0211966324186621;0,0694691010852229;0,0213294516191836;0,000825963428568458
+0,529750920375351;0,146833329896901;0,69019017756117;0,147174602806981;0,101482815220648;0,101852459536329;0,0311991263731848;0,0577825233650321;0,0313516368082058;0,00158652805984193
+0,631603379911679;0,178032456270086;0,747972700926202;0,178526239615186;0,10306934328049;0,098740297929903;0,0425609275594888;0,0474122813167135;0,0426678769576857;0,00288143897682104
+0,730343677841582;0,220593383829574;0,795384982242915;0,221194116572872;0,105950782257311;0,0922891988060808;0,0543501166960444;0,038564084455778;0,0542688729448588;0,00497295159579277
+0,822632876647663;0,274943500525619;0,833949066698693;0,275462989517731;0,110923733853104;0,0834405729360712;0,0654605963851718;0,0312172254870309;0,0649437995812984;0,00815147704635895
+0,906073449583734;0,34040409691079;0,865166292185724;0,340406789099029;0,119075210899463;0,0731212249485659;0,0748007258032672;0,0252215242982899;0,0734962168103602;0,0126615378242054
+0,9791946745323;0,415204822714058;0,890387816484014;0,413903005909389;0,131736748723668;0,0621705523237548;0,081479369865068;0,0203768454304394;0,0789856327102051;0,018604056375716
+1,04136522685606;0,496684192579126;0,910764661914453;0,492888638619594;0,150340805099384;0,0513108368279798;0,0849507287757145;0,016480912748968;0,0809256557288471;0,0258499416049766
+1,09267606368403;0,58163492135484;0,927245574663421;0,573814294348442;0,176190746704361;0,0411188216702834;0,0850882910519614;0,0133523530523764;0,079366848576975;0,0340077404955779
+1,13379488535432;0,666723212406802;0,940597927715798;0,653181142925417;0,210198487199939;0,0319971116060469;0,08216800900246;0,010838944959898;0,0748288249064609;0,0424665745658378
+1,16579199696037;0,748891221409262;0,951436872675696;0,728009967831877;0,252665061765777;0,0241636717654401;0,0767702420349137;0,00881611137990923;0,0681158083850583;0,0504993787744892
+1,18995566872581;0,825661463444175;0,960252984055605;0,796125776216936;0,303164440540266;0,0176732000932505;0,0696354798120559;0,00718407206813165;0,0601109554233394;0,0573961048031104
+1,20762886881906;0,895296943256231;0,967437056123737;0,856236731640275;0,360560545343376;0,0124592521444136;0,0615209622495054;0,00586409546110811;0,0516124853180109;0,0625871556552746
+1,22008812096347;0,956817905505737;0,973301151584845;0,907849216958286;0,423147700998651;0,00838415931409675;0,0530968597431146;0,00479373694481477;0,0432484031118898;0,065719286782517
+1,22847228027757;1,00991476524885;0,978094888529659;0,951097620070176;0,488866987781168;0,00527898739190413;0,0448886995480355;0,0039234514998423;0,0354534897948291;0,0666841656996585
+1,23375126766947;1,05480346479689;0,982018340029502;0,986551109865005;0,555551153480826;0,00297211211006188;0,0372545890706777;0,0032146852485273;0,0284778677907297;0,0656017600933981
+1,23672337977953;1,09205805386756;0,985233025278029;1,01502897765573;0,621152913574224;0,00130403887998432;0,0304094158043069;0,00263604028082531;0,0224357096494552;0,062765735365478
+1,23802741865952;1,12246746967187;0,987869065558854;1,03746468730519;0,683918648939702;0,000135830075540078;0,0244463198677274;0,00216308227851281;0,0173364440274666;0,0585718253543445
+1,23816324873506;1,1469137895396;0,990032147837367;1,05480113133266;0,742490474294047;-0,000649003747189569;0,0193724561160471;0,001775908018537;0,0131265335383375;0,053454507764165
+1,23751424498787;1,16628624565565;0,991808055855904;1,06792766487099;0,795944982058212;-0,00114592772649091;0,0151393271740663;0,0014586037444313;0,00971631736240597;0,0478278846071223
+1,23636831726138;1,18142557282971;0,993266659600335;1,0776439822334;0,843772866665334;-0,00143050511486997;0,0116668899635775;0,00119842069063392;0,00700135785462108;0,0420456358758226
+1,23493781214651;1,19309246279329;0,994465080290969;1,08464534008802;0,885818502541157;-0,00156265475481154;0,00885890363159203;0,000984810521464374;0,00487420407910855;0,0363909269957474
+1,23337515739169;1,20195136642488;0,995449890812434;1,08951954416713;0,922209429536904;-0,00158785296247155;0,00661995279429339;0,00080948143877202;0,00323539815534413;0,0310600690349683
+1,23178730442922;1,20857131921917;0,996259372251206;1,09275494232247;0,953269498571872;-0,00154144100398246;0,00485494720569513;0,000665370262729725;0,00199312605101865;0,026183575262052
+1,23024586342524;1,21342626642487;0,996924742513935;1,09474806837349;0,979453073833924;-0,0014489486579421;0,00348243555923466;0,000547015843722187;0,00107045280876306;0,0218250357781664
+1,2287969147673;1,2169087019841;0,997471758357658;1,09581852118226;1,00127810961209;0;0;0;0;0
+0,5;0,5;0,5;0,5;0,5;0,0586186509395081;0,00289687036605191;0,0760048218990871;-0,00090804004132139;-8,67952682153117e-05
+0,558618650939508;0,502896870366052;0,576004821899087;0,499091959958679;0,499913204731785;0,0632768439467528;0,00914362306173822;0,0671251722105765;0,00477527468708172;0,000106019178195638
+0,621895494886261;0,51204049342779;0,643129994109664;0,50386723464576;0,50001922390998;0,0653222062803033;0,0158897944202867;0,0583780717926092;0,0108683101907975;0,000851178572223721
+0,687217701166564;0,527930287848077;0,701508065902273;0,514735544836558;0,500870402482204;0,065017438866101;0,0228213274586159;0,0501017485752001;0,0171113229504253;0,00214981598912511
+0,752235140032665;0,550751615306693;0,751609814477473;0,531846867786983;0,503020218471329;0,0627496058733307;0,0295497562337965;0,0425225532184015;0,0231773622599295;0,00399691959672976
+0,814984745905996;0,580301371540489;0,794132367695874;0,555024230046913;0,507017138068059;0,0589675372544569;0,0356724409291616;0,0357646494777057;0,0287228721363944;0,00636913885706913
+0,873952283160453;0,615973812469651;0,82989701717358;0,583747102183307;0,513386276925128;0,054133101057515;0,0408224119072367;0,029866545067073;0,033430135635202;0,00921684918267918
+0,928085384217968;0,656796224376887;0,859763562240653;0,617177237818509;0,522603126107807;0,0486797405407233;0,044715089976153;0,0248048101848687;0,0370475661047803;0,0124533593201446
+0,976765124758691;0,70151131435304;0,884568372425522;0,654224803923289;0,535056485427952;0,0429731851957357;0,0471859715750381;0,0205183100384378;0,0394244520487177;0,0159547282601804
+1,01973830995443;0,748697285928079;0,90508668246396;0,693649255972007;0,551011213688132;0,0373094049394118;0,0481972653385584;0,0169231443521979;0,0405177824702915;0,0195562966620807
+1,05704771489384;0,796894551266637;0,922009826816158;0,734167038442298;0,570567510350213;0,0319029713365915;0,0478289571215629;0,0139305047771354;0,0403884584075873;0,0230725947452451
+1,08895068623043;0,8447235083882;0,935940331593293;0,774555496849886;0,593640105095458;0,0268995198805377;0,0462572579549062;0,0114521620277827;0,0391832289178753;0,0263072047061139
+1,11585020611097;0,890980766343106;0,947392493621076;0,813738725767761;0,619947309801572;0,0223851118710967;0,0437187149512035;0,00940704627007005;0,0371051869477058;0,0290777162186319
+1,13823531798206;0,93469948129431;0,956799539891146;0,850843912715467;0,649025026020204;0,0183974473900921;0,0404740586583756;0,0077240404511757;0,0343823529319971;0,0312384593778707
+1,15663276537216;0,975173539952685;0,964523580342321;0,885226265647464;0,680263485398075;0,0149397686022448;0,0367858702436904;0,00634053672581902;0,0312466229529873;0,0326872437282786
+1,1715725339744;1,01195941019638;0,97086411706814;0,916472888600451;0,712950729126353;0,0119899694753811;0,0328829748938106;0,00520500603469531;0,0279026622613341;0,0333847982304947
+1,18356250344978;1,04484238509019;0,976069123102836;0,944375550861785;0,746335527356848;0,00950975656416642;0,0289635890671411;0,00427279802981095;0,0245285663130085;0,0333419496875123
+1,19307226001395;1,07380597415733;0,980341921132647;0,968904117174794;0,77967747704436;0,00745235578034475;0,0251729220466164;0,00350826586008668;0,021256075835798;0,0326217256682984
+1,20052461579429;1,09897889620394;0,983850186992733;0,990160193010592;0,812299202712658;0,00576619837388859;0,0216200608848052;0,00288063276373773;0,0181848321983917;0,0313212090745749
+1,20629081416818;1,12059895708875;0,986730819756471;1,00834502520898;0,843620411787233;0,00440109324865356;0,0183676340410199;0,00236601126205827;0,0153723885825852;0,0295583272926407
+1,21069190741684;1,13896659112977;0,989096831018529;1,02371741379157;0,873178739079874;0,00330748041119922;0,0154534405809819;0,00194320169553408;0,0128547031576585;0,0274623726139239
+1,21399938782804;1,15442003171075;0,991040032714063;1,03657211694923;0,900641111693798;0,0024421992087047;0,012883747019955;0,00159655664856395;0,0106378538011633;0,0251518692723204
+1,21644158703674;1,16730377873071;0,992636589362627;1,04720997075039;0,925792980966118;0,00176434653093427;0,0106524336903027;0,00131161929987311;0,00871808633118398;0,0227421610831426
+1,21820593356767;1,17795621242101;0,9939482086625;1,05592805708157;0,948535142049261;0,0012404824746961;0,00873836963886898;0,00107783406540674;0,00707660419338807;0,0203221269680852
+1,21944641604237;1,18669458205988;0,995026042727907;1,06300466127496;0,968857269017346;0,000840226007566391;0,0071145873570273;0,000885704411031085;0,00569012371383026;0,0179688564451719
+1,22028664204994;1,1938091694169;0,995911747138938;1,06869478498879;0,986826125462518;0,000539093539175362;0,00575056024671405;0,000727894305841081;0,00453161209546526;0,0157353164596077
+1,22082573558911;1,19955972966362;0,996639641444779;1,07322639708426;1,00256144192213;0,000316315542871815;0,00461485074868717;0,000598289315462464;0,00357306438839666;0,0136586194519481
+1,22114205113198;1,20417458041231;0,997237930760242;1,07679946147265;1,01622006137407;0,000154368571954056;0,00367638645005774;0,000491656889434866;0,00278722491833849;0,0117623343131703
+1,22129641970394;1,20785096686236;0,997729587649677;1,07958668639099;1,02798239568724;4,02010410356368e-05;0,00290752934470206;0,000404168963116125;0,0021490725832809;0,0100537638495284
+1,22133662074497;1,21075849620707;0,998133756612793;1,08173575897427;1,03803615953677;-3,80078645918491e-05;0,002281543340652;0,000332202335207366;0,00163515253089419;0,0085354050754527
+1,22129861288038;1,21304003954772;0,998465958948;1,08337091150517;1,04657156461223;0;0;0;0;0
+1,5;1,5;1,5;1,5;1,5;-0,0148367241721583;-0,00178804909066654;-0,104642951407556;-0,0464766987399645;-0,00647575774522724
+1,48516327582784;1,49821195090933;1,39535704859244;1,45352330126004;1,49352424225477;-0,0222467663907335;-0,00624674327187691;-0,079998268463044;-0,038428968488688;-0,0153464976650697
+1,46291650943711;1,49196520763746;1,3153587801294;1,41509433277135;1,4781777445897;-0,0251836642926833;-0,0107198356080298;-0,06213106310364;-0,0334923685678905;-0,0201627764991317
+1,43773284514442;1,48124537202943;1,25322771702576;1,38160196420346;1,45801496809057;-0,0255465394952226;-0,0143248082303129;-0,0488464474222057;-0,0301393045930483;-0,0226518523291679
+1,4121863056492;1,46692056379911;1,20438126960355;1,35146265961041;1,4353631157614;-0,0244789711667763;-0,0168204149772924;-0,0387683049876502;-0,0275690204967804;-0,0237573805437614
+1,38770733448243;1,45010014882182;1,1656129646159;1,32389363911363;1,41160573521764;-0,0226677211895727;-0,0182662695694156;-0,0309987617530474;-0,0253766536617015;-0,0240064733357932
+1,36503961329285;1,43183387925241;1,13461420286286;1,29851698545193;1,38759926188185;-0,0205226834066605;-0,0188384506276844;-0,0249318720550271;-0,0233689921412044;-0,0237043131969528
+1,34451692988619;1,41299542862472;1,10968233080783;1,27514799331072;1,3638949486849;-0,0182890666666649;-0,0187358133325257;-0,0201446725339141;-0,0214600698063421;-0,0230385612620887
+1,32622786321953;1,3942596152922;1,08953765827392;1,25368792350438;1,34085638742281;-0,016107116789188;-0,018145049893884;-0,0163354875158264;-0,0196219447698687;-0,0221280583117462
+1,31012074643034;1,37611456539831;1,07320217075809;1,23406597873451;1,31872832911106;-0,0140528004661913;-0,017221045885458;-0,0132856098925158;-0,0178521454202121;-0,0210538724865514
+1,29606794596415;1,35889351951285;1,05991656086557;1,2162138333143;1,29767445662451;-0,0121691813531715;-0,0160861494026248;-0,0108286679827334;-0,016155787110177;-0,0198758400851589
+1,28389876461098;1,34280737011023;1,04908789288284;1,20005804620412;1,27779861653935;-0,0104677778130478;-0,0148347185354234;-0,00884315145645509;-0,0145448872217337;-0,0186361128766173
+1,27343098679793;1,32797265157481;1,04024474142639;1,18551315898239;1,25916250366273;-0,00895466568475034;-0,0135360884206597;-0,00723070728849207;-0,0130265035423425;-0,0173689935604144
+1,26447632111318;1,31443656315415;1,03301403413789;1,17248665544005;1,24179351010232;-0,00761859083879668;-0,0122398390208729;-0,00592030272579125;-0,0116087892595813;-0,0160992051336577
+1,25685773027438;1,30219672413327;1,0270937314121;1,16087786618047;1,22569430496866;-0,00645223402455386;-0,0109823767278718;-0,00485016612487899;-0,0102949718899579;-0,0148472515932887
+1,25040549624983;1,2912143474054;1,02224356528722;1,15058289429051;1,21084705337537;-0,00543831134552231;-0,00978524345193499;-0,00397746927785736;-0,00908669169957488;-0,0136277300748466
+1,24496718490431;1,28142910395347;1,01826609600937;1,14149620259093;1,19721932330053;-0,00456368101676308;-0,00866504966865289;-0,00326303697382135;-0,00798353451530942;-0,0124526846720736
+1,24040350388754;1,27276405428481;1,01500305903554;1,13351266807562;1,18476663862845;-0,00381382348545456;-0,0076298831156898;-0,00267764891236877;-0,00698285827618905;-0,011330321291811
+1,23658968040209;1,26513417116912;1,01232541012318;1,12652980979943;1,17343631733664;-0,00317267046634617;-0,00668186669941195;-0,00219920463291312;-0,00608027654188836;-0,0102666096491042
+1,23341700993574;1,25845230446971;1,01012620549026;1,12044953325755;1,16316970768754;-0,00262867552072743;-0,00582404069855236;-0,00180550496490839;-0,0052719355295312;-0,00926609991637162
+1,23078833441502;1,25262826377116;1,00832070052535;1,11517759772801;1,15390360777117;-0,00216874732717431;-0,00505235580814967;-0,00148290359967373;-0,00455138363660179;-0,00833050911434086
+1,22861958708784;1,24757590796301;1,00683779692568;1,11062621409141;1,14557309865682;-0,00178122489108001;-0,00436238501492592;-0,0012189369282114;-0,00391214417974695;-0,00746078178631526
+1,22683836219676;1,24321352294808;1,00561885999747;1,10671406991167;1,13811231687051;-0,0014566248292458;-0,00375167804707144;-0,0010010002792229;-0,00334916322797452;-0,00665763554061605
+1,22538173736751;1,23946184490101;1,00461785971825;1,10336490668369;1,13145468132989;-0,00118595163401358;-0,00321301037989907;-0,000822305509374566;-0,00285518775931104;-0,00591913134071032
+1,2241957857335;1,23624883452111;1,00379555420887;1,10050971892438;1,12553554998918;-0,000961036853222019;-0,0027396193428384;-0,00067633596999972;-0,00242333541566198;-0,00524316932812563
+1,22323474888028;1,23350921517827;1,00311921823887;1,09808638350872;1,12029238066106;-0,000774868746697299;-0,00232736389850707;-0,000555678998069187;-0,00204850718132188;-0,00462844749010549
+1,22245988013358;1,23118185127977;1,0025635392408;1,0960378763274;1,11566393317095;-0,000621525886773;-0,00196995573041647;-0,000456211797989825;-0,00172467129720277;-0,00407188984654505
+1,22183835424681;1,22921189554935;1,00210732744281;1,09431320503019;1,11159204332441;-0,000496070788483571;-0,00166054517733127;-0,000375146221903266;-0,00144558202574063;-0,00356937015810743
+1,22134228345833;1,22755135037202;1,00173218122091;1,09286762300445;1,1080226731663;-0,00039360186398163;-0,00139434643532943;-0,000308467450539585;-0,00120637163061854;-0,00311821129680867
+1,22094868159434;1,22615700393669;1,00142371377037;1,09166125137383;1,10490446186949;-0,000310378059823702;-0,00116665334301302;-0,00025350748521813;-0,00100250187107065;-0,00271505755778678
+1,22063830353452;1,22499035059368;1,00117020628515;1,09065874950276;1,1021894043117;0;0;0;0;0
Index: /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/ThreeLotkaVolterra.csv
===================================================================
--- /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/ThreeLotkaVolterra.csv	(revision 16954)
+++ /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/ThreeLotkaVolterra.csv	(revision 16954)
@@ -0,0 +1,101 @@
+y1;y2;y3;diff_y1;diff_y2;diff_y3
+0,128348625442945;0,363641203537872;0,118159722632294;-0,0485709222461691;0,136907065290193;-0,0457935190068333
+0,0797777031967758;0,500548268828066;0,0723662036254612;-0,0145122366149568;0,145400843684788;-0,0308869336454338
+0,065265466581819;0,645949112512853;0,0414792699800273;-0,00551704015518393;0,112718229874573;-0,0172191890873607
+0,0597484264266351;0,758667342387427;0,0242600808926666;-0,00262874054157259;0,0702696604692834;-0,00969300535613655
+0,0571196858850625;0,82893700285671;0,0145670755365301;-0,00122137017570002;0,0386554581695181;-0,00566753377367583
+0,0558983157093625;0,867592461026228;0,00889954176285423;-0,00027565563453149;0,0199308232644066;-0,0034046558864144
+0,055622660074831;0,887523284290635;0,00549488587643983;0,000417755628729873;0,00976574833235511;-0,00207628003751657
+0,0560404157035608;0,89728903262299;0,00341860583892326;0,000930577161224036;0,00431235249760331;-0,00127720056366718
+0,0569709928647849;0,901601385120593;0,00214140527525608;0,00131457854836148;0,00130417009478934;-0,000790622917482292
+0,0582855714131464;0,902905555215383;0,00135078235777379;0,0016118807740636;-0,000439234515713927;-0,000492288977516575
+0,05989745218721;0,902466320699669;0,000858493380257214;0,00185440316435467;-0,00151592861359451;-0,000308401859556686
+0,0617518553515646;0,900950392086074;0,000550091520700528;0,00206502965857906;-0,00223261426844046;-0,000194455793124875
+0,0638168850101437;0,898717777817634;0,000355635727575653;0,002259692690216;-0,0027509759457206;-0,000123509581212768
+0,0660765777003597;0,895966801871913;0,000232126146362885;0,00244949008026223;-0,0031616879656744;-7,90801795662291e-05
+0,0685260677806219;0,892805113906239;0,000153045966796656;0,00264254335889899;-0,00351712700353424;-5,0964617264761e-05
+0,0711686111395209;0,889287986902704;0,000102081349531895;0,00284449290491288;-0,00384821108283873;-3,32508633573598e-05
+0,0740131040444338;0,885439775819866;6,88304861745347e-05;0,00306092372233741;-0,00417328285975116;-2,17558723631035e-05
+0,0770740277667712;0,881266492960115;4,70746138114312e-05;0,00329525521902305;-0,00451028485162619;-1,44455287316462e-05
+0,0803692829857943;0,876756208108488;3,26290850797849e-05;0,00355212878559889;-0,00486605019619091;-9,68483278008043e-06
+0,0839214117713931;0,871890157912298;2,29442522997045e-05;0,00383567954703794;-0,00525054246321466;-6,55237975910595e-06
+0,0877570913184311;0,866639615449083;1,63918725405985e-05;0,00415067896824239;-0,0056694466968118;-4,47747309852058e-06
+0,0919077702866735;0,860970168752271;1,1914399442078e-05;0,00450239336632943;-0,00613006136506078;-3,08990315325613e-06
+0,0964101636530029;0,85484010738721;8,82449628882183e-06;0,00489615888479068;-0,00664639943414058;-2,15580038849174e-06
+0,101306322537794;0,84819370795307;6,66869590033009e-06;0,00534002663862704;-0,00721806437435957;-1,51642812805015e-06
+0,106646349176421;0,84097564357871;5,15226777227994e-06;0,00584170666342453;-0,00786087501691346;-1,07424903657671e-06
+0,112488055839845;0,833114768561797;4,07801873570324e-06;0,00641170177802897;-0,00858221346288945;-7,63640914242345e-07
+0,118899757617874;0,824532555098907;3,31437782146089e-06;0,00706137194613267;-0,00940042922852047;-5,40933805732635e-07
+0,125961129564007;0,815132125870387;2,77344401572826e-06;0,00780570865197994;-0,0103276248091717;-3,76725200881711e-07
+0,133766838215987;0,804804501061215;2,39671881484654e-06;0,00866272764689621;-0,011379941597118;-2,50273241114913e-07
+0,142429565862883;0,793424559464097;2,14644557373163e-06;0,00965259189273665;-0,0125873539144908;-1,46202628291665e-07
+0,15208215775562;0,780837205549606;2,00024294543997e-06;0,010802866602989;-0,0139666546367393;-5,1549722692759e-08
+0,162885024358609;0,766870550912867;1,94869322274721e-06;0,0121443249447258;-0,0155543605170123;4,69236299125598e-08
+0,175029349303334;0,751316190395855;1,99561685265977e-06;0,0137160451554848;-0,0173832539938751;1,66494225185761e-07
+0,188745394458819;0,73393293640198;2,16211107784553e-06;0,0155649532647249;-0,0194927390580687;3,34873455180592e-07
+0,204310347723544;0,714440197343911;2,49698453302612e-06;0,0177465650114926;-0,0219287527132559;6,04355425835532e-07
+0,222056912735037;0,692511444630655;3,10133995886165e-06;0,0203258539987881;-0,0247384538108942;1,08558039480042e-06
+0,242382766733825;0,667772990819761;4,18692035366207e-06;0,0233769234074421;-0,0279633332045021;2,03481014191158e-06
+0,265759690141267;0,639809657615259;6,22173049557365e-06;0,0269764690681215;-0,0316358728467047;4,10752026751228e-06
+0,292736159209388;0,608173784768554;1,03292507630859e-05;0,0311919456591736;-0,0357599621939191;9,16126040497192e-06
+0,323928104868562;0,572413822574635;1,94905111680578e-05;0,0360508777377961;-0,040283739327748;2,31954194129234e-05
+0,359978982606358;0,532130083246887;4,26859305809812e-05;0,0414731714989057;-0,0450436798651594;6,83778551761383e-05
+0,401452154105264;0,487086403381728;0,00011106378575712;0,0470430664792058;-0,0496918573342882;0,000241127643269048
+0,44849522058447;0,437394546047439;0,000352191429026168;0,0510538526748172;-0,0534888768856356;0,00104040622074955
+0,499549073259287;0,383905669161804;0,00139259764977572;0,0449363184319612;-0,0545459141480136;0,00547880340792559
+0,544485391691248;0,32935975501379;0,00687140105770132;-0,0170346717331403;-0,0459925902006999;0,0301526252565049
+0,527450719958108;0,28336716481309;0,0370240263142062;-0,199140985806161;-0,00622983997517879;0,0798529416069934
+0,328309734151947;0,277137324837911;0,1168769679212;-0,185031900585031;0,069218176979248;0,00780944378557712
+0,143277833566916;0,346355501817159;0,124686411706777;-0,0593359375321434;0,130950225708555;-0,0458804634425801
+0,0839418960347724;0,477305727525715;0,0788059482641966;-0,017292496559922;0,147403217712882;-0,0335929274401998
+0,0666493994748504;0,624708945238597;0,0452130208239968;-0,00629921641015524;0,119283348949285;-0,018886534345663
+0,0603501830646952;0,743992294187881;0,0263264864783338;-0,00293104827434228;0,0764295290048072;-0,0105747124730051
+0,0574191347903529;0,820421823192688;0,0157517740053287;-0,00140044683643513;0,0426563681740847;-0,00614906735073891
+0,0560186879539177;0,863078191366773;0,00960270665458977;-0,000404070762105517;0,0221694510828974;-0,00368183357738653
+0,0556146171918122;0,88524764244967;0,00592087307720324;0,000322912818167036;0,0109628351532384;-0,002241264056436
+0,0559375300099793;0,896210477602909;0,00367960902076725;0,000860275258466645;0,00496048966235296;-0,00137715828486517
+0,0567978052684459;0,901170967265262;0,00230245073590208;0,00126133862223538;0,00166908833730317;-0,000851712928012684
+0,0580591438906813;0,902840055602565;0,00145073780788939;0,00156980544217317;-0,0002219373852963;-0,000529836891885493
+0,0596289493328545;0,902618118217269;0,000920900916003902;0,00181916157731613;-0,0013774008517714;-0,000331592768279692
+0,0614481109101706;0,901240717365497;0,00058930814772421;0,0020335672766135;-0,00213692386117803;-0,000208859593553341
+0,0634816781867841;0,899103793504319;0,00038044855417087;0,00222987866536865;-0,00267873065714319;-0,000132518961235688
+0,0657115568521527;0,896425062847176;0,000247929592935182;0,00241985018256541;-0,00310237003731084;-8,47262695856513e-05
+0,0681314070347181;0,893322692809865;0,000163203323349531;0,00261196691026767;-0,003463957925122;-5,45462698123556e-05
+0,0707433739449858;0,889858734884743;0,000108657053537175;0,00281217319627707;-0,00379720689356378;-3,55244256098456e-05
+0,0735555471412629;0,886061527991179;7,31326279273293e-05;0,00302607330006482;-0,00412223696694336;-2,32265320823444e-05
+0,0765816204413277;0,881939291024236;4,99060958449848e-05;0,00325732415745426;-0,00445666944597689;-1,53889200660291e-05
+0,079838944598782;0,877482621578259;3,45171757789558e-05;0,00351039946613045;-0,00480896003675357;-1,03034135197844e-05
+0,0833493440649124;0,872673661541505;2,42137622591714e-05;0,00378950537650538;-0,00518843225676757;-6,95915356075163e-06
+0,0871388494414178;0,867485229284738;1,72546086984198e-05;0,00409926672324426;-0,00560152432756611;-4,74819397550228e-06
+0,0912381161646621;0,861883704957172;1,25064147229175e-05;0,0044449471561807;-0,00605451081952557;-3,27099888190319e-06
+0,0956830633208428;0,855829194137646;9,23541584101429e-06;0,00483159484420996;-0,00656276122008459;-2,27906536088889e-06
+0,100514658165053;0,849266432917562;6,9563504801254e-06;0,00526722843828845;-0,00712429105523615;-1,60100575443768e-06
+0,105781886603341;0,842142141862325;5,35534472568772e-06;0,00575920552437097;-0,00775590707162754;-1,13316704968117e-06
+0,111541092127712;0,834386234790698;4,22217767600655e-06;0,0063179059558363;-0,00846339430691179;-8,05348347382281e-07
+0,117858998083548;0,825922840483786;3,41682932862427e-06;0,0069541465788803;-0,0092664030056776;-5,71169687675546e-07
+0,124813144662429;0,816656437478109;2,84565964094873e-06;0,00768271232977841;-0,0101749470506036;-3,99389346719566e-07
+0,132495856992207;0,806481490427505;2,44627029422916e-06;0,0085208484917193;-0,0112063728985021;-2,68159443750257e-07
+0,141016705483926;0,795275117529003;2,1781108504789e-06;0,00948834569653711;-0,0123883838502118;-1,61492339085882e-07
+0,150505051180464;0,782886733678791;2,01661851139302e-06;0,0106117734303303;-0,0137383150178733;-6,62068172967651e-08
+0,161116824610794;0,769148418660918;1,95041169409626e-06;0,0119208812180986;-0,0152922241241636;3,06937578997951e-08
+0,173037705828892;0,753856194536754;1,98110545199605e-06;0,0134539632431457;-0,017080273424109;1,45517190065824e-07
+0,186491669072038;0,736775921112645;2,12662264206188e-06;0,0152562229466936;-0,0191430801286474;3,03671838625956e-07
+0,201747892018732;0,717632840983998;2,43029448068783e-06;0,0173816922682874;-0,0215258274213902;5,52214350102532e-07
+0,219129584287019;0,696107013562608;2,98250883079036e-06;0,0198943681714409;-0,0242738511394471;9,88953424784336e-07
+0,23902395245846;0,67183316242316;3,9714622555747e-06;0,0228668488522259;-0,0274311718641009;1,83721112465438e-06
+0,261890801310686;0,644401990559059;5,80867338022908e-06;0,0263760565807944;-0,0310324356493067;3,658697419407e-06
+0,28826685789148;0,613369554909753;9,46737079963608e-06;0,0304918844658125;-0,0350881948635651;8,02062143503501e-06
+0,318758742357293;0,578281360046188;1,74879922346711e-05;0,0352515389454827;-0,0395569669799615;1,98783146426679e-05
+0,354010281302776;0,538724393066226;3,7366306877339e-05;0,0406002198076962;-0,0442967491377557;5,71125509343647e-05
+0,394610501110472;0,49442764392847;9,44788578117037e-05;0,0462040117904111;-0,0489969809480134;0,00019554961627755
+0,440814512900883;0,445430662980457;0,000290028474089253;0,0507065605156173;-0,0530042558377103;0,000816941472943831
+0,4915210734165;0,392426407142747;0,00110696994703308;0,0475413713459016;-0,0547240748272841;0,00418329257221159
+0,539062444762402;0,337702332315463;0,00529026251924468;0,000692941954873016;-0,0486230538935126;0,023495018672188
+0,539755386717275;0,28907927842195;0,0287852811914327;-0,171533011032419;-0,0155200718126748;0,0763451603533832
+0,368222375684855;0,273559206609275;0,105130441544816;-0,206773518225677;0,0570567895754787;0,0249310216856458
+0,161448857459179;0,330615996184754;0,130061463230462;-0,0724594870406323;0,123841279591475;-0,0443930146206345
+0,0889893704185466;0,454457275776229;0,0856684486098272;-0,0207246692947772;0,148244088696987;-0,0363586706090593
+0,0682647011237695;0,602701364473216;0,0493097780007678;-0,00723967762043822;0,125517516510822;-0,0207205166537368
+0,0610250235033312;0,728218880984038;0,028589261347031;-0,00327101028754342;0,082858698071506;-0,01154843166577
+0,0577540132157878;0,811077579055544;0,017040829681261;-0,00159100495922473;0,0469962326358355;-0,00667643187528904
+0,0561630082565631;0,85807381169138;0,0103643978059719;0;0;0
Index: /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/bacterial_1.csv
===================================================================
--- /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/bacterial_1.csv	(revision 16954)
+++ /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/bacterial_1.csv	(revision 16954)
@@ -0,0 +1,101 @@
+y1;y2;diff_y1;diff_y2
+2,71683333217377;1,90444248223335;1,53530327583516;0,885093337365081
+4,25213660800893;2,78953581959843;1,38401855862945;0,879622372456661
+5,63615516663838;3,66915819205509;1,248327069774;0,875432299480138
+6,88448223641239;4,54459049153523;1,1254223038923;0,871118279833698
+8,00990454030469;5,41570877136893;1,01393690523046;0,866505982314373
+9,02384144553515;6,2822147536833;0,912778337195475;0,861606611345294
+9,93661978273062;7,14382136502859;0,821009230546856;0,856447433570175
+10,7576290132775;8,00026879859877;0,737749576496451;0,85106109440059
+11,4953785897739;8,85132989299936;0,662220959834082;0,845470892855385
+12,157599549608;9,69680078585474;0,593707629901612;0,839692587584583
+12,7513071795096;10,5364933734393;0,531541464765873;0,83374580932727
+13,2828486442755;11,3702391827666;0,475148447866598;0,827638050221292
+13,7579970921421;12,1978772329879;0,423979019442468;0,821380354037402
+14,1819761115846;13,0192575870253;0,377536968103495;0,81498386953082
+14,5595130796881;13,8342414565561;0,335396986498431;0,808451855292855
+14,8949100661865;14,642693311849;0,297144448037091;0,801792876808188
+15,1920545142236;15,4444861886572;0,262409478592103;0,79501504501139
+15,4544639928157;16,2395012336685;0,23087913404429;0,788120263862908
+15,68534312686;17,0276214975315;0,202245472122222;0,781114856978611
+15,8875885989822;17,8087363545101;0,176227126320532;0,774006813706016
+16,0638157253027;18,5827431682161;0,152596153841394;0,766797516587157
+16,2164118791441;19,3495406848032;0,131126812193585;0,759491093036953
+16,3475386913377;20,1090317778402;0,111606731899883;0,752095219801994
+16,4591454232376;20,8611269976422;0,0938604231255127;0,74461298792005
+16,5530058463631;21,6057399855622;0,0777305905696828;0,73704628746648
+16,6307364369328;22,3427862730287;0,0630615475710918;0,72940016961903
+16,6937979845039;23,0721864426477;0,0497088917613127;0,721681356863737
+16,7435068762652;23,7938677995115;0,0375619275660171;0,713890980293421
+16,7810688038312;24,5077587798049;0,0265113120456597;0,706031536374756
+16,8075801158769;25,2137903161797;0,0164516948777305;0,698107737235073
+16,8240318107546;25,9118980534147;0,00728457069910249;0,690125551657502
+16,8313163814537;26,6020236050722;-0,00106281487467896;0,682085837493435
+16,830253566579;27,2841094425657;-0,00866295663060157;0,673990656454638
+16,8215906099484;27,9581000990203;-0,0155871564720265;0,665843685109188
+16,8060034534764;28,6239437841295;-0,0219031328073491;0,657650647914156
+16,784100320669;29,2815944320437;-0,0276625741751069;0,649413282383701
+16,7564377464939;29,9310077144274;-0,0329102303939592;0,641132495252513
+16,7235275161;30,5721402096799;-0,0376943493564887;0,632811037478795
+16,6858331667435;31,2049512471587;-0,0420582814120181;0,624452572807446
+16,6437748853315;31,8294038199661;-0,0460447760452318;0,61606181928067
+16,5977301092862;32,4454656392468;-0,0496820440291117;0,607639109634427
+16,5480480652571;33,0531047488812;-0,0529982937086082;0,599185518228161
+16,4950497715485;33,6522902671094;-0,0560239029647924;0,590703499384261
+16,4390258685837;34,2429937664936;-0,0587851178711603;0,582195917268209
+16,3802407507126;34,8251896837618;-0,0613098669292285;0,573667348821971
+16,3189308837833;35,3988570325838;-0,0636151677362804;0,565118035061907
+16,2553157160471;35,9639750676457;-0,0657172632321661;0,556548481740798
+16,1895984528149;36,5205235493865;-0,0676341306159003;0,547960393137572
+16,121964322199;37,0684839425241;-0,0693828593085719;0,539355806874099
+16,0525814628904;37,6078397493982;-0,0709795809139155;0,530738357017114
+15,9816018819765;38,1385781064153;-0,0724389063932041;0,522110572101312
+15,9091629755833;38,6606886785166;-0,0737692161928152;0,513472084447812
+15,8353937593905;39,1741607629644;-0,0749798596931459;0,504823427816028
+15,7604138996973;39,6789841907804;-0,0760812676353897;0,496166087999235
+15,6843326320619;40,1751502787797;-0,0770832449664809;0,487501666561243
+15,6072493870955;40,6626519453409;-0,077994824446046;0,478833186809304
+15,5292545626494;41,1414851321502;-0,0788254878489845;0,470163645116408
+15,4504290748004;41,6116487772666;-0,0795794413086988;0,461492403713144
+15,3708496334917;42,0731411809798;-0,0802614007466129;0,452819512692862
+15,2905882327451;42,5259606936726;-0,0808767630078631;0,444145820459823
+15,2097114697373;42,9701065141325;-0,0814315698693289;0,435472940645695
+15,1282798998679;43,4055794547782;-0,0819300005579642;0,426801598381616
+15,04634989931;43,8323810531598;-0,0823786461153713;0,418136498475945
+14,9639712531946;44,2505175516357;-0,0827812454289365;0,409478622458415
+14,8811900077657;44,6599961740941;-0,0831396891826905;0,400827213632503
+14,798050318583;45,0608233877266;-0,0834562934635503;0,392182232369251
+14,7145940251194;45,4530056200959;-0,0837337997613172;0,383544356107329
+14,6308602253581;45,8365499762032;-0,0839753749686789;0,374914979353036
+14,5468848503894;46,2114649555563;-0,0841834822198599;0,366294740307922
+14,4627013681696;46,5777596958642;-0,0843608793000037;0,357687134461571
+14,3783404888696;46,9354468303258;-0,0845106850723436;0,349095559501222
+14,2938298037972;47,284542389827;-0,0846335868401447;0,340518866233907
+14,2091962169571;47,6250612560609;-0,0847304814622429;0,331956539432895
+14,1244657354948;47,9570177954938;-0,0848025065127587;0,323408751132241
+14,0396632289821;48,280426546626;-0,0848510402811211;0,314876360626769
+13,954812188701;48,5953029072528;-0,084877701772033;0,306360914472101
+13,8699344869289;48,9016638217249;-0,0848835790666165;0,297862312887311
+13,7850509078623;49,1995261346122;-0,0848697290624187;0,289385232979576
+13,7001811787999;49,4889113675918;-0,0848374758947639;0,280933753008732
+13,6153437029051;49,7698451206005;-0,0847871349614753;0,272506458692355
+13,5305565679436;50,0423515792929;-0,0847190965140747;0,264102604989105
+13,4458374714296;50,306454184282;-0,0846338299506151;0,255722135558038
+13,361203641479;50,56217631984;-0,0845318838156537;0,247365682758527
+13,2766717576633;50,8095420025985;-0,0844138858002914;0,239034567650343
+13,192257871863;51,0485765702489;-0,084280541157737;0,2307307738674
+13,1079773307053;51,2793073441163;-0,0841320295367041;0,222454647607819
+13,0238453011686;51,5017619917241;-0,0839677720615644;0,214212336348758
+12,939877529107;51,7159743280729;-0,0837880372334787;0,206005890246608
+12,8560894918735;51,9219802183195;-0,0835931279979061;0,197834401291644
+12,7724963638756;52,1198146196111;-0,0833832904256138;0,189697644835533
+12,68911307345;52,3095122644466;-0,0831587137126792;0,181596079591209
+12,6059543597373;52,4911083440378;-0,0829195301804937;0,173530847632982
+12,5230348295568;52,6646391916708;-0,0826658152757549;0,165503774396491
+12,4403690142811;52,8301429660673;-0,0823975393433081;0,157517384221805
+12,3579714749378;52,9876603502891;-0,0821134471468774;0,149575130303099
+12,2758580277909;53,1372354805922;-0,0818134273394477;0,141678926854709
+12,1940446004514;53,2789144074469;-0,0814976504590561;0,133829459442701
+12,1125469499924;53,4127438668896;-0,0811658814553446;0,126028028290854
+12,031381068537;53,5387718951805;-0,0808177870831859;0,118276580111299
+11,9505632814539;53,6570484752918;0;0
Index: /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/bar_magnets_1.csv
===================================================================
--- /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/bar_magnets_1.csv	(revision 16954)
+++ /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/bar_magnets_1.csv	(revision 16954)
@@ -0,0 +1,101 @@
+y1;y2;diff_y1;diff_y2
+0,678359928861208;-0,311813427228439;-0,0202786150048846;-0,0104844440564668
+0,658081313856323;-0,322297871284906;-0,0189974159923371;-0,00927604313252667
+0,639083897863986;-0,331573914417433;-0,0177945464166026;-0,00817813403565409
+0,621289351447384;-0,339752048453087;-0,0166678635246816;-0,00718149802710494
+0,604621487922702;-0,346933546480192;-0,015614185749307;-0,00627658428096495
+0,589007302173395;-0,353210130761157;-0,0146294609705306;-0,00545433698421244
+0,574377841202865;-0,358664467745369;-0,0137108401943109;-0,00470825070759984
+0,560667001008554;-0,363372718452969;-0,0128551791491354;-0,00403195683831459
+0,547811821859418;-0,367404675291284;-0,0120587609367315;-0,00341894212451044
+0,535753060922687;-0,370823617415794;-0,0113174172682126;-0,00286285499327893
+0,524435643654474;-0,373686472409073;-0,0106283325599718;-0,00235940820359032
+0,513807311094502;-0,376045880612663;-0,0099884932355615;-0,00190429261540698
+0,503818817858941;-0,37795017322807;-0,00939455061254368;-0,0014930257790246
+0,494424267246397;-0,379443199007095;-0,0088427831011007;-0,00112104605636931
+0,485581484145297;-0,380564245063464;-0,00833065240078967;-0,000785293815250943
+0,477250831744507;-0,381349538878715;-0,00785580509059541;-0,00048302912095638
+0,469395026653911;-0,381832567999671;-0,0074155314496579;-0,000211174591316421
+0,461979495204254;-0,382043742590988;-0,00700697069477962;3,3368313702431e-05
+0,454972524509474;-0,382010374277285;-0,00662760945095558;0,000253244867557623
+0,448344915058518;-0,381757129409728;-0,00627580906992364;0,00045011119294408
+0,442069105988595;-0,381307018216784;-0,00594964615945348;0,000625902864031636
+0,436119459829141;-0,380681115352752;-0,00564709699626564;0,000782639428637877
+0,430472362832876;-0,379898475924114;-0,00536594853745731;0,000922488498789342
+0,425106414295418;-0,378975987425325;-0,00510466218444083;0,00104689881026071
+0,420001752110977;-0,377929088615064;-0,0048620987955808;0,00115689555414056
+0,415139653315397;-0,376772193060924;-0,00463688474042323;0,00125373842764653
+0,410502768574973;-0,375518454633277;-0,0044276048554559;0,00133872981401784
+0,406075163719517;-0,374179724819259;-0,00423269365972972;0,00141331561921249
+0,401842470059788;-0,372766409200047;-0,0040510444766127;0,00147846927530854
+0,397791425583175;-0,371287939924738;-0,00388194560634397;0,00153476851126516
+0,393909479976831;-0,369753171413473;-0,00372453127452549;0,00158294480661741
+0,390184948702306;-0,368170226606856;-0,00357782842942717;0,00162383875701522
+0,386607120272878;-0,36654638784984;-0,00344089628917588;0,00165827181500006
+0,383166223983703;-0,36488811603484;-0,00331270275065598;0,00168714702826506
+0,379853521233047;-0,363200969006575;-0,00319280333353517;0,0017107904286659
+0,376660717899511;-0,361490178577909;-0,0030807278273825;0,00172955553383847
+0,373579990072129;-0,359760623044071;-0,00297590695092209;0,0017438945639075
+0,370604083121207;-0,358016728480163;-0,00287772690167742;0,00175430793877823
+0,367726356219529;-0,356262420541385;-0,00278557839143756;0,00176130679990433
+0,364940777828092;-0,354501113741481;-0,00269880073980266;0,00176544399880468
+0,362241977088289;-0,352735669742676;-0,00261715817851954;0,00176686328453923
+0,35962481890977;-0,350968806458137;-0,00254038860556743;0,00176573613273051
+0,357084430304202;-0,349203070325406;-0,00246816977385667;0,00176229386516019
+0,354616260530346;-0,347440776460246;-0,00240012229389036;0,00175682489682322
+0,352216138236455;-0,345683951563423;-0,00233592816012029;0,00174957089428257
+0,349880210076335;-0,343934380669141;-0,00227509347949639;0,0017409438822239
+0,347605116596838;-0,342193436786917;-0,00221739954033973;0,00173108814357198
+0,345387717056499;-0,340462348643345;-0,00216273163425734;0,00172005193832547
+0,343224985422241;-0,338742296705019;-0,0021109404336751;0,00170791793062647
+0,341114044988566;-0,337034378774393;-0,00206184199183862;0,00169480318876125
+0,339052202996728;-0,335339575585631;-0,0020152178460584;0,00168085909267401
+0,337036985150669;-0,333658716492957;-0,00197089151533431;0,00166620640071702
+0,335066093635335;-0,33199251009224;-0,00192856591771762;0,00165108394448821
+0,333137527717617;-0,330341426147752;-0,00188807852862433;0,00163559696805976
+0,331249449188993;-0,328705829179692;-0,00184938236635884;0,00161974521466179
+0,329400066822634;-0,327086083965031;-0,00181241173347946;0,00160354699801124
+0,327587655089155;-0,325482536967019;-0,00177708221679845;0,00158703920231157
+0,325810572872356;-0,323895497764708;-0,00174329068738177;0,00157027728225334
+0,324067282184974;-0,322325220482454;-0,00171091582551369;0,00155333481501935
+0,322356366359461;-0,320771885667435;-0,0016798698861708;0,00153626308845545
+0,32067649647329;-0,31923562257898;-0,00164996461968542;0,0015192073548646
+0,319026531853605;-0,317716415224115;-0,00162111483366928;0,00150221188095223
+0,317405417019935;-0,316214203343163;-0,00159330331611507;0,00148526103434604
+0,31581211370382;-0,314728942308817;-0,00156650347208193;0,00146834847134442
+0,314245610231738;-0,313260593837472;-0,00154067932369539;0,00145147713691673
+0,312704930908043;-0,311809116700556;-0,00151578551014708;0,00143465926470288
+0,311189145397896;-0,310374457435853;-0,00149176728769523;0,00141791637701372
+0,309697378110201;-0,308956541058839;-0,00146856116501948;0,00140127879197499
+0,308228816945181;-0,307555262266864;-0,00144612490667545;0,00138476634039936
+0,306782692038506;-0,306170495926465;-0,00142434411342285;0,00136846198943985
+0,305358347925083;-0,304802033937025;-0,00140317429881903;0,00135238101204399
+0,303955173626264;-0,303449652924981;-0,00138261042829135;0,00133650609065228
+0,302572563197972;-0,302113146834329;-0,00136264317495927;0,00132082414076246
+0,301209920023013;-0,300792322693566;-0,00134325891963422;0,0013053263109285
+0,299866661103379;-0,299486996382638;-0,00132443975081964;0,00129000798276163
+0,298542221352559;-0,298196988399876;-0,00130616346471157;0,00127486877092942
+0,297236057887848;-0,296922119628947;-0,00128840356519749;0,00125991252315627
+0,29594765432265;-0,29566220710579;-0,00127112926385758;0,00124514732022352
+0,294676525058793;-0,294417059785567;-0,00125431647161678;0,0012305806995857
+0,293422208587176;-0,293186479085981;-0,00123791456334327;0,00121624728760483
+0,292184294023833;-0,291970231798376;-0,00122187918169997;0,00120216583152066
+0,290962414842133;-0,290768065966856;-0,00120620896962942;0,00118832270447378
+0,289756205872503;-0,289579743262382;-0,00119090127237492;0,00117470569899381
+0,288565304600128;-0,288405037563388;-0,00117595168342904;0,00116130432329309
+0,287389352916699;-0,287243733240095;-0,00116135404453305;0,00114810980126551
+0,286227998872166;-0,286095623438829;-0,00114710044567717;0,00113511507248759
+0,285080898426489;-0,284960508366342;-0,00113318122510048;0,00112231479221747
+0,283947717201389;-0,283838193574124;-0,00111958496929082;0,00110970533139582
+0,282828132232098;-0,282728488242729;-0,00110629851298527;0,00109728477664517
+0,281721833719112;-0,281631203466083;-0,00109330693916937;0,00108505293027028
+0,280628526779943;-0,280546150535813;-0,00108058118751525;0,00107302772018164
+0,279547945592428;-0,279473122815631;-0,00106809608727887;0,00106122547395698
+0,278479849505149;-0,278411897341674;-0,00105586140789798;0,00104962120314711
+0,277423988097251;-0,277362276138527;-0,00104387214844603;0,00103820937240395
+0,276380115948805;-0,276324066766123;-0,00103212258859092;0,00102698520316324
+0,275347993360214;-0,27529708156296;-0,00102060648992341;0,00101594441208652
+0,274327386870291;-0,274281137150874;-0,00100931709595675;0,00100508321106085
+0,273318069774334;-0,273276053939813;-0,000998247132126762;0,000994398307199162
+0,272319822642207;-0,272281655632614;-0,000987388805791856;0,000983886902839959
+0,271332433836415;-0,271297768729774;0;0
Index: /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/predator_prey_1.csv
===================================================================
--- /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/predator_prey_1.csv	(revision 16954)
+++ /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/predator_prey_1.csv	(revision 16954)
@@ -0,0 +1,101 @@
+y1;y2;diff_y1;diff_y2
+1,0336308322775;7,33429763282537;-0,0658631187486699;-0,0356191702765498
+0,967767713528834;7,29867846254882;-0,0650407472283141;-0,0455151232987117
+0,902726966300519;7,25316333925011;-0,0638788176205143;-0,0553396322309467
+0,838848148680005;7,19782370701916;-0,0623548123101939;-0,0650289625279328
+0,776493336369811;7,13279474449123;-0,0604506578830341;-0,0744944290739724
+0,716042678486777;7,05830031541726;-0,058165648120906;-0,0836380486463533
+0,657877030365871;6,9746622667709;-0,0555082248722714;-0,0923486352932228
+0,6023688054936;6,88231363147768;-0,052502865682551;-0,100490336731177
+0,549865939811049;6,7818232947465;-0,0491981075993853;-0,107935144879486
+0,500667832211664;6,67388814986702;-0,0456553237856505;-0,114558816211765
+0,455012508426013;6,55932933365525;-0,0419491409734819;-0,120236307134075
+0,413063367452531;6,43909302652118;-0,0381644008017512;-0,124881863092964
+0,37489896665078;6,31421116342821;-0,0343854833872261;-0,128442377068252
+0,340513483263554;6,18576878635996;-0,0306918636653023;-0,130886981370002
+0,309821619598251;6,05488180498996;-0,0271504746557596;-0,132236546849272
+0,282671144942492;5,92264525814069;-0,023810659610795;-0,132549753607301
+0,258860485331697;5,79009550453339;-0,0207089353760286;-0,131901716009506
+0,238151549955668;5,65819378852388;-0,0178640256294622;-0,130394768419943
+0,220287524326206;5,52779902010394;-0,0152743792829104;-0,128146440392891
+0,205013145043296;5,39965257971105;-0,0129338813819061;-0,125273674999707
+0,19207926366139;5,27437890471134;-0,0108263400174719;-0,121889046969261
+0,181252923643918;5,15248985774208;-0,00892880499323778;-0,118095325791843
+0,17232411865068;5,03439453195024;-0,00721380257460158;-0,113984623724306
+0,165110316076078;4,92040990822593;-0,00565488621724938;-0,109645352067618
+0,159455429858829;4,81076455615831;-0,00422583122734524;-0,105138522462016
+0,155229598631484;4,7056260336963;-0,00289988357755766;-0,100516521495364
+0,152329715053926;4,60510951220093;-0,00165162534487973;-0,0958180117401195
+0,150678089709046;4,50929150046081;-0,000456526097823845;-0,0910791388133738
+0,150221563611222;4,41821236164744;0,000708477378427025;-0,0863181123612655
+0,150930040989649;4,33189424928617;0,00186600502019188;-0,081545257936722
+0,152796046009841;4,25034899134945;0,00303858283911615;-0,0767634157221924
+0,155834628848957;4,17358557562726;0,00424843067377867;-0,0719735966268109
+0,160083059522736;4,10161197900045;0,00551862832218042;-0,0671681942604865
+0,165601687844917;4,03444378473996;0,006872152887477;-0,0623340054322123
+0,172473840732394;3,97210977930775;0,00833621249396452;-0,057452394170932
+0,180810053226358;3,91465738513682;0,00993863102389425;-0,0525034875038388
+0,190748684250252;3,86215389763298;0,0117078813953169;-0,0474665579665299
+0,202456565645569;3,81468733966645;0,0136777647903125;-0,0423119964067125
+0,216134330435882;3,77237534325974;0,015885019255186;-0,0370095180037149
+0,232019349691068;3,73536582525602;0,0183712555431829;-0,031527121996568
+0,250390605234251;3,70383870325945;0,0211788319660687;-0,0258332841403179
+0,271569437200319;3,67800541911914;0,0243556844867056;-0,019892071438977
+0,295925121687025;3,65811334768016;0,0279519035026494;-0,0136691049879389
+0,323877025189674;3,64444424269222;0,0320177833864411;-0,00713317520869072
+0,355894808576115;3,63731106748353;0,036602015562843;-0,000254855742752635
+0,392496824138958;3,63705621174078;0,0417451954449366;0,00698943409507979
+0,434242019583895;3,64404564583586;0,0474728171270056;0,014612361316221
+0,481714836710901;3,65865800715208;0,0537921196678874;0,0226178998880568
+0,535506956378788;3,68127590704013;0,0606692327204242;0,0309937616032605
+0,596176189099212;3,71226966864339;0,0680160916960628;0,0397065197155655
+0,664192280795275;3,75197618835896;0,0756935145861589;0,0487070007367874
+0,739885795381434;3,80068318909575;0,0834695852549249;0,0579199497879221
+0,823355380636359;3,85860313888367;0,0910201412604651;0,0672466120862185
+0,914375521896824;3,92584975096989;0,0979568165195717;0,0765730419886097
+1,0123323384164;4,0024227929585;0,103808040112283;0,0857634407812213
+1,11614037852868;4,08818623373972;0,10809230667503;0,0946766448403276
+1,22423268520371;4,18286287858005;0,110352498494195;0,10316965405373
+1,3345851836979;4,28603253263378;0,110220408053527;0,111099257682982
+1,44480559175143;4,39713179031676;0,107542516593771;0,11834516171596
+1,5523481083452;4,51547695203272;0,102285454773216;0,124798342244338
+1,65463356311842;4,64027529427706;0,0946703552289063;0,130371208967964
+1,74930391834732;4,77064650324502;0,0850942155136682;0,135006414605858
+1,83439813386099;4,90565291785088;0,0740431510974924;0,138661006758707
+1,90844128495849;5,04431392460959;0,0620774533406871;0,141317063887062
+1,97051873829917;5,18563098849665;0,0497157271268944;0,142976171202542
+2,02023446542607;5,32860715969919;0,0374298250081737;0,143649705097442
+2,05766429043424;5,47225686479663;0,0255895707978318;0,143367087595282
+2,08325386123207;5,61562395239191;0,0144354020624675;0,142163385743242
+2,09768926329454;5,75778733813515;0,00414443002559217;0,140079194203524
+2,10183369332013;5,89786653233868;-0,00519132906181463;0,137170884273289
+2,09664236425832;6,03503741661197;-0,0135772336492477;0,133485767361569
+2,08306513060907;6,16852318397354;-0,0210429508055689;0,129075090228491
+2,0620221798035;6,29759827420203;-0,0276308410695796;0,124000294047451
+2,03439133873392;6,42159856824948;-0,0334167325467174;0,118317912513064
+2,0009746061872;6,53991648076254;-0,0384856782731888;0,112080024607416
+1,96248892791401;6,65199650536996;-0,0429132581697584;0,105343559440726
+1,91957566974426;6,75734006481068;-0,0467724735556787;0,0981610597082661
+1,87280319618858;6,85550112451895;-0,0501372368371149;0,0905778754637785
+1,82266595935146;6,94607899998273;-0,0530673822567429;0,0826424682332307
+1,76959857709472;7,02872146821596;-0,0556119731613001;0,0743990277672451
+1,71398660393342;7,10312049598321;-0,0578198071969285;0,0658812721359361
+1,65616679673649;7,16900176811914;-0,0597288554158977;0,0571251285817977
+1,59643794132059;7,22612689670094;-0,0613646524247611;0,0481633035218669
+1,53507328889583;7,27429020022281;-0,062751880827522;0,0390179013077745
+1,47232140806831;7,31330810153058;-0,0639074344622264;0,0297120635856976
+1,40841397360608;7,34302016511628;-0,0648369932572046;0,0202682732222614
+1,34357698034888;7,36328843833854;-0,0655435213299398;0,010701944436164
+1,27803345901894;7,3739903827747;-0,0660244705837318;0,0010286069815697
+1,21200898843521;7,37501898975627;-0,0662677913428347;-0,00873149680543417
+1,14574119709237;7,36628749295084;-0,0662575864611541;-0,0185581511335355
+1,07948361063122;7,3477293418173;-0,0659751134581075;-0,0284290817507502
+1,01350849717311;7,31930026006655;-0,0653955020611675;-0,0383102245192699
+0,948112995111944;7,28099003554728;-0,0644922990338304;-0,0481563046652349
+0,883620696078114;7,23283373088205;-0,063243737763449;-0,0579148967107264
+0,820376958314665;7,17491883417132;-0,0616284007424588;-0,0675162726856779
+0,758748557572206;7,10740256148564;-0,0596314194736078;-0,0768666150547723
+0,699117138098598;7,03053594643087;-0,0572571728361886;-0,0858664672977829
+0,64185996526241;6,94466947913309;-0,0545164383973642;-0,0943985628546473
+0,587343526865046;6,85027091627844;-0,0514420315552535;-0,102330093628768
+0,535901495309792;6,74794082264967;0;0
Index: /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/shear_flow_1.csv
===================================================================
--- /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/shear_flow_1.csv	(revision 16954)
+++ /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/shear_flow_1.csv	(revision 16954)
@@ -0,0 +1,101 @@
+y1;y2;diff_y1;diff_y2
+0,798167531389218;0,434517898718273;0,0807493459859674;0,0361871794543263
+0,878916877375185;0,4707050781726;0,068116515495769;0,0376476432182054
+0,947033392870954;0,508352721390805;0,0583663007106561;0,0388495335220616
+1,00539969358161;0,547202254912867;0,0505325122623763;0,0397513469051928
+1,05593220584399;0,586953601818059;0,0440732120373419;0,0403240747772801
+1,10000541788133;0,62727767659534;0,0386417799873366;0,0405527151925608
+1,13864719786866;0,6678303917879;0,0340246666623225;0,0404418591873177
+1,17267186453099;0,708272250975218;0,030058759630013;0,040008449135171
+1,202730624161;0,748280700110389;0,0266287391190969;0,0392846413272048
+1,2293593632801;0,787565341437594;0,0236536865531396;0,0383139063718929
+1,25301304983324;0,825879247809487;0,0210620190774011;0,0371421497531372
+1,27407506891064;0,863021397562624;0,0187966376670778;0,0358204815188171
+1,29287170657772;0,898841879081441;0,0168117716939311;0,0343962321303204
+1,30968347827165;0,933238111211761;0,0150724678668832;0,032908984517028
+1,32475594613853;0,966147095728789;0,0135442060341309;0,0313979823845313
+1,33830015217266;0,997545078113321;0,0121989322168452;0,029892990533366
+1,35049908438951;1,02743806864669;0,0110085127831865;0,0284221610819315
+1,36150759717269;1,05586022972862;0,00995391189441075;0,0270001838347509
+1,3714615090671;1,08286041356337;0,00902013953934033;0,0256359365132732
+1,38048164860644;1,10849635007664;0,00819214364925003;0,0243381812067598
+1,38867379225569;1,1328345312834;0,00745481009786797;0,0231155643722842
+1,39612860235356;1,15595009565569;0,00679536018599047;0,0219716846026197
+1,40292396253955;1,17792178025831;0,00620378776627417;0,0209019365049246
+1,40912775030583;1,19882371676323;0,00567088482872458;0,0199064516903178
+1,41479863513455;1,21873016845355;0,00519086387968914;0,0189821101145642
+1,41998949901424;1,23771227856811;0,00475793910780653;0,0181257302613942
+1,42474743812205;1,25583800882951;0,00436630442735808;0,0173341030948104
+1,4291137425494;1,27317211192432;0,00401013818578599;0,0166039925064547
+1,43312388073519;1,28977610443077;0,00368554405674759;0,0159317194065858
+1,43680942479194;1,30570782383736;0,00338816467270187;0,0153119861741413
+1,44019758946464;1,3210198100115;0,00311435732390608;0,014741257576667
+1,44331194678855;1,33576106758817;0,00286214889152858;0,0142166686914669
+1,44617409568008;1,34997773627963;0,00262956949723847;0,0137353814383141
+1,44880366517731;1,36371311771795;0,00241465250321049;0,0132945845794545
+1,45121831768052;1,3770077022974;0,00221543451212036;0,0128914937196039
+1,45343375219264;1,38989919601701;0,00202995536714856;0,0125233513059482
+1,45546370755979;1,40242254732295;0,00185625815197765;0,012187426628145
+1,45731996571177;1,4146099739511;0,00169282938530357;0,0118815387885145
+1,45901279509707;1,42649151273961;0,00153892780680542;0,0116040443432328
+1,46055172290388;1,43809555708285;0,00139319234053881;0,0113527190122946
+1,46194491524442;1,44944827609514;0,00125484086944216;0,0111263872683978
+1,46319975611386;1,46057466336354;0,00112311271627563;0,0109239117132878
+1,46432286883014;1,47149857507683;0,000997251415837175;0,0107441682884881
+1,46532012024597;1,48224274336531;0,000876504714961701;0,0105860462752978
+1,46619662496094;1,49282878964061;0,000760124572522392;0,0104484482947935
+1,46695674953346;1,50327723793541;0,000647367159429146;0,0103302903078293
+1,46760411669289;1,51360752824323;0,000537553779792255;0,0102308110983107
+1,46814167047268;1,52383833934155;0,000430356806732979;0,0101501517252738
+1,46857202727941;1,53398849106682;0,000325207148849316;0,0100868491042307
+1,46889723442826;1,54407534017105;0,00022159248744158;0,0100407556406552
+1,4691188269157;1,55411609581171;0,000119023669050478;0,010011891686567
+1,46923785058475;1,56412798749827;1,70137278971971e-05;0,0100002799706664
+1,46925486431265;1,57412826746894;-8,49221141123735e-05;0,0100059455983366
+1,46916994219854;1,58413421306728;-0,000187266447391199;0,0100289160516396
+1,46898267575115;1,59416312911891;-0,00029049967466821;0,0100692211893203
+1,46869217607648;1,60423235030823;-0,000395100010990745;0,0101268932468033
+1,46829707606549;1,61435924355504;-0,000501543483722777;0,0102019668361941
+1,46779553258177;1,62456121039123;-0,000610571076179234;0,0102952884649081
+1,46718496150559;1,63485649885614;-0,00072279201977854;0,0104081754083789
+1,46646216948581;1,64526467426452;-0,000837921093199245;0,0105392658213774
+1,46562424839261;1,6558039400859;-0,00095682372327488;0,0106898469962957
+1,46466742466933;1,66649378708219;-0,0010804178755226;0,010861345865723
+1,46358700679381;1,67735513294792;-0,00120961883064541;0,0110551854990928
+1,46237738796317;1,68841031844701;-0,00134533918452884;0,0112727851026815
+1,46103204877864;1,69968310354969;-0,00148848884824382;0,0115155600196111
+1,45954355993039;1,7111986635693;-0,00163997504804558;0,0117849217298458
+1,45790358488235;1,72298358529915;-0,00180070232537277;0,0120822778501946
+1,45610288255697;1,73506586314934;-0,00197157253684943;0,0124090321343098
+1,45413131002012;1,74747489528365;-0,00215348485428346;0,0127665844726879
+1,45197782516584;1,76024147975634;-0,0023481255236899;0,0131574474730054
+1,44962969964215;1,77339892722934;-0,00255778861020506;0,0135855025294422
+1,44707191103195;1,78698442975879;-0,00278344532686359;0,0140523317403436
+1,44428846570508;1,80103676149913;-0,00302771123373602;0,0145612427038468
+1,44126075447135;1,81559800420298;-0,00329323495250922;0,0151155817979731
+1,43796751951884;1,83071358600095;-0,00358265151340453;0,0157186760373651
+1,43438486800543;1,84643226203832;-0,0038985823551807;0,016373833073287
+1,43048628565025;1,8628060951116;-0,00424471254281578;0,01708451786879
+1,42624157310744;1,87989061298039;-0,00462478896107332;0,017855118940677
+1,42161678414636;1,89774573192107;-0,00504277882477067;0,0186893810635198
+1,41657400532159;1,91643511298459;-0,00550533386133889;0,0195905765332824
+1,41106867146025;1,93602568951787;-0,00601908684313779;0,0205618977811319
+1,40504958461712;1,956587587299;-0,00659062023089341;0,0216064581546587
+1,39845896438622;1,97819404545366;-0,00722725518353085;0,0227265249177271
+1,39123170920269;2,00092057037139;-0,00793941123836661;0,0239221775468565
+1,38329229796432;2,02484274791825;-0,00873560735649259;0,025194983181938
+1,37455669060783;2,05003773110018;-0,0096312314174869;0,0265376282265657
+1,36492545919035;2,07657535932675;-0,0106423461111;0,0279416608242711
+1,35428311307925;2,10451702015102;-0,0117848663985549;0,0293984077261542
+1,34249824668069;2,13391542787717;-0,0130776208153436;0,0308945231524387
+1,32942062586535;2,16480995102961;-0,0145429694098969;0,0324062653889965
+1,31487765645545;2,19721621641861;-0,0162068310689347;0,0339060297455673
+1,29867082538652;2,23112224616418;-0,0181051063464968;0,0353553984451422
+1,28056571904002;2,26647764460932;-0,0202735368143157;0,0367152795315131
+1,2602921822257;2,30319292414083;-0,0227523337699906;0,0379435301645934
+1,23753984845571;2,34113645430543;-0,0255919624729679;0,0389862722564698
+1,21194788598274;2,3801227265619;-0,028859642853992;0,03979692181231
+1,18308824312875;2,41991964837421;-0,0326381553731929;0,0403319772367494
+1,15045008775556;2,46025162561096;-0,0370244489397733;0,0405531916628923
+1,11342563881579;2,50080481727385;-0,0421625229492892;0,0404386239403784
+1,0712631158665;2,54124344121423;0;0
Index: /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/van_der_pol_1.csv
===================================================================
--- /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/van_der_pol_1.csv	(revision 16954)
+++ /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Instances/van_der_pol_1.csv	(revision 16954)
@@ -0,0 +1,101 @@
+y1;y2;diff_y1;diff_y2
+1,79667206774373;0,0813871441792325;-0,0272380352561885;-0,0177985441698269
+1,76943403248755;0,0635886000094056;-0,0105321943411305;-0,0176381053703059
+1,75890183814642;0,0459504946390997;-0,00867361734311922;-0,0175452803069927
+1,7502282208033;0,028405214332107;-0,0085180712438333;-0,0174597045277619
+1,74171014955946;0,0109455098043451;-0,00857078152354296;-0,017374313932912
+1,73313936803592;-0,00642880412856693;-0,00865154078718677;-0,0172882212077966
+1,72448782724873;-0,0237170253363636;-0,00873658692513746;-0,0172012835517147
+1,7157512403236;-0,0409183088880782;-0,00882571083910477;-0,0171134718903719
+1,70692552948449;-0,0580317807784502;-0,00891809476340621;-0,0170247521504337
+1,69800743472108;-0,0750565329288838;-0,00901371780503935;-0,0169350924779176
+1,68899371691605;-0,0919916254068014;-0,00911272838775679;-0,0168444600033478
+1,67988098852829;-0,108836085410149;-0,00921531879720328;-0,016752820056424
+1,67066566973109;-0,125588905466573;-0,00932170397692822;-0,0166601358845812
+1,66134396575416;-0,142249041351154;-0,00943211935800026;-0,0165663684487176
+1,65191184639616;-0,158815409799872;-0,00954682232988868;-0,016471476215532
+1,64236502406627;-0,175286886015404;-0,00966609463370971;-0,0163754149293471
+1,63269892943256;-0,191662300944751;-0,00979024523683614;-0,0162781373574097
+1,62290868419572;-0,207940438302161;-0,00991961366450611;-0,0161795930041784
+1,61298907053122;-0,224120031306339;-0,0100545738505284;-0,0160797277897727
+1,60293449668069;-0,240199759096112;-0,0101955385992134;-0,0159784836869646
+1,59273895808147;-0,256178242783077;-0,0103427871927702;-0,0158757970854281
+1,5823961708887;-0,272054039868505;-0,0104977247248919;-0,0157716069725315
+1,57189844616381;-0,287825646841036;-0,01065956404757;-0,0156658315636433
+1,56123888211624;-0,30349147840468;-0,0108295400634018;-0,0155583963259021
+1,55040934205284;-0,319049874730582;-0,0110082928614024;-0,0154492155311846
+1,53940104919144;-0,334499090261766;-0,0111967141310785;-0,0153381972183296
+1,52820433506036;-0,349837287480096;-0,0113957618442821;-0,0152252407863129
+1,51680857321608;-0,365062528266409;-0,011606358136391;-0,0151102348819631
+1,50520221507969;-0,380172763148372;-0,0118299454605582;-0,0149930605758452
+1,49337226961913;-0,395165823724217;-0,0120677145890511;-0,0148735834239541
+1,48130455503008;-0,410039407148171;-0,0123208877525922;-0,0147516533003308
+1,46898366727749;-0,424791060448502;-0,0125919741456006;-0,0146271134474238
+1,45639169313188;-0,439418173895926;-0,0128816424523517;-0,0144997690172864
+1,44351005067953;-0,453917942913212;-0,0131924559909744;-0,0143694166567563
+1,43031759468856;-0,468287359569969;-0,013527712844341;-0,0142358314364334
+1,41678988184422;-0,482523191006402;-0,0138908138067237;-0,0140987547729077
+1,40289906803749;-0,49662194577931;-0,0142861968096306;-0,0139578975347837
+1,38861287122786;-0,510579843314093;-0,014717955762779;-0,0138129164973504
+1,37389491546508;-0,524392759811444;-0,015191243690087;-0,013663415973958
+1,358703671775;-0,538056175785402;-0,0157126996305073;-0,0135089384877702
+1,34299097214449;-0,551565114273172;-0,0162913079804861;-0,0133489577235049
+1,326699664164;-0,564914071996677;-0,0169389468889716;-0,0131828643145477
+1,30976071727503;-0,578096936311225;-0,0176692379139265;-0,0130099171164293
+1,29209147936111;-0,591106853427654;-0,0184973812696967;-0,0128291755884906
+1,27359409809141;-0,603936029016145;-0,0194472749721;-0,0126395453346562
+1,25414682311931;-0,616575574350801;-0,0205515606585516;-0,0124396987098587
+1,23359526246076;-0,629015273060659;-0,0218502509197316;-0,0122278977506249
+1,21174501154103;-0,641243170811284;-0,0233999934285332;-0,0120018537972053
+1,18834501811249;-0,65324502460849;-0,0252874437803539;-0,0117587543333266
+1,16305757433214;-0,665003778941816;-0,0276308077898293;-0,0114946216712928
+1,13542676654231;-0,676498400613109;-0,0306239565507147;-0,0112039784239187
+1,1048028099916;-0,687702379037028;-0,034564893471746;-0,0108789966512086
+1,07023791651985;-0,698581375688236;-0,0399633052366213;-0,0105078863194146
+1,03027461128323;-0,709089262007651;-0,0477459259745778;-0,0100718151791346
+0,98252868530865;-0,719161077186786;-0,0596781744160185;-0,00953942729661794
+0,922850510892632;-0,728700504483404;-0,0796696605813956;-0,00885189292287847
+0,843180850311236;-0,737552397406282;-0,117248212821728;-0,00788903169011101
+0,725932637489508;-0,745441429096393;-0,200583201565797;-0,00636077997053353
+0,525349435923712;-0,751802209066927;-0,430665989678764;-0,00341438627369406
+0,0946834462449476;-0,755216595340621;-1,06873001641912;0,00370007558184138
+-0,974046570174171;-0,751516519758779;-0,938277971400321;0,015483004545497
+-1,91232454157449;-0,736033515213282;-0,100598275760933;0,0198567275139991
+-2,01292281733542;-0,716176787699283;0,00129031033704985;0,0201345582048538
+-2,01163250699837;-0,696042229494429;0,0063581920978999;0,0200851131547005
+-2,00527431490047;-0,675957116339729;0,00663253571443789;0,020019641949086
+-1,99864177918604;-0,655937474390643;0,00667896076678498;0,0199530540172466
+-1,99196281841925;-0,635984420373396;0,00671705916753362;0,0198860652014744
+-1,98524575925172;-0,616098355171922;0,00675599627975187;0,0198186991441766
+-1,97848976297197;-0,596279656027745;0,00679574405270889;0,0197509487229707
+-1,97169401891926;-0,576528707304775;0,00683561921577347;0,0196828043021204
+-1,96485839970348;-0,556845903002654;0,00687537684944206;0,0196142574600449
+-1,95798302285404;-0,537231645542609;0,00691513596860927;0,0195453007806751
+-1,95106788688543;-0,517686344761934;0,006956467144976;0,0194759318335488
+-1,94411141974046;-0,498210412928385;0,00699973252565878;0,0194061438178336
+-1,9371116872148;-0,478804269110552;0,00704418034734866;0,0193359255647738
+-1,93006750686745;-0,459468343545778;0,00708929119234569;0,0192652663525683
+-1,9229782156751;-0,44020307719321;0,00713476434117544;0,0191941558860541
+-1,91584345133393;-0,421008921307156;0,00718081754702182;0,0191225854627477
+-1,90866263378691;-0,401886335844408;0,00722718345895501;0,0190505441963231
+-1,90143545032795;-0,382835791648085;0,00727496742889455;0,0189780261002324
+-1,89416048289906;-0,363857765547852;0,0073244208507568;0,0189050217143417
+-1,8868360620483;-0,344952743833511;0,00737528114378239;0,0188315191642054
+-1,87946078090452;-0,326121224669305;0,00742737063292487;0,0187575064388961
+-1,87203341027159;-0,307363718230409;0,00748057872147267;0,01868297132033
+-1,86455283155012;-0,288680746910079;0,00753484880285904;0,0186079013191339
+-1,85701798274726;-0,270072845590945;0,0075901709329862;0,0185322836296872
+-1,84942781181427;-0,251540561961258;0,00764674504774865;0,0184561058025088
+-1,84178106676653;-0,233084456158749;0,00770440234725767;0,0183793532967879
+-1,83407666441927;-0,214705102861961;0,00776355182077748;0,0183020134334692
+-1,82631311259849;-0,196403089428492;0,00782427592252377;0,0182240715722763
+-1,81848883667597;-0,178179017856216;0,00788673209871726;0,0181455127816818
+-1,81060210457725;-0,160033505074534;0,00795094853717648;0,0180663208850539
+-1,80265115604007;-0,14196718418948;0,0080169531435379;0,0179864789560927
+-1,79463420289654;-0,123980705233387;0,0080847878815149;0,0179059693429871
+-1,78654941501502;-0,1060747358904;0,00815421458410137;0,0178247722382848
+-1,77839520043092;-0,0882499636521154;0,0082262278016918;0,0177428727116832
+-1,77016897262923;-0,0705070909404322;0,00829976170486391;0,0176602452553713
+-1,76186921092436;-0,0528468456850608;0,00837551588894492;0,0175768715827796
+-1,75349369503542;-0,0352699741022812;0,00845460313762625;0,0174927345748195
+-1,74503909189779;-0,0177772395274617;0;0
Index: /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Plugin.cs.frame
===================================================================
--- /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Plugin.cs.frame	(revision 16953)
+++ /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Plugin.cs.frame	(revision 16954)
@@ -52,4 +52,5 @@
   [PluginDependency("HeuristicLab.Problems.DataAnalysis.Symbolic.Regression", "3.4")]
   [PluginDependency("HeuristicLab.Problems.Instances", "3.3")]
+  [PluginDependency("HeuristicLab.Problems.Instances.DataAnalysis", "3.3")]
   [PluginDependency("HeuristicLab.Random", "3.3")]
   public class Plugin : PluginBase {
Index: /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Problem.cs
===================================================================
--- /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Problem.cs	(revision 16953)
+++ /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/Problem.cs	(revision 16954)
@@ -33,5 +33,4 @@
 using HeuristicLab.Optimization;
 using HeuristicLab.Parameters;
-using HeuristicLab.Persistence.Default.CompositeSerializers.Storable;
 using HeuristicLab.Problems.DataAnalysis;
 using HeuristicLab.Problems.DataAnalysis.Symbolic;
@@ -45,5 +44,5 @@
   [Creatable(CreatableAttribute.Categories.GeneticProgrammingProblems, Priority = 900)]
   [StorableType("065C6A61-773A-42C9-9DE5-61A5D1D823EB")]
-  public sealed class Problem : SingleObjectiveBasicProblem<MultiEncoding>, IRegressionProblem, IProblemInstanceConsumer<IRegressionProblemData>, IProblemInstanceExporter<IRegressionProblemData> {
+  public sealed class Problem : SingleObjectiveBasicProblem<MultiEncoding>, IRegressionProblem, IProblemInstanceConsumer<Problem> {
     #region parameter names
     private const string ProblemDataParameterName = "Data";
@@ -103,4 +102,7 @@
       get { return (IFixedValueParameter<DoubleValue>)Parameters["ODE NMSE weight"]; }
     }
+    public IFixedValueParameter<DoubleValue> NumericDifferencesSmoothingParameter {
+      get { return (IFixedValueParameter<DoubleValue>)Parameters["Numeric differences smoothing"]; }
+    }
     #endregion
 
@@ -135,5 +137,5 @@
       get { return NumericIntegrationStepsParameter.Value.Value; }
     }
-    public IEnumerable<IntRange> TrainingEpisodes {
+    public IList<IntRange> TrainingEpisodes {
       get { return TrainingEpisodesParameter.Value; }
     }
@@ -141,4 +143,8 @@
       get { return OptimizeParametersForEpisodesParameter.Value.Value; }
     }
+    public double NumericDifferencesSmoothing {
+      get { return NumericDifferencesSmoothingParameter.Value.Value; }
+    }
+
 
     public string OdeSolver {
@@ -212,4 +218,5 @@
       Parameters.Add(new FixedValueParameter<DoubleValue>("Pretuning NMSE weight", "For fitness weighting", new DoubleValue(0.5)));
       Parameters.Add(new FixedValueParameter<DoubleValue>("ODE NMSE weight", "For fitness weighting", new DoubleValue(0.5)));
+      Parameters.Add(new FixedValueParameter<DoubleValue>("Numeric differences smoothing", "Determines the amount of smoothing for the numeric differences which are calculated for pre-tuning. Values from -8 to 8 are reasonable. Use very low value if the data contains no noise. Default: 2.", new DoubleValue(2.0)));
 
       var solversStr = new string[] { "HeuristicLab" /* , "CVODES" */};
@@ -248,7 +255,12 @@
         return totalNMSE / totalSize;
       } else {
-        // double[] optTheta;
-        double nmse = OptimizeForEpisodes(trees, problemData, targetVars, latentVariables, random, TrainingEpisodes, MaximumPretuningParameterOptimizationIterations, NumericIntegrationSteps, OdeSolver, MaximumOdeParameterOptimizationIterations,
-          PretuningErrorWeight.Value.Value, OdeErrorWeight.Value.Value);
+        // when no training episodes are specified then we implicitly use the training parition from the problemData
+        var trainingEpisodes = TrainingEpisodes;
+        if (!trainingEpisodes.Any()) {
+          trainingEpisodes = new List<IntRange>();
+          trainingEpisodes.Add((IntRange)ProblemData.TrainingPartition.Clone());
+        }
+        double nmse = OptimizeForEpisodes(trees, problemData, targetVars, latentVariables, random, trainingEpisodes, MaximumPretuningParameterOptimizationIterations, NumericIntegrationSteps, OdeSolver, MaximumOdeParameterOptimizationIterations,
+          PretuningErrorWeight.Value.Value, OdeErrorWeight.Value.Value, NumericDifferencesSmoothing);
         // individual["OptTheta"] = new DoubleArray(optTheta); // write back optimized parameters so that we can use them in the Analysis method
         return nmse;
@@ -268,5 +280,6 @@
       int maxOdeParameterOptIterations,
       double pretuningErrorWeight = 0.5,
-      double odeErrorWeight = 0.5
+      double odeErrorWeight = 0.5,
+      double numericDifferencesSmoothing = 2
       ) {
 
@@ -280,5 +293,6 @@
 
       // optimize parameters by fitting f(x,y) to calculated differences dy/dt(t)
-      double nmse = pretuningErrorWeight * PreTuneParameters(trees, problemData, targetVars, latentVariables, random, episodes, maxPretuningParameterOptIterations,
+      double nmse = pretuningErrorWeight * PreTuneParameters(trees, problemData, targetVars, latentVariables, random, episodes,
+        maxPretuningParameterOptIterations, numericDifferencesSmoothing,
         initialTheta, out double[] pretunedParameters);
 
@@ -316,4 +330,5 @@
       IEnumerable<IntRange> episodes,
       int maxParameterOptIterations,
+      double numericDifferencesSmoothing, // for smoothing of numeric differences
       double[][] initialTheta,
       out double[] optTheta) {
@@ -326,5 +341,5 @@
 
       // first calculate values of latent variables by integration
-      if(latentVariables.Length > 0) {
+      if (latentVariables.Length > 0) {
         var inputVariables = targetVars.Concat(latentTrees.SelectMany(t => t.IterateNodesPrefix().OfType<VariableTreeNode>().Select(n => n.VariableName))).Except(latentVariables).Distinct();
         var myState = new OptimizationData(latentTrees, targetVars, inputVariables.ToArray(), problemData, null, episodes.ToArray(), 10, latentVariables, "HeuristicLab");
@@ -360,7 +375,7 @@
           var episodeRows = Enumerable.Range(ep.Start, ep.Size);
           var targetValues = problemData.Dataset.GetDoubleValues(targetVars[treeIdx], episodeRows).ToArray();
-          targetValuesDiff.AddRange(targetValues.Skip(1).Zip(targetValues, (t1, t0) => t1 - t0));// TODO: smoothing or multi-pole);
-        }
-        var adjustedEpisodes = episodes.Select(ep => new IntRange(ep.Start, ep.End - 1)); // because we lose the last row in the differencing step
+          targetValuesDiff.AddRange(CalculateDifferences(targetValues, numericDifferencesSmoothing));
+        }
+        var adjustedEpisodes = episodes.Select(ep => new IntRange(ep.Start, ep.End));
 
         // data for input variables is assumed to be known
@@ -417,4 +432,5 @@
 
 
+
     // similar to above but this time we integrate and optimize all parameters for all targets concurrently
     private static double OptimizeParameters(ISymbolicExpressionTree[] trees, IRegressionProblemData problemData, string[] targetVars, string[] latentVariables,
@@ -617,4 +633,11 @@
       // }
 
+      // when no training episodes are specified then we implicitly use the training parition from the problemData
+      var trainingEpisodes = TrainingEpisodes;
+      if (!trainingEpisodes.Any()) {
+        trainingEpisodes = new List<IntRange>();
+        trainingEpisodes.Add((IntRange)ProblemData.TrainingPartition.Clone());
+      }
+
       var bestIndividualAndQuality = this.GetBestIndividual(individuals, qualities);
       var trees = bestIndividualAndQuality.Item1.Values.Select(v => v.Value).OfType<ISymbolicExpressionTree>().ToArray(); // extract all trees from individual
@@ -674,5 +697,5 @@
           .Distinct();
 
-        var optimizationData = new OptimizationData(trees, targetVars, inputVariables.ToArray(), problemData, null, TrainingEpisodes.ToArray(), NumericIntegrationSteps, latentVariables, OdeSolver);
+        var optimizationData = new OptimizationData(trees, targetVars, inputVariables.ToArray(), problemData, null, trainingEpisodes.ToArray(), NumericIntegrationSteps, latentVariables, OdeSolver);
         var numParams = optimizationData.nodeValueLookup.ParameterCount;
 
@@ -755,35 +778,39 @@
         // results["Squared error and gradient"].Value = errorTable;
 
-        // TODO: DRY for training and test
-        var testList = new ItemList<DataTable>();
-        var testRows = ProblemData.TestIndices.ToArray();
-        var testOptimizationData = new OptimizationData(trees, targetVars, problemData.AllowedInputVariables.ToArray(), problemData, null, new IntRange[] { ProblemData.TestPartition }, NumericIntegrationSteps, latentVariables, OdeSolver);
-        var testPrediction = Integrate(testOptimizationData).ToArray();
-
-        for (int colIdx = 0; colIdx < trees.Length; colIdx++) {
-          // is target variable
-          if (colIdx < targetVars.Length) {
-            var targetVar = targetVars[colIdx];
-            var testDataTable = new DataTable(targetVar + " prediction (test)");
-            var actualValuesRow = new DataRow(targetVar, "The values of " + targetVar, problemData.Dataset.GetDoubleValues(targetVar, testRows));
-            var predictedValuesRow = new DataRow(targetVar + " pred.", "Predicted values for " + targetVar, testPrediction.Select(arr => arr[colIdx].Item1).ToArray());
-            testDataTable.Rows.Add(actualValuesRow);
-            testDataTable.Rows.Add(predictedValuesRow);
-            testList.Add(testDataTable);
-
-          } else {
-            // var latentVar = latentVariables[colIdx - targetVars.Length];
-            // var testDataTable = new DataTable(latentVar + " prediction (test)");
-            // var predictedValuesRow = new DataRow(latentVar + " pred.", "Predicted values for " + latentVar, testPrediction.Select(arr => arr[colIdx].Item1).ToArray());
-            // var emptyRow = new DataRow(latentVar);
-            // testDataTable.Rows.Add(emptyRow);
-            // testDataTable.Rows.Add(predictedValuesRow);
-            // testList.Add(testDataTable);
-          }
-        }
-
-        results["Prediction (training)"].Value = trainingList.AsReadOnly();
-        results["Prediction (test)"].Value = testList.AsReadOnly();
-
+        // only if there is a non-empty test partition
+        if (ProblemData.TestIndices.Any()) {
+          // TODO: DRY for training and test
+
+          var testList = new ItemList<DataTable>();
+          var testRows = ProblemData.TestIndices.ToArray();
+          var testOptimizationData = new OptimizationData(trees, targetVars, problemData.AllowedInputVariables.ToArray(), problemData, null, new IntRange[] { ProblemData.TestPartition }, NumericIntegrationSteps, latentVariables, OdeSolver);
+          var testPrediction = Integrate(testOptimizationData).ToArray();
+
+          for (int colIdx = 0; colIdx < trees.Length; colIdx++) {
+            // is target variable
+            if (colIdx < targetVars.Length) {
+              var targetVar = targetVars[colIdx];
+              var testDataTable = new DataTable(targetVar + " prediction (test)");
+              var actualValuesRow = new DataRow(targetVar, "The values of " + targetVar, problemData.Dataset.GetDoubleValues(targetVar, testRows));
+              var predictedValuesRow = new DataRow(targetVar + " pred.", "Predicted values for " + targetVar, testPrediction.Select(arr => arr[colIdx].Item1).ToArray());
+              testDataTable.Rows.Add(actualValuesRow);
+              testDataTable.Rows.Add(predictedValuesRow);
+              testList.Add(testDataTable);
+
+            } else {
+              // var latentVar = latentVariables[colIdx - targetVars.Length];
+              // var testDataTable = new DataTable(latentVar + " prediction (test)");
+              // var predictedValuesRow = new DataRow(latentVar + " pred.", "Predicted values for " + latentVar, testPrediction.Select(arr => arr[colIdx].Item1).ToArray());
+              // var emptyRow = new DataRow(latentVar);
+              // testDataTable.Rows.Add(emptyRow);
+              // testDataTable.Rows.Add(predictedValuesRow);
+              // testList.Add(testDataTable);
+            }
+          }
+
+          results["Prediction (training)"].Value = trainingList.AsReadOnly();
+          results["Prediction (test)"].Value = testList.AsReadOnly();
+
+        }
 
         #region simplification of models
@@ -802,5 +829,5 @@
                    targetVars,
                    latentVariables,
-                   TrainingEpisodes,
+                   trainingEpisodes,
                    OdeSolver,
                    NumericIntegrationSteps);
@@ -834,6 +861,11 @@
           var solutionDataset = ((Dataset)problemData.Dataset).ToModifiable();
           var absValues = solutionDataset.GetDoubleValues(name).ToArray();
-          solutionDataset.AddVariable(name + "_diff", absValues.Skip(1).Zip(absValues, (v1, v0) => v1 - v0).Concat(new double[] { 0.0 }).ToList());
+
+          solutionDataset.AddVariable(name + "_diff", CalculateDifferences(absValues, NumericDifferencesSmoothing).ToList());
           var solutionProblemData = new RegressionProblemData(solutionDataset, problemData.AllowedInputVariables, name + "_diff");
+          solutionProblemData.TrainingPartition.Start = problemData.TrainingPartition.Start;
+          solutionProblemData.TrainingPartition.End = problemData.TrainingPartition.End;
+          solutionProblemData.TestPartition.Start = problemData.TestPartition.Start;
+          solutionProblemData.TestPartition.End = problemData.TestPartition.End;
           var solution = model.CreateRegressionSolution(solutionProblemData);
           results.AddOrUpdateResult("Solution " + name, solution);
@@ -1544,13 +1576,13 @@
      * 
      * ProblemData
-     *    |
-     *    V
-     * TargetVariables   FunctionSet    MaximumLength    NumberOfLatentVariables
-     *               |   |                 |                   |
-     *               V   V                 |                   |
-     *             Grammar <---------------+-------------------
-     *                |
-     *                V
-     *            Encoding
+     *    |                                                                          
+     *    V                                                                          
+     * TargetVariables   FunctionSet    MaximumLength    NumberOfLatentVariables     
+     *               |   |                 |                   |                     
+     *               V   V                 |                   |                     
+     *             Grammar <---------------+-------------------                      
+     *                |                                                              
+     *                V                                                              
+     *            Encoding                                                           
      */
     private void RegisterEventHandlers() {
@@ -1587,4 +1619,5 @@
     private void TargetVariablesParameter_ValueChanged(object sender, EventArgs e) {
       TargetVariablesParameter.Value.CheckedItemsChanged += CheckedTargetVariablesChanged;
+      UpdateGrammarAndEncoding();
     }
 
@@ -1614,4 +1647,18 @@
     #region  helper
 
+    private static double[] CalculateDifferences(double[] targetValues, double numericDifferencesSmoothing) {
+      var x = Enumerable.Range(0, targetValues.Length).Select(i => (double)i).ToArray();
+      alglib.spline1dfitpenalized(x, targetValues, targetValues.Length / 2, numericDifferencesSmoothing,
+        out int info, out alglib.spline1dinterpolant s, out alglib.spline1dfitreport rep);
+      if (info <= 0) throw new ArgumentException("There was a problem while smoothing numeric differences. Try to use a different smoothing parameter value.");
+
+      double[] dy = new double[x.Length];
+      for (int i = 0; i < x.Length; i++) {
+        double xi = x[i];
+        alglib.spline1ddiff(s, xi, out double y, out double dyi, out double d2y);
+        dy[i] = dyi;
+      }
+      return dy;
+    }
 
     private void InitAllParameters() {
@@ -1797,13 +1844,12 @@
 
 
-    #region Import & Export
-    public void Load(IRegressionProblemData data) {
-      Name = data.Name;
-      Description = data.Description;
-      ProblemData = data;
-    }
-
-    public IRegressionProblemData Export() {
-      return ProblemData;
+    #region Import
+    public void Load(Problem problem) {
+      // transfer parameter values from problem parameter
+      this.ProblemData = problem.ProblemData;
+      this.TrainingEpisodesParameter.Value = problem.TrainingEpisodesParameter.Value;
+      this.TargetVariablesParameter.Value = problem.TargetVariablesParameter.Value;
+      this.Name = problem.Name;
+      this.Description = problem.Description;
     }
     #endregion
Index: /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/ProblemInstanceProvider.cs
===================================================================
--- /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/ProblemInstanceProvider.cs	(revision 16954)
+++ /branches/2925_AutoDiffForDynamicalModels/HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling/3.3/ProblemInstanceProvider.cs	(revision 16954)
@@ -0,0 +1,248 @@
+﻿#region License Information
+/* HeuristicLab
+ * Copyright (C) 2002-2019 Heuristic and Evolutionary Algorithms Laboratory (HEAL)
+ *
+ * This file is part of HeuristicLab.
+ *
+ * HeuristicLab is free software: you can redistribute it and/or modify
+ * it under the terms of the GNU General Public License as published by
+ * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
+ * (at your option) any later version.
+ *
+ * HeuristicLab is distributed in the hope that it will be useful,
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+ * GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with HeuristicLab. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ */
+#endregion
+
+using System;
+using System.Collections.Generic;
+using System.Globalization;
+using System.IO;
+using System.IO.Compression;
+using System.Linq;
+using System.Text.RegularExpressions;
+using HeuristicLab.Data;
+using HeuristicLab.Problems.DataAnalysis;
+using HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling.Instances;
+using HeuristicLab.Problems.Instances;
+using HeuristicLab.Problems.Instances.DataAnalysis;
+
+namespace HeuristicLab.Problems.DynamicalSystemsModelling {
+  public class ProblemInstanceProvider : ProblemInstanceProvider<Problem> {
+    public override string Name {
+      get { return "Dynamic Systems"; }
+    }
+    public override string Description {
+      get {
+        return "A set of problem instances for dynamical modelling.";
+      }
+    }
+    public override Uri WebLink {
+      get { return null; }
+    }
+    public override string ReferencePublication {
+      get { return ""; }
+    }
+
+    public override IEnumerable<IDataDescriptor> GetDataDescriptors() {
+      List<DataDescriptor> descriptorList = new List<DataDescriptor>();
+      descriptorList.Add(BacterialRespiration());
+      descriptorList.Add(BarMagnets());
+      descriptorList.Add(ChemicalReaction());
+      descriptorList.Add(E_Cell());
+      descriptorList.Add(Glider());
+      descriptorList.Add(LotkaVolterra());
+      descriptorList.Add(PredatorPrey());
+      descriptorList.Add(S_System());
+      descriptorList.Add(ShearFlow());
+      descriptorList.Add(ThreeSpeciesLotkaVolterra());
+      descriptorList.Add(VanDerPol());
+      return descriptorList;
+    }
+
+    private DataDescriptor BacterialRespiration() {
+      return new DataDescriptor {
+        Name = "Bacterial Respiration",
+        Description = "Publication: M. Schmidt, H. Lipson; Data-Mining Dynamical Systems: Automated Symbolic System Identification for Exploratory Analysis, ESDA 2008.",
+        TargetVariables = new[] { "y1", "y2" },
+        InputVariables = new string[] { },
+        TrainingEpisodes = new IntRange[] { new IntRange(0, 100) },
+        TestEpisodes = new IntRange[] { },
+        FileName = "bacterial_1.csv"
+      };
+    }
+
+
+    private DataDescriptor BarMagnets() {
+      return new DataDescriptor {
+        Name = "Bar Magnets",
+        Description = "Publication: M. Schmidt, H. Lipson; Data-Mining Dynamical Systems: Automated Symbolic System Identification for Exploratory Analysis, ESDA 2008.",
+        TargetVariables = new[] { "y1", "y2" },
+        InputVariables = new string[] { },
+        TrainingEpisodes = new IntRange[] { new IntRange(0, 100) },
+        TestEpisodes = new IntRange[] { },
+        FileName = "bar_magnets_1.csv"
+      };
+    }
+
+    private DataDescriptor ChemicalReaction() {
+      return new DataDescriptor {
+        Name = "ChemicalReaction",
+        Description = "Publication: H. Iba, E. Sakamoto: Inference of Differential Equation Models by Genetic Programming, Information Sciences Volume 178, Issue 23, 1 December 2008, Pages 4453 - 4468",
+        TargetVariables = new[] { "y1", "y2", "y3" },
+        InputVariables = new string[] { },
+        TrainingEpisodes = new IntRange[] { new IntRange(0, 100) },
+        TestEpisodes = new IntRange[] { },
+        FileName = "ChemicalReaction.csv"
+      };
+    }
+
+    private DataDescriptor E_Cell() {
+      return new DataDescriptor {
+        Name = "E-CELL",
+        Description = "Publication: H. Iba, E. Sakamoto: Inference of Differential Equation Models by Genetic Programming, Information Sciences Volume 178, Issue 23, 1 December 2008, Pages 4453 - 4468",
+        TargetVariables = new[] { "y1", "y2", "y3" },
+        InputVariables = new string[] { },
+        TrainingEpisodes = new IntRange[] { new IntRange(0, 40) },
+        TestEpisodes = new IntRange[] { },
+        FileName = "E-CELL.csv"
+      };
+    }
+
+    private DataDescriptor Glider() {
+      return new DataDescriptor {
+        Name = "Bar Magnets",
+        Description = "Publication: M. Schmidt, H. Lipson; Data-Mining Dynamical Systems: Automated Symbolic System Identification for Exploratory Analysis, ESDA 2008.",
+        TargetVariables = new[] { "y1", "y2" },
+        InputVariables = new string[] { },
+        TrainingEpisodes = new IntRange[] { new IntRange(0, 100) },
+        TestEpisodes = new IntRange[] { },
+        FileName = "Glider_1.csv"
+      };
+    }
+
+    private DataDescriptor LotkaVolterra() {
+      return new DataDescriptor {
+        Name = "Lotka-Volterra",
+        Description = "Publication: Gaucel et al.: Learning Dynamical Systems using Standard Symbolic Regression, Evostar 2014.",
+        TargetVariables = new[] { "y1", "y2" },
+        InputVariables = new string[] { },
+        TrainingEpisodes = new IntRange[] { new IntRange(0, 193) },
+        TestEpisodes = new IntRange[] { },
+        FileName = "LotkaVolterra.csv"
+      };
+    }
+
+    private DataDescriptor PredatorPrey() {
+      return new DataDescriptor {
+        Name = "Predator Prey",
+        Description = "Publication: M. Schmidt, H. Lipson; Data-Mining Dynamical Systems: Automated Symbolic System Identification for Exploratory Analysis, ESDA 2008.",
+        TargetVariables = new[] { "y1", "y2" },
+        InputVariables = new string[] { },
+        TrainingEpisodes = new IntRange[] { new IntRange(0, 100) },
+        TestEpisodes = new IntRange[] { },
+        FileName = "predator_prey_1.csv"
+      };
+    }
+
+    private DataDescriptor ShearFlow() {
+      return new DataDescriptor {
+        Name = "Shear Flow",
+        Description = "Publication: M. Schmidt, H. Lipson; Data-Mining Dynamical Systems: Automated Symbolic System Identification for Exploratory Analysis, ESDA 2008.",
+        TargetVariables = new[] { "y1", "y2" },
+        InputVariables = new string[] { },
+        TrainingEpisodes = new IntRange[] { new IntRange(0, 100) },
+        TestEpisodes = new IntRange[] { },
+        FileName = "shear_flow_1.csv"
+      };
+    }
+
+    private DataDescriptor S_System() {
+      return new DataDescriptor {
+        Name = "S-System",
+        Description = "Publication: H. Iba, E. Sakamoto: Inference of Differential Equation Models by Genetic Programming, Information Sciences Volume 178, Issue 23, 1 December 2008, Pages 4453 - 4468",
+        TargetVariables = new[] { "y1", "y2", "y3", "y4", "y5" },
+        InputVariables = new string[] { },
+        TrainingEpisodes = new IntRange[] { new IntRange(0, 30), new IntRange(31, 61), new IntRange(62, 92) },
+        TestEpisodes = new IntRange[] { },
+        FileName = "S-System.csv"
+      };
+    }
+
+
+    private DataDescriptor ThreeSpeciesLotkaVolterra() {
+      return new DataDescriptor {
+        Name = "Lotka Volterra (three species)",
+        Description = "Publication: H. Iba, E. Sakamoto: Inference of Differential Equation Models by Genetic Programming, Information Sciences Volume 178, Issue 23, 1 December 2008, Pages 4453 - 4468",
+        TargetVariables = new[] { "y1", "y2", "y3" },
+        InputVariables = new string[] { },
+        TrainingEpisodes = new IntRange[] { new IntRange(0, 100)},
+        TestEpisodes = new IntRange[] { },
+        FileName = "ThreeLotkaVolterra.csv"
+      };
+    }
+
+
+    private DataDescriptor VanDerPol() {
+      return new DataDescriptor {
+        Name = "Van der Pol Oscillator",
+        Description = "Publication: M. Schmidt, H. Lipson; Data-Mining Dynamical Systems: Automated Symbolic System Identification for Exploratory Analysis, ESDA 2008.",
+        TargetVariables = new[] { "y1", "y2" },
+        InputVariables = new string[] { },
+        TrainingEpisodes = new IntRange[] { new IntRange(0, 100) },
+        TestEpisodes = new IntRange[] { },
+        FileName = "van_der_pol_1.csv"
+      };
+    }
+
+    public override Problem LoadData(IDataDescriptor id) {
+      var descriptor = (DataDescriptor)id;
+
+      var instanceArchiveName = GetResourceName(descriptor.FileName + @"\.zip");
+      using (var instancesZipFile = new ZipArchive(GetType().Assembly.GetManifestResourceStream(instanceArchiveName), ZipArchiveMode.Read)) {
+        var entry = instancesZipFile.GetEntry(descriptor.FileName);
+        NumberFormatInfo numberFormat;
+        DateTimeFormatInfo dateFormat;
+        char separator;
+        using (Stream stream = entry.Open()) {
+          TableFileParser.DetermineFileFormat(stream, out numberFormat, out dateFormat, out separator);
+        }
+
+        TableFileParser csvFileParser = new TableFileParser();
+        using (Stream stream = entry.Open()) {
+          csvFileParser.Parse(stream, numberFormat, dateFormat, separator, true);
+        }
+
+        Dataset dataset = new Dataset(csvFileParser.VariableNames, csvFileParser.Values);
+
+
+        // using a RegressionProblemData is suboptimal here --> TODO introduce a new datatype and refactor the whole problem 
+        var problemData = new RegressionProblemData(dataset, descriptor.InputVariables, descriptor.TargetVariables.First());
+        problemData.TrainingPartition.Start = 0;
+        problemData.TrainingPartition.End = 0;
+        problemData.TestPartition.Start = 0;
+        problemData.TestPartition.End = 0;
+
+        var problem = new Problem();
+        problem.Name = descriptor.Name;
+        problem.Description = descriptor.Description;
+        problem.ProblemData = problemData;
+        foreach (var ep in descriptor.TrainingEpisodes) problem.TrainingEpisodes.Add((IntRange)ep.Clone());
+        foreach (var targetVar in problem.TargetVariables) {
+          problem.TargetVariables.SetItemCheckedState(targetVar, descriptor.TargetVariables.Contains(targetVar.Value));
+        }
+        return problem;
+      }
+    }
+
+    protected virtual string GetResourceName(string fileName) {
+      return GetType().Assembly.GetManifestResourceNames()
+              .Where(x => Regex.Match(x, @".*\.Instances\." + fileName).Success).SingleOrDefault();
+    }
+  }
+}
